以上各府、州、司辖境内，基层沿袭保留了吐蕃、西番的各部落组织机构未变。《招捕总录·西番》即说：“至元四年（1267）五月，崇庆（今四川崇州市，原崇庆县）等处从宜王遇等，令已降西番人六番（今天全县）官旁木及阿里吉招到西番大和尚解设、三卜鲁大蒙、答谷族思蓬怯、将同族速恭麻、拘宰族鲜酌等共十一族。”被招降的各部落酋长即沿袭原有的部落组织而为“番官”，由六番招讨使司进行统辖。
    （3）乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司。 《元史·百官志三》说：“乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，宣慰使五员……”设宣慰司为行政机构，亦以其辖境内军旅之事频繁，故兼都元帅府。“乌思”或译写为“卫”，即以拉藏为中心的前藏；“藏”，指以日喀则为中心的后藏；“纳里速古鲁孙”指阿里三围地区。乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰司辖地，大致与今西藏自治区的地域相当。但并不完全相同。
    《元史·世祖纪十四》说：“至元二十九年（1291）九月丁亥，从宣政院言：置乌思藏纳里速古（儿）[鲁]孙等三路宣慰使司都元帅[府]。”则乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府的设置，是至元二十九年由宣政院提出的。三个宣慰使都元帅中有吐蕃人。《元史·泰定帝纪二》说：“泰定三年（1326）五月乙卯，以帝师兄锁南藏卜领（西）[吐]（番）[蕃]三道宣慰司事，尚公主，锡王爵。给寿宁公主印，仍赐田百顷，钞三万锭。”足见元朝廷对吐蕃人的乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使都元帅之重视。又《元史·文宗纪三》说：“至顺元年（1330）二月乙酉，以西僧加瓦藏卜、蘸八儿监藏并为乌思藏、土蕃等处宣慰使都元帅。”此处的乌思藏宣慰使都元帅加瓦藏卜是吐蕃僧侣，泰定三年任命的锁南藏卜则为吐蕃贵族（俗人）。乌思藏三路宣慰使都元帅的任命体现了“僧俗并用”，其职权则“军民通摄”。
    乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府所属各级军政组织机构如下：
    纳里速古鲁孙元帅府（驻今克什米尔列城）；乌思藏都元帅府（驻今西藏萨迦）；乌思藏军民万户府（驻今萨迦）；拉兑洛万户府（在今拉孜县以西，雅鲁藏布江以南）；拉兑羌万户府（在今拉孜县以西，雅鲁藏布江以北）；嗸笼答剌万户府（在今拉萨市西部的麻江一带）；出密万户府（在今日喀则市东）；沙鲁万户府（在今日喀则市南偏东）；思答笼剌万户府（在今贡嘎西南的羊卓雍错西部）；牙里不藏思八万户府（在今山南琼结一带）；伯木古鲁万户府（在今乃东）；搽里八万户府（在今拉萨市东郊蔡贡塘）；加麻瓦万户府（在今拉萨市东的甘丹寺以东一带）；迷儿军万户府（在今工布江达西北一带）；扎由瓦万户府（在今隆子一带）。（注：参见《元史·百官志三》、《中国历史地图集》第七册，《宣政院辖地》。）
    以上各万户府基本上是按原吐蕃中地方贵族们的统治区域和人户来进行划分，并任命地方贵族为万户。亦即保留原有的政治经济结构不变，使原来的地方贵族（封建领主）以元朝廷命官的身份统治原来的领地。除上述各万户府统辖的地方之外，乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府所辖的其它地方，则为吐蕃的众多部落的分布区。这些地方的各部落亦保持其原有的政治经济结构不变，受宣慰使司都元帅府的军事管制。乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府下属有乌思藏管蒙古军都元帅府，以之统辖进驻的蒙古军。而吐蕃地方军则由各万户管辖。
    四、设置驿传站赤
    元朝为了“通达边情，布宣号令”，在宣政院辖地内的西部各族地区，设置了驿传站赤，按规定，“其官有驿令，有提领，又置脱脱禾孙于关会之地，以司辨诘。”（注：《元史·兵志四·站赤》。）《元史·百官志三》吐蕃等处宣慰司都元帅府所属贵德州（今青海贵德县），吐蕃等路宣慰司都元帅府所属朵甘思（今四川甘孜州与青海果洛州连接地带）答剌答、哈里、乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府所属牙里不藏思八万户府担里之地，皆设置有脱脱禾孙以司辨诘。宣政院辖地内驿传站赤设置情况，《永乐大典》载：
    延祐元年（1314）四月三日，中书省奏给中统宝锭一万锭赈济西番站赤。初，皇庆二年（1313）十二月，搠思班武靖王令旨，言于宣政院，谓乌思藏、朵甘思、朵思麻三路站赤，近年以来，马匹病死，人户贫乏，请闻奏赈济事。本院启奉皇太后懿旨，令于都省同议赈济之宜，检会得至元二十九年（1292）[九月]、元贞二年（1296）[七月]，小只爱亦伯、朵甘思、乌思藏等站，经值寇攘，中书亦尝给降马、牛、宝钞，差官接济，今乌思藏等，除小站七所勿论，其大站二十八处，递送西番布施，来往之使实繁，人户数少，驿程近者不下三、五百里，年深未曾给惠，省院公议，依例接济，又为在京钱物不敷，定拟：二十八站，各给中统钞三百锭，总计八千四百锭，若或不足，就于宣院所辖西番课程钱物内斟酌增给，都省官启，奉皇太后懿旨，宣政院官暗普等言，前站重困，非增多赈济不可，宜支钞一万锭以与之，至如西蕃出产货物及供奉于我者，亦可增与整治站赤。敬此，奏，奉圣旨，准上给降赈济去讫。
    按，所说乌思藏指乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府辖境；朵思甘属吐蕃等路宣慰司都元帅府；朵（脱）思麻路属吐蕃等处宣慰司都元帅府。这三大区域都在宣政院的辖地范围之内，当地站赤出了问题，故须通过宣政院提出来。依文中所述，则自至元年间至延祐七年，宣政院辖地内先后设置了大站二十八处，小站七所，每站有马一百二十匹为交通工具（注：《永乐大典》卷19421， 《站赤六》。）。