张之洞声称，他的“中体西用”并非顽固保守之论，而是一种正确无弊的中西会通原则。他抨击康有为杂糅中西是一种“自扰”，“自扰者，令人眩惑，丧其所守”。（注：《劝学篇》，《全集》卷203，第48页。）而似乎只有他的“中体西用”说才是一种“自固”。为了论证“中体西用”会通方式的合理性与可能性，他特别从儒经中去发掘蕴含西学的“经义”。如他指出，《论语》里“敏则有功”，是“工宜机器，行宜铁路之义”；《周礼》“司市”，是“商学之义”；《论语》“教民七年，可以即戎”。是“武备学堂之义”；《中庸》“赞天地之化育”，是“西学格致之义”；《周礼》“土化之法，化治丝巢，是“化学之义”；《礼运》“货恶弃地”，是“开矿之义”等等。也就是说，现今西学里的自然科学及其应用，大都符合“圣经之大义”，“圣经已发其理，创其制”。（注：《劝学篇》，《全集》卷202，第45-48页。）这就不仅论证了儒经的高明，也劝化了那些不知迂回的顽固派们。从后一意义上说，张之洞此举实也不乏“托古”应世的味道。
    与此同时，张之洞还通过对儒学的重新诠释，人为地排斥了其部分痼疾。他明确指出：“浅陋之讲章，腐败之时文，禅寂之性理，杂博之考据，浮涎之词章，非孔门之学也。孔门之学，博文而约礼，温故而知新，参天而尽物。孔门之政，尊尊而亲亲，先富而后教，有文而备武，因时而制宜”。（注：《劝学篇》，《全集》卷202，第27页。）这种所谓“去芜留菁”的重新诠释，应当说增强了儒学适应现实的能力，并在一家程度上堵塞了当时抨击儒学者之口。所以连光绪皇帝也认为张之洞所言“平正通达，于学术人心大有裨益”，并令各省学官督抚对《劝学篇》“广为刊布，实力劝导，以重名教而杜厄言。”（注：《劝学篇》，《全集》卷202，第1页。）这样，张之洞所阐述的“中体西用”思想便正式成为清王朝最基本的文化政策和教育方针，同时也越来越成为封建士大夫捍卫儒学纲常的理论权威。
    经过这一时期的斗争，戊戌以后，儒学内的今文经学派迅速走向消亡，宋学得以苟延，古文经学则出现了相对活跃的局面，这虽然主要是政局变化的结果，与张之洞的努力也不无一定的关联。戊戌时，张之洞为了保名教，对重纲常讲气节的宋学予以了一定程度的强调，且由于过于重视“通大义”的缘故，也容易造成人们对汉学的轻忽之心，有的学者因此认为张之洞此时所奉的“正学”是宋学。（注：参见汤志钧《近代经学与政治》第226页。）严格说来，这是不准确的。张之洞当时所强调的“正学”主要针对今文经学而言，除了宋学之外，还当包括古文经学在内。戊戌前夕，他特邀古文经学家章太炎赴鄂办《正学报》即是明证，只是由于章太炎与他政治见解分歧的缘故，其计划最终流于破产而已。
    20世纪初，最为活跃的正统派古文经学家是孙诒让。他擅长《周礼》，喜欢以古文经论政，被公认为清学的殿军。孙诒让乃张之洞典试浙江时所取的名士，尊张之洞为师，与其交往不断。他曾将自己的《周礼正义》“长编数十巨册”，“隐托k3k202.jpg礼，写成一帙”（注：孙诒让《周礼正义》序。）交给张之洞，而张之洞也十分推重他，在《劝学篇》里谈到治《周礼》时，张氏特别提到孙氏尚未完稿的《周礼正义》，叮嘱须看。后来，孙诒让著《周礼政要》，以古文经论政，气势颇壮，这与张之洞的奖掖和支持实分不开。1907年，晚清另一古文经学大师俞樾作古，张之洞曾专门致信给他的后人俞阶青，表示特别的钦敬和哀悼，并赞扬他“守朴学于经籍将息之秋”，“列儒林真无愧色”。（注：《全集》卷221，书札8，第31页。）可见其最终也没有忘记自己的古文经学出身。
    戊戌以后，张之洞在实际行政中也严格按照“中体西用”的原则，致力于“曲线”维护儒学的事业，一方面他继续推行“新政”，并相继议废了八股，奏停了科举，视书院改制和兴办学堂为新政第一要务；另一方面又严定儒学课程，增加学堂学经时数（相对于戊戌以前而言），并禁止讲授“泰西哲学”，声称“中国圣经贤传无理不包”，不必“舍四千年之实理，而鹜数万里外之空谈”，（注：《筹定学堂规模次第兴办折》，《全集》卷57，奏议7，第21页。）然而，八股时文和科举制度的废罢，不仅没有给儒学甩掉包袱，反而导致了“遽患”。它夺走了蝇营儒经者的进身之阶，剥去了士大夫的自缚之茧，使他们更快地抛弃儒学功课，倾心西学而去。这是张之洞所始料未及的。
    值得指出的是，对于废科举、兴学堂可能导致的对儒学的冲击，统治者内部也曾经普遍地怀有过疑虑。在说服当局采纳这一举措的过程中，不管张之洞的真实想法如何，他实际上都起到了至关重要的作用。1905年9月2日，他在与袁世凯一起上奏的那份著名的“请废科举折”中就专门强调，只要方法得当，废科举不仅不会有害于儒家经学，还可能因此“昌明”之。其奏折写道：
    “或虑科举一停，将至荒经。不知习举业者，未必其湛深经术。但因科场题目所在，不得不记诵经文。又因词章敷佐之需，不得不掇拾经字。故自《四书》《五经》而外，他经皆束置不观。即《五经》亦不皆全读，读者亦不尽能解，是何与于传经？今学堂奏定章程，首以经学根柢为重。小学中学，均限定读经讲经温经晷刻，不准减少；计中学毕业，共需读过十经，并通大义。而大学堂、通儒院，更设有经学专科；余如史学、文学、理学诸门，凡旧学所有者皆包括无遗，且较为详备。盖于保存国粹，尤为兢兢。所虑办学之人，喜新厌故，不知尊经，则虽诸生备谙各种科学，亦仅造就一泛滥无本之人才，何济于用。应请饬下各省督抚学政，责成办理学务人员，注意经学暨国文国史，则旧学非但不虑荒废，抑且日见昌明。”（注：朱有k3k203.jpg主编《中国近代学制史料》，第2辑上册，第111页。）
    然而事实证明，张之洞等人的想法是过于天真了。科举废罢不到一年，他就看到了他“不忍见闻”的“种种恶风怪俗”：“有议请为罢四书五经者，有中小学并无读经功课者，甚至有师范学堂改订章程，声明不列读经专科者”等等。（注：《创立存古学堂折》，《全集》卷68，奏议68，第26-32页。）面对士人弃儒学就西学的“末流之弊”，张之洞“怵然不宁”，在国粹论的启发下，他终于想出挽救儒学的最后一个办法，即以特种学堂的方式保存儒学，创办专门的“存古学堂”。1906年，他在湖北首创这样的学堂，广集儒学图书，延请各门通儒为教员。翌年又奏请各省仿建。在《创立存古学堂折》中，他明确表示，“中国圣经贤传”等中国“国粹”绝不能“听其衰微，渐归泯灭”，而应该“宝爱护持”，以“延正学而固邦基”。（注：《创立存古学堂折》，《全集》卷68，奏议68，第26-32页。）一时间存古学堂遍布全国。然而这些存古学堂自身却是“腐败情景，日甚一日”（注：《学部官报》第58期。），他所寄寓的最后希望不能不随之破灭。1909年，心力交瘁的张之洞终于发出“国运尽矣”的哀叹，弃儒学和清王朝而去。他死后仅两年，清朝统治便土崩瓦解，儒学丧失了封建王朝的依托，从此永远失去了往日的尊崇。