咸丰年间，以研究边疆史地著称的何秋涛，在《朔方备乘》中涉及元史，其主要篇章有《辽金元北徼诸国传》、《元代北徼诸王传》及《考订元代北方疆域考》等。何秋涛对元史研究的又一重大贡献，是对《皇元圣武亲征录》的校注。该书所记多蒙古开国时事，是研究成吉思汗事迹的重要史料。光绪年间，何秋涛的校本在士大夫中流传传抄，其子幼愿又将它刊于莲池书院，后来袁昶又再刊于芜湖。此书经李文田、文廷式、沈曾植、丁谦等人进一步研究，不断校勘注释，终于由近代史学大师王国维集其大成，撰成《圣武亲征录校注》一书。学者们发现它与波斯人拉斯特哀丁的《成吉思汗传》同出一源。两书可互相验证，从而构通了中西史料。从这点来说，何秋涛的校注工作，为元史研究新途径的开辟，起了先导的作用。
    光绪年间的学者，为了深入研究元史，都十分注意资料的挖掘与考订，当时研究《元朝秘史》，蔚然成风。李文田遍探群籍，繁征博引，作《元朝秘史注》15卷，对原书中涉及的地理、年代、史实作了详细的考证，取材极为丰富，计引用正史11种，宋代史料7种、金人著述1种、元代史料7种、明代史料10种、清人著述17种，元人碑碣10余种。缺点是作者不懂蒙文，所据史料没有超出中国原有史料的范围，又将该书的蒙文书名音译"忙豁仑纽察脱察安"误为撰书人姓名。继李文田之后，侧重于考证地理的，有施世杰的《元秘史山川地名考》及丁谦的《元秘史地理考证》；侧重于考证史事的，有沈曾植的《元秘史补注》。高宝铨撰的《元秘史李注补正》，亦颇具功力，所注内容可与李注对证。他在书中呼吁思患预防为当今急务，更有明显的经世意图。
    在《元朝秘史》的刊印及版本的研究上，叶德辉有特殊的贡献，光绪三十四年（1908年），氏叶观古堂首先将其所藏的一种12卷本的抄本刻印，在序中他描绘了原本的款式，并指出其优点，说："原本每行长今工部营造尺七寸六七分至八寸弱不等，宽五寸八分，今据缩刻，于行款无所改易。书中原有墨线横记一仍其旧，其原有硃线则刻为双行白线，以示分别。硃线者人名也，墨线横记者字音之长短断续也，皆较扬刻为详。世不乏通重译之人，或掘原译，推得其原音，其纠正《元史》之误谬者，当不仅钱氏大昕《考异》所载数事而已"（《元朝秘史》叶氏观古堂本序）。当代史学大师陈垣先生对叶氏藏本极为重视，1933年1月23日在《致伯希和》的信中说："叶氏所据本系文廷式钞本，今又藏敞处。"（《陈垣史学论著选》第621页）陈老所藏，现不知在何处，如能公诸于世，诚艺林一大快事也。
    除了校注《元朝秘史》与《圣武亲征录》外，沈曾植疏证《蒙古源流》一书，写成的《蒙古源流笺证》也很有功力。该书原名《汗等宝贝史纲》，是明末蒙古人萨囊彻辰所著，成书于康熙初年。乾隆年间译为满文，又由满文译为汉文。书中最有价值的部分，是记载元亡之后，明朝蒙古地区的政治、经济、宗教情况。沈曾植在《笺证》中对厄鲁特蒙古准噶尔部世系的考订，对明代兀良哈三卫部落的辨析，对研究元朝以后蒙古族的历史很有价值。
    光绪年间改编《元史》成书的，有曾廉的《元书》102卷，包括本纪15卷、志 10卷、列传76卷、自序1卷，刊刻于宣统三年（1911年）。 《元书》记事始于太祖元年（1206年），至于顺帝至正二十八年（1368年），内容大抵不出《元史》范围，只是将元代史事重编一过。志的部分，除取钱大昕《补元史艺文志》外，其余只是名称及分类有所调整。纪传部分，根据《元朝秘史》、《续通鉴》、《辽史》、《金史》及元人文集、碑传等，有所增补。曾廉在政治上反对康梁变法，学术上力倡尊儒重道，他认为元亡于纲常礼教之毁坏，企图以重修《元书》来针砭时俗，暴露了他思想上的保守倾向。他对明修《元史》的缺误亦有所订正，另成《元史考订》4卷。
    在清代后期的学者中，对元史研究贡献卓著，别开生面的，是洪钧的《元史译文证补》。洪钧是同治年间状元，光绪年间曾出任驻俄、德、奥、荷四国大臣。在国外任职期间，洪钧接触到俄国人贝勒津所译波斯人拉施特哀丁的《史集》及亚美尼亚人多桑的《蒙古史》著作，他用各种方法搜集中国向来所未有的西方史料。《元史译文证补》的资料，除以上述二书为主外，他还参阅了志费尼《世界征服者史》、霍渥尔特《蒙古史》、华而甫《蒙古史》、阿卜而嗄锡《突厥世系》、哈木耳《奇卜察克金帐汗国史》、哀忒蛮《铁木真传》等各种书籍。由于当时使馆译员中无人识波斯文及阿拉伯文，洪钧只能请人帮助从俄、德、英、法等文本中译出片段，以供参考。尽管困难很多，洪钧还是充分利用了前人没有利用过的有关元史及蒙古史的外国资料，以证中国所未确，补中国所未闻，不仅在史料来源上扩大了范围，而且在史学方法上开辟了中西比较、互相对证的新途径。
    《元史译文证补》在洪钧生前未能刊印，临终前，他将稿本交给儿子洪洛收藏，而将定稿清本托付沈曾植和陆润庠。不久，洪洛亦病故，稿本散失。清本由陆润庠于光绪二十三年（1897年）刊行。全书分30卷，其中10卷有目无书。该书卷一为"太祖本纪译证"，约占全书的四分之一，是研究成吉思汗先世及成吉思汗时代历史的重要材料，比《元史·太祖本纪》要详细得多。卷2至25为"定宗宪宗本纪补异"、"后妃公主表补辑"以及术赤、拔都（后附勒克）、忙哥帖木儿诸王、阿里八哈、阿鲁泽、合赞、合尔班答、阿里不哥、海都、哲别、木刺夷（附康里）等补传；而缺察合台诸王、旭烈兀、不赛因、帖木耳、图克鲁贴木儿、克烈部、速不台、曷思麦里等补传。这一部分大大补充了《元史》定、宪两朝本纪的缺漏，并增进了我国学者对元代西北诸藩的了解。卷26至卷30为"地理志西北地附录释地"、"西域古地考"、"元世各教名考"和"《旧唐书·大食传》考证"，而缺"蒙古部族考"。这一部分在考证元代地理方位及说明今地所在方面，都比较正确。对元代从西域传过来的"木速蛮"（穆斯林、即伊斯兰教）、"也里可温"（景教、即天主教）的考释也都比较准确。
    《元史译文证补》的问世，对我国的元史、蒙古史及西北史地研究，起了重大的推动作用。洪钧所采用的中西史料对勘比较，不同语言语音辅助考证以及重视史料的调查研究等治学途径与方法，为后来的学者所继承发扬。在他的基础上，出现了屠寄和柯劭忞利用中西史料重修元史的两部巨著。今天，《史集》、《多桑蒙古史》、《世界征服者史》等重要史籍都已全部译成汉文出版。《元史译文征补》在译介外国史料方面，已完成了它的历史使命，但洪钧考证元史的文字仍有重要的参考价值。