五月，册仆固怀恩小女为崇徽公主，视同第十女，下嫁回纥可汗为可敦。遣兵部侍郎李涵兼御史大夫持节于回纥，册可敦，以缯币二万匹遣之。（注：《册府元龟》外臣部，和亲二。）据此可知，仆固怀恩长女、幼女，皆为牟羽可汗可敦，其幼女还拥有唐朝崇徽公主名号，和亲规格不亚于真正的帝女宁国公主等，而其所受宠信又有过之。加之此时，原来降唐的仆固部大批返回漠北，仆固氏自此在回纥汗国境内重新显赫起来。有迹象表明，其后此氏似已固定化为历代可敦所出的后族，以此姓成为可敦的仆固氏女子，似还沿袭唐朝故例，拥有公主名号，并在促进回纥汗国（回鹘汗国）实现了由药罗葛汗朝到阿跌氏汗朝的汗系转移。
        众所周知，德宗贞元六年（790 ）回鹘汗庭发生的宫廷政变乃是这一历史性变化的开端。而这一事件就同仆固氏存在着密切联系。据《新唐书·回鹘传》记：
        是岁，可汗为少可敦叶公主毒死，可敦亦仆固怀恩之孙。怀恩子为回鹘叶护，故女号为叶公主云。可汗之弟乃自立，（颉于）迦斯方攻吐蕃，其大臣率国人共杀篡者，以可汗幼子阿啜嗣。按此年，回鹘大相倾国中兵与吐蕃大战，失北庭，返师时，国中已发生政变。次相阿跌骨咄禄杀篡位者，而扶立阿啜，迫使大相颉于迦斯只得承认现实。其后次相阿跌骨咄禄权势日张，终于击杀了权相颉于迦斯，并废黜了阿啜而自立，是为回鹘怀信可汗，从此开创了回鹘阿跌氏汗朝。而仆固少可敦发动的变乱实开其端，可见，进入回鹘汗国中世，大漠南北已是药罗葛氏、阿跌氏与仆固氏的三雄争长的局面了。
        回鹘汗国进入阿跌氏汗朝以后，政治形势表面上似乎发生了不利于仆固氏的一系列变化。由于同吐蕃的西域争夺败多胜少，回鹘对唐朝的信赖性增强了，而唐朝也由于自身国势的不振，也加强了同回鹘的结盟，因此，连续出嫁咸安公主、太和公主予回鹘，因之，可敦之位已由唐朝公主独占，而原由仆固氏三代垄断的可敦地位（仆固公主、崇徽公主、少可敦叶公主）业已丧失。但这纯属表面现象，仆固氏虽然离开了可敦的世袭地位，却在其它政治权势地位中得到了相应的补偿。这在回鹘汗国末世的政治斗争中得到了最明显的表现。唐开成五年（840 ）长期雄霸大漠南北的回鹘汗国在内乱与外患中灭亡了。内乱起因于汗位的争夺与粟特人的用事，外患则启因于其短视将军求援于宿敌黠戛斯，结果外敌入侵，都城火焚，回鹘部落分为两大支，一支南迁唐境，一支远迁西域。在此两大支回鹘部落中仆固氏都扮演着重要角色。
        南迁回鹘是分三支先后入唐的，第一支以嗢特勤为首，早在开成五年（840）九月已南迁至天德军北，第二支以那颉啜特勤为首， 于开成五年末也南依唐境，至于以乌介可汗为首的主支则是迟至会昌元年（841）才被迫南迁错子山的。这三支回鹘帐落， 分别属于不同的政治派系，各有自身的辅佐。其中以那颉啜的主要辅臣有二，一是赤心宰相，二即仆固宰相，可见仆固部是这支南迁回鹘中的主要帐落之一。
        那颉啜初来附唐时，曾与以嗢特勤为首的第一支南迁回鹘并为一股，因此，唐朝方面曾一度误认为仆固、赤心二宰相都是嗢特勤的部下，出现了如下的报导：“可汗兄弟嗢没斯及其相赤心、仆固，特勤那颉啜各率其众抵达天德塞下。”（注：《李卫公会昌一品集》卷13，《论田牟请许党项仇复回鹘嗢没斯所奏事状》。）但随着第二年（841）乌介可汗的南下，那颉啜开始与嗢特勤反目， 分道扬镳，赤心、仆固二宰相皆追随那颉啜而去，双方阵容更加清晰了。嗢特勤始终坚定地投倚唐朝，而那颉啜则开始劫掠唐边，招致唐朝派遣大军追剿。那颉啜穷蹙，又派仆固、赤心二宰相为使，赴嗢特勤牙帐，企图重续旧盟，并进一步煽动共同反唐，被嗢特勤予以果断地诛杀。对此，《资治通鉴》卷246会昌元年明确记载：“回鹘嗢没斯， 以赤心桀黠难制，先告田牟云赤心谋犯塞，乃诱赤心并仆固杀之。那颉啜收赤心之众七千帐东走。”那颉啜似乎是个年纪很轻的回鹘王子，自身并无谋略，全靠仆固、赤心二宰相的辅佐，自二相被杀以后，不久他也兵败身亡。可见仆固部落在南迁回鹘中具有举足轻重的地位。至于乌介可汗所率南迁回鹘主支，也因进行反唐活动而为唐军及黠戛斯追兵联合消灭，其麾下十数帐中也应有仆固部落追随，但因史书失载，难作确论了。
        我国史书记载西迁回鹘以庞特勤为首，庞特勤，又作庞勒、厖历、特勒厖，哈密屯认为，应作厖勒特勤。但值得注意的是，厖勒特勤死后，西迁回鹘的领袖却变成了仆固俊，其所建赫赫功业不仅与厖勒特勤相比毫无逊色，而且有以过之。此人取代厖勒特勤成为北庭回鹘，即西州回鹘，或曰高昌回鹘汗国的创业君主，标志着回鹘汗统发生了第三次重大的历史变化，汗系由药罗葛氏，变为阿跌氏，再变为仆固氏。以上率众南迁的乌介可汗、那颉啜以及率众西迁的厖勒特勤都是出自阿跌氏汗裔，而自此以后，高昌回鹘的历代君主都已是出自仆固氏了。
        11世纪学者伽尔底兹（Gardizi ）《纪闻花絮》一书记载了一个九姓铁勒（九姓乌古斯）首领的传说，对于研究高昌回鹘汗国的起源及仆固氏汗统在西迁回鹘中的确立具有重要的参考意义：
        说起九姓铁勒，该王自称九姓铁勒可汗，在他的一族中间有一个叫阙特勤（kul tegin）的著名人物，他的母亲是Archin人， 是个自由人，阙特勤的异母兄长是可汗，其兄要杀害阙特勤，把他的喉咙砍断后置于山上，阙特勤的乳母把他送到明教的经师那里，经过医治，逐渐好转，终于痊愈。后来，阙特勤到九姓铁勒的都城Azal隐居起来，派人尽量讨好可汗，让可汗心里高兴，可汗终于回心转意，答应了不再杀害他，但不准他进入王宫，派他当了五城（panjikath）的总督， 他在那里积聚力量，与当地人交朋友，经常对他们施以恩惠，暗中等待时机。这时听到可汗要去狩猎的消息，于是便集合了大批队伍去袭击可汗，阙特勤打败了可汗，可汗逃到城里固守，阙特勤命令放水淹城，城墙坍陷，阙特勤宣布凡投降者一律赦免，其余的人都被杀，只有九姓铁勒可汗仍呆在城里，阙特勤命令部下把他绞死了。于是他就接管了可汗的宝位。这一传说虽然未必尽是信史，但必定蕴涵着历史的投影。据此可知，这位阙特勤（kul tegin）本为都于Azil城中九姓铁勒可汗的异母弟， 曾出任五城（别失八里）总督，后来杀可汗而夺其位。按Azil即焉耆，则被杀之九姓铁勒可汗必即厖勒特勤。这位阙特勤同汉文史料中主政庭州的仆固俊身份非常相似，“kul”、“库”、 “俊”字亦恰存在对音关系。仆固俊曾隶归义军节度使张义潮麾下，史载咸通七年（866 ）：
        十月，沙州张义潮奏，差回鹘首领仆固俊与吐蕃大将论恐热交战，大败蕃寇，斩论恐热，传首京师。（注：《资治通鉴》卷350， 咸通七年。）又有史料载：
        懿宗时，（回鹘）大将仆固俊自北庭击吐蕃，斩恐热而取西州、轮台等城，使达干米怀玉来朝，目献俘。（注：《新唐书》卷217， 回鹘传。）
        仆固俊既攻取了庭州，乃主其地，继又取得西州，轮台、清镇诸城，渐为一方之雄。与此同时，其势力也开始东向发展至甘、肃、瓜、沙诸州一带，河西回鹘或即其部曲之留居者，后来又发动政变，攻占焉耆，杀厖勒特勤，取而代之，成为高昌回鹘的始祖，自此，古老的漠北强部仆固开始以回鹘的名义号令西域了。