如此，元朝封建中央通过“国师”而将其政令贯彻执行于以吐蕃为主的西部各族地区；“国师”亦依仗元朝封建中央的势力而使自己的统治地位得以在西部各族地区发展巩固。
    设在元朝中央的宣政院既是政教合一的组织机构，所以由“帝师”总领，第一名院使可以是非佛教的政府官员，而第二名院使必得任用僧人，此僧人即由“帝师”推举。院使以下的同知、副使、参议等各级职官，“其为选则军民通摄，僧俗并用”，同样体现了政教合一的性质。宣政院辖地的西部各族地区的地方各级行政机构中的长官，也同样的僧俗并用。
    三、地方基层各级统治机构的建立
    以吐蕃为主的西部各族地区，在宣政院的总摄之下，形成了一个相当于行省的一级政区，其下又分设几个宣慰司作为二级政区。《元史·百官志七》即说：“宣慰司，掌军民之务，分道以总郡县，行省有政令则布于下，郡县有请则为达于省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府，其次则止为元帅府。其在远服，又有招讨、安抚、宣抚等使，品秩员数，各有差等。”就设置宣慰司这一点来说，西部以吐蕃为主的各族地区与内地以汉族为主的各行省相同，它反映了统一的多民族国家的地方政权组织机构形式上的一致性。有所差别的是：西部以吐蕃为主的宣政院辖境内的宣慰使，系由帝师或宣政院推举。其设立、裁并、任命、罢黜、优奖、惩罚之权则操于元朝廷中央。宣慰司之下又设有宣抚司、安抚司、招讨司、万户府、千户所等，分管宣慰司下属的各级政区内的事务，由朝廷颁授金银牌、印信、宣敕，“亦必僧俗并用，而军民通摄”。体现了元朝的民族政策和宗教政策。宣政院辖地内先后设置的宣慰司及其下属的各级政权机构情况如下：
    （1）吐蕃等处宣慰司。 《元史·百官志三》有吐蕃等处宣慰司都元帅府，盖设宣慰司为行政机构，以其地军旅之事频繁，故兼都元帅府。此宣慰司设于至元年间，驻河州路（今甘肃临夏县），辖境范围包括今青海海北藏族自治州、海南藏族自治州、黄南藏族自治州、四川阿坝藏族羌族自治州和甘、青、川交互连接地带。（注：参见《中国历史地图集》第七册，《宣政院辖地》。）《元史·世祖纪十四》说：“至元二十九年（1292）二月庚寅，宣政院臣言：授诸路释教都总统辇真术纳思为太中大夫、土蕃等处宣慰使都元帅。”辇真术纳思的民族成份是吐蕃。《元史·武宗纪二》说：“至大二年（1309）九月，以陕西行台大夫、大司徒沙的为左丞相、行土蕃等处宣慰使都元帅。”沙的的民族成份不像是吐蕃，当为色目人中的流官。《元史·百官志三》吐蕃等处宣慰都司元帅府，秩从三品，宣慰使五员。在五个宣慰使中，有吐蕃的土官，也有其他民族的流官。盖土、流并设。见于有关记录，吐蕃等处宣慰司下属有如下的一些府、州、司和部落：
    松潘宣抚司，驻今四川阿坝州松潘县。
    洮州元帅府，驻今甘肃临潭县东新城。
    脱思麻路军民万户府，辖今青海湖往东南至甘肃岷县上下周围地带。
    文扶西路南路底牙等处万户府，辖今甘肃文县上下周围地带。
    阶文扶州等处上千户所，辖今甘肃武都县上下周围地带。
    松潘（客）[宕]叠威茂州等处军民安抚司，辖今甘肃东南部迭部县、宕昌县至四川阿坝州松潘县、茂县、汶川县一带。
    静州茶上必里溪安乡等26族军民千户所，辖今四川阿坝州茂县至汶川县一带。
    龙木头都留等12族军民千户所，当在今四川阿坝州境内。
    岳希蓬萝葡村等处22族军民千户所，当在今四川阿坝州境内。
    折藏万户府，当在今四川阿坝州境内。（注：参见《元史·百官志三》、《中国历史地图集》第七册，《宣政院辖地》。）
    威州（驻今四川阿坝州汶川县），《元史·世祖纪三》说：“至元四年（1267）五月丙申，威州山后大番弄麻等十一族来附，赐以玺书、金银符。”又《世祖纪四》说：“至元七年（1270）五月甲辰，威州汝凤川番族八千户内附，其酋长来朝，授宣命，赐金符。”所说的“大番”、“番族”，包括吐蕃和羌族在内。而“十一族”、“八千户”内附，指的是一些不同的氏族、村社和部落。内附之后，其长皆得“授宣命”、“赐以玺书、金银符”，保留其原来的氏族、部落组织结构不变而为“土官”，受威州统辖。
    茂州（驻今阿坝州茂县），《招捕总录·四川》说：“至元三十年（1293）十月，西川行枢密院奉诏征茂州、汶州西番蛮夷，其杀戮降下者必、力溪等十五寨”，以之归茂州统辖。