张之洞指出：“今欲强中国存中学则不得不讲西学，然不先以中学固其根底，端其识趣，则强者为乱首，弱者为人奴，其祸更有不通西学者矣”。他主张“今日学者，必先通经，以明我中国先圣先师之教之旨”，进而了解其它一些中国旧学，以此作为根本，“然后择西学之可以补吾阙者”。（注：《劝学篇》，《全集》卷202，第27页。）这个“用”仅处于“补缺”地位，且必须“无悖于经义，无损于圣教。”在《劝学篇》的“教忠”、“明纲”、“正权”等篇中，张之洞明确排斥民权、自由、平等的西方社会政治学说及政治制度，以维护封建儒学的纲常伦理。他认为“民权之说，无一益而有百害”，甚至声称“圣人之所以为圣人，中国之所以为中国”，就在于有三纲五伦。从而表明了与康、梁等人在思维取向上的根本差异。
    除了政治思想的背景之外，张之洞与康、梁的分歧还存在学术思想方面的因素。他长期不满于疑经的今文经学即所谓“公羊学”的某些治学方法。在他早年所作的《读经札记》中，就有《驳公羊大义悖谬者十四事》和《驳公羊文义最乖舛者十三事》等文，认为公羊之学狂谬不通、歪曲经义的很多，在其晚年发表的《抱冰堂弟子记》里，他表白说：“平生学术最恶公羊之学，每与学人言，必力诋之，四十年前亦然，谓为乱臣贼子之资”（注：《抱冰堂弟子记》，《全集》卷228，第27页。）。张氏这种态度的形成与今文经学本身的特点和其在近代的影响是紧密相关的。今文经学讲求“微言大义”，形式灵活多变，加之又蕴含“三世”等变化学说，最为关心时局、主张变革的人们所青睐，因而今文经学的崛起和发展，便成为近代经学中最有活力和生机的一幕。从龚自珍、魏源抨击封建统治的腐败，呼唤“变革”，到康有为鼓吹“民权”维新变政，其对封建统治的冲击，一浪高过一浪，情形十分明显。另外，今文经学家一般都怀疑古文经，至康有为则发展到极至，他竟宣布所有古文经都是“伪经”。这对传统儒学冲击之大，可以想见。
    不过，张之洞对于今文经学，也并非像他自己在戊戌及以后所表白、后来又为许多学者所认可的那样，一开始就极端厌恶。他这种学术态度其实也有一个发展演变、逐渐强化的过程。在《輏轩语》和《书目答问》二书中，可以看到，张氏主张调和汉宋，兼容陆王，却没有提及泯灭今古文经学的界线问题。他虽然也泛泛地谈到“公羊家师说虽多，末流颇涉传会”（注：《輏轩语》，《全集》卷204，第16-17页。），但强调的是通经义之难，而并无过分责怪之意。另外他认为“公羊家理密而事疏”，“左传家事详而理略。”（注：《輏轩语》，《全集》卷204，第16-17页。）也是各打五十大板，并不见有明显的偏倚之心。不仅如此，由于张之洞出身汉学门庭，且今文经学家治经多不分汉宋门户，主张不死拘文字贯通大义一点，与张之洞的经学主张也有共同之处。所以张之洞在“国朝著述诸家姓名略”中，曾将清代今文经学的始祖庄存与、刘逢禄及其健将龚自珍都列入“汉学专门经学家”一类，认为“诸家皆笃守汉人家法，实事求是，义据通深者。”（注：《全集》卷209，第39页。）在“春秋公羊家著述”目录里，他也列出了刘逢禄和龚自珍的著作，并且无任何贬词。在“国朝经济家”里，同样列入了龚自珍、魏源，还明显表露出推重其为学致用之心。此外，张之洞同意延请治今文经学的王闿运为尊经书院山长，和廖平保持了那么长久的师生之谊，这也都在在说明了戊戌以前至少是出任疆臣以前，张之洞作为一个汉学学者，从治学本身的角度考虑多些，并不曾对今文经学有格外的偏见。当然，这样说也并不排除张之洞对公羊之学某些治学方法一开始就有不以为然的地方，比如其“妄谈”经义，喜欢疑经，等等。公羊学家大多怀疑《周礼》，而张之洞则对《周礼》崇信有加，在《书目答问》的《周礼》目下，他便严正声明，“疑经者不录”。（注：《全集》卷209，第13页。）后来，今文经学在这一点上走向极至，在学界的影响也急剧增大，直接构成对名教的威胁，这才引起张之洞的嫉恨。
    有趣的是，张之洞虽不喜欢今文经学，并嫉恨康有为的公羊学，他的门生中却出了一个极著名的公羊学家廖平，此人对康有为经学思想的形成，还产生过直接影响。
    廖平是尊经书院的学生，从王闿运治公羊学。他受知于张之洞，颇得重爱，屡被拔识，于是“对张知己之感独深”。（注：廖幼平：《廖季平年谱》第53页。）以后凡有经学之作，无不送给张氏过目，据传张之洞以其发挥公羊学者有出格之论，每每严加告诫。梁启超曾说：“有为早年，酷好《周礼》……后见廖平所著书，乃尽弃其旧说……（廖平）颇知守今文家法。晚年受张之洞贿逼，复著书自驳。其人固不足道，然有为之思想，受其影响，不可诬也”。（注：梁启超：《清代学术概论》，《梁启超论清学史二种》第63页。）有人（包括廖平本人）甚至认为，康有为的《新学伪经考》和《孔子改制考》竟是参照了廖氏的有关著作。这种观点及梁启超在此所提到的廖平晚年“受张之洞贿逼”一事，尚是学术界一大公案。但无论如何，康有为的思想受过廖平的直接启示，而戊戌时期廖平经学思想的转变又受到过张之洞的重要影响，当是不可否认的事实。1897年秋，张之洞通过宋育仁转告廖平：“风疾马良，去道愈远，解铃系铃，惟在自悟”，并命其改订经学条例，不可讲今古学及《王制》并攻驳《周礼》等。（注：廖幼平：《廖季平年谱》第53页。）可见这位声称多变的“六译先生”放弃尊奉今文经立场的经学第三变，恰恰发生在戊戌前夕，绝非偶然。
    戊戌时期，张之洞曾作过一首题为《学术》的诗写道：“理乱寻源学术乖，父雠子劫有由来，刘郎不叹多葵麦，只恨荆榛满路栽”。并注释说：“二十年来，都下经学讲公羊，文章讲龚定庵，经济讲王安石，皆余出都以后风气也，遂有今日。伤哉！”（注：《全集》诗集四，第12-13页。）诗中的“刘郎”即刘逢禄，他是继清代公羊学始祖庄存与之后大张公羊学旗帜之人。在一系列专门著作中，他不仅宣称只有公羊学说才得孔子真传，传授公羊学派的学统方为儒学正统，还大力阐发以“变”为核心的“张三世”、“通三统”的公羊大义，对晚清公羊学产生了直接而重大的影响。所以，张之洞追寻清代今文经学的学术来源时，放过庄存与，直谴刘逢禄，实乃明眼。当然，张之洞当时作此诗，急于表达对公羊学由来已久的嫉恨，也不无为自己洗刷干系的嫌疑。
    那么究竟应如何对待《公羊传》呢？该传虽义隐难求、容易走火入魔，但毕竟属于儒家经典，总不能因噎废食的。在《劝学篇》中，张之洞告诫青年士子：“春秋公羊传，止读孔广森《公羊通义》”。因为“国朝人讲公羊者，惟此书立言矜慎，尚无流弊”。（注：《劝学篇》，《全集》卷202，第32页。）孔广森乃孔子68代孙，所著《公羊通义》是清代继庄存与《春秋正辞》后第二部公羊学著作。在晚清，孔氏及其书并不为公羊学家们所重，一般都认为他“不通家法，其书违失传旨甚多”。（注：梁启超：《中国近三百年学术史》，《梁启超论清学史二种》第314页。）但张之洞看重的是其朴学的治经方法，以及主张春秋三传平起平坐，抹杀今古文界线，指责何休阐发公羊“改制”说等为“不通”的经学观点，至于公羊传本身实有的内涵如何，早已不是他所要关心的重点。