章学诚深刻地认识了宋学的优长与流弊，并且在自己的学术活动中取宋学之长，避宋学之短。我们看到，他的“学术无有大小，皆期于道”的基本思想（《与朱沧湄中翰论学书》），与宋学探求道体的基本宗旨是一脉相通的。他的“史家著述之道”当“求义意所归”的基本思想，与宋学辨析义理的宗旨有着内在的联系。他肯定宋学光大纲常名教，因而在著《文史通义》时，“虽以文史标题，而于世教民彝，人心风俗，未尝不三致意，往往推演古今，窃附诗人意焉”（《上尹楚珍阁学书》）。他的史学经世的思想与宋学维护纲常的思想有渊源联系。他批评了宋学离器言道的认识论，主张即器以明道。他批评了宋学束书不观，枵腹空谈的学风，主张博学约守，实事求是。
    章学诚深恶痛疾的宋学的另一流弊是门户之争。朱熹与陆九渊由于学术识见的歧异而有所争论，这本是学术史上的自然现象。但朱、陆后学变本加厉，成为愈演愈烈的门户之争。至章学诚生活的乾嘉时期，宗程朱者与宗陆王者之间仍势同水火。与章学诚同时代的一代学宗戴震对朱熹“口舌遗厉”，趋戴震之风气者则“肆然排诋，而无忌惮”，“未有不以攻朱为能事也”（《朱陆》）。章学诚并未从风而靡，而是致力于“持世而救偏”。他批评朱、陆门户之争是“千古桎梏之府，亦千古荆棘之林”，究其原因，“则唯腾空言而不切于人事”（《浙东学术》）。他说“自来门户之交攻，俱是专已守残，束书不观，而高谈性天之流”（《朱陆》）。他认为自命陆王以攻朱者和自命朱氏以攻陆王者都是假道学，伪君子。当然，章学诚对朱陆门户之争并非一概否定。在程朱与陆王之间，章学诚的评论之词明显地倾向于程朱。他说“陆王有伪，朱无伪”，因为“空言易而实学难”。可见他认为陆王流于空言，朱子存于实学。
    章学诚相当辩证地评价了朱学的长短。他认为“儒者欲尊德性，而空言义理以为功，此朱学之所以见讥于大雅也”（《浙东学术》）。他指出朱学的优长是“性命事功，学问文章，合而为一”，“求一贯于多学而识，寓约礼于博文”，本末兼该，“贯通古今，经纬世宙”（《朱陆》）。他对朱学的几代传人也作了较高的评价，认为朱学的五代传人都是“通经服古，学求其是，而非专已守残，空言性命之流也”（同上）。
    从对朱、陆的评说而论，章学诚实宗程朱而远陆王，但我们却不能据此就作定论。殊不知，他是浙东史学的殿军，他也以浙东史学家自命。他在分析浙东史学的源流时，却是直接上溯到陆九渊的。《浙东学术》开宗明义指出：“浙东之学，虽出婺源（朱熹--引者注），然自三袁（袁燮、袁肃、袁甫--引者注）之流，多宗江西陆氏。而通经服古，绝不空言德性，故不悖于朱子之教。至阳明王子，揭孟子之良知，复与朱子牴牾；蕺山刘氏（刘宗周--引者注），本良知而发明慎独，与朱子不合，亦不相诋也。黎洲黄氏，出蕺山刘氏之门，而开万氏兄弟经史之学，以至全氏祖望辈，尚存其意，宗陆而不悖于朱者也。”全祖望之后，浙东史学以邵晋涵和章学诚为最有影响。从浙东学术的渊源而论，章学诚当是宗陆王而不悖于朱。章学诚倡言“学者不可无宗主，而必不可有门户”。章氏学术必有所宗，那么，是宗朱，还是宗陆呢？全面来看，章学诚是宗陆王而兼取程朱之长。诚然，他在《朱陆》一文中为了批评戴震对朱学的诋毁，客观地阐发了朱学的优长，并将朱学与陆学作了比较，认为朱学重实学而陆王有空谈之嫌。但他也曾批评朱学“空言义理以为功”。尤其值得注意的是，章学诚与人争论的文章往往失之偏激，他对袁枚的咒骂，对汪中的讥斥，对戴震的诽难，均有偏激之失。戴震对朱学的态度曾激起章学诚的不平，因而在他批评戴震时扬朱抑陆是在情理之中的。他本人亦曾声明有所为而言，故不可作为定论。但我们并不因此而怀疑《朱陆》一文所体现的章学诚对朱陆的态度。我们有如下几条依据可以证明他对陆王的宗仰：
    其一，章学诚以浙东学人自命，并且将浙东学术直溯陆王。