今文经学派认为六经是孔子所作，根据六经的难易层次排列为《诗》、《书》、《易》、《礼》、《乐》、《春秋》。古文经学派认为六经是古代史料，并非孔子所作。根据六经成书的时代先后，排列为《易》、《书》、《诗》、《礼》、《乐》、《春秋》。章学诚不承认六经为孔子所作，他连孔子删《尚书》的传说也不予承认，其理由是孔子“信而好古”。对孔子删书论者质问道：“先王典诰，衰周犹有存者，而夫子删之，岂得为好古哉？”（《书教》中）他认为“六经皆史”，“六经皆先王之政典”（《易教》上）。现今流传的《文史通义》主要有两种版本。一是章学诚的长子章华绂在开封刻印的大梁本，一是吴兴刘承干嘉业堂的《章氏遗书》本。这两种版本的篇目尽管有出入，但卷首的《易教》三篇、《书教》三篇和《诗教》两篇的先后顺序则是相同的。章学诚生前曾自行刊刻过《文史通义》的部分文稿，据胡适和姚名达考证，章氏所刻诸篇，“大抵即《易教》三篇，《书教》三篇，《诗教》二篇”。（《章实斋先生年谱》）从情理言，章华绂不可能见不到乃父主持刻印的《文史通义》，也不可能在重刻《文史通义》时颠倒其父手订的篇目次序，尽管我们现在已见不到章氏自行刊印的真本，但我们有理由推想章学诚排列《易教》、《书教》、《诗教》的顺序是同现在流行的大梁本、遗书本一致的。而这个顺序正是古文经学派排列六经的顺序。章学诚对六经的观点可作为他倾向古文经学派的佐证之二。
    今文经学的师徒授受历历可考，古文经学的传授多不可考。今文经学攻击古文经传是刘歆伪造之作，古文经学攻击今文经传是秦火残缺之余。在章学诚的遗著中，对两汉经学的直接批评很少，有一次最具代表性。他说：“汉初经师，抱残守缺，以其毕生精力，发明前圣之绪言，师授渊源，等于宗支谱系，观弟子之术业，而师承之传授不啻凫鹄黑白之不可相淆焉。”（《言公》上）这全是古文经学派批评今文经学派的口实。这种批评可以作为章学诚倾向古文经学派的佐证之三。
    二、宗陆王兼取程朱之长
    东汉而后，经今古文学派的精华荟萃于一宗，魏晋六朝，儒学衰微，玄学、佛教兴盛，经学家们惮精竭力以赴于儒佛之争。唐代儒、道、佛三教并驾齐驱，经学流为注疏之学。唐后，儒学吸收了思辨哲学和高度发展的自然科学的成果，形成了富有时代特色的新儒学，即宋明理学，又称道学。
    两宋道学蜂起。以周敦颐为代表的“濂学”，以张载为代表的“关学”，以王安石为代表的“新学”，以程颐、程颢为代表的“洛学”，以苏轼、苏辙为代表的“蜀学”，在北宋相继兴起。南宋的朱熹与陆九渊同宗二程，但各有所得。朱熹更接近于二程的学说，明朝的王阳明发展了陆九渊的学说，如此则形成了程朱与陆王的分野。在所有的宋学流派中，朱、陆两家影响最大。
    宋明理学有其共性。各家学说均认为自然现象、社会现象之上有一个根本性的“道”，各家学说均以探讨道体为核心。
    朱、陆两家各有个性。朱学侧重于对于客观外界的思辨和探寻，陆学侧重于主观自我内部的思辨和探寻。朱、陆两家同属唯心主义哲学范畴，但朱学的特点是客观唯心主义，陆学的特点是主观唯心主义。由此派生出许多不可弥合的学术观点，形成干戈水火的门户之争。
    章学诚对宋学的批评切中宋学的唯心主义要害。他一针见血地指出宋学之弊在于“舍器而言道”。在章学诚看来，“道之大原出于天”（《原道》上），而“天”则是“浑然而无名”的物质世界。“道”是客观世界和人类社会不得不然的自然规律，不能在客观世界之外求道，即不能脱离了存在而求精神。也就是说，应该即器以明道，不能舍器而言道。传统认识论中的道器关系问题是世界观的根本问题。宋学以探讨道体为核心，这是其卓越之处，但朱熹认为“宇宙之间，一理而已”（《朱文公文集》卷七十《读大纪》），自然万物则全是理的派生；“宇宙之间，一理而已”（《朱文公文集》卷七十《读大纪》），自然万物则全是理的派生；陆九渊认为宇宙便是吾心，“人皆有是心，心皆具是理。心即理也”（《陆九渊集》卷十一《与李宰书二》）。显然，朱、陆学派均颠倒了物质与精神的关系。章学诚批评宋学“于学问文章，经济事功之外，别见有所谓道”。表现在学风上，则“以道名学”、“外轻经济事功，内轻学问文章”，“守陋自是，枵腹空谈性天”（《家书》五）。“束书不观，全凭臆想”（《乙卯札记》）。章学诚指出了宋学离器言道的唯心的认识论和束书不读、臆想空谈的学风流弊，却肯定了宋学的析理精辟、践履笃实、不待名物象数而明纲常伦教。他说：“宋儒专门说理，天人性命，理气精微，辨别渺茫，推求铢两，能发前人所未发”（《四书释理序》）。又言：宋儒“析理之精，践履之笃，汉唐之儒，未之闻也”（《原道》下）。他在指出“宋儒凿空，说理解经，不能无失”的同时，肯定其“纲常伦教，不待名物象数而后明者，莫不躬行实践，以期于圣贤也”（《答邵二云书》）。