大运河机制的逐渐衰落促进了19世纪初有关海上交通和京师粮食供应的战略思想的改变。主要由于黄河泥沙淤塞，到19世纪20年代中期苏北的大运河随之开始淤塞，大号漕船和小号的驳船逐渐不能通行。面对这个难题，清政府被迫另想办法向京师运粮。更由于京师粮食后备日渐匮乏，其急迫性大大地增加（注：李文治、江太新：《清代漕运》，北京：中华书局1995年版。）。正当粮食储备减少之际，又遇上军情和饥荒告急。原来自18世纪后期开始，清朝屡屡遇到叛乱起义情事，尽管私营粮商系统协助减轻了食粮的短缺，缓解了军需和赈灾需求；而地方市场的需要和救济品的发放的主要来源，仍仰给于京师的谷仓（注：李明珠与Alison Dray-Novey.：《清朝对京师粮食安全的保卫：国家、市场和警察》，见《亚洲研究杂志》，第58卷，第4期，1999年出版，第992－1032页。（Li, Lillian M., and Alison Dray-Novey. 1999. Guard Beijing's food security in the Qing dynasty: State, Market, and police. Journal of Asian Studies 58,4:992-1032.）李文治、江太新：《清代漕运》北京：中华书局。Perdue, Peter C.: 《清朝廷和甘肃粮食市场，1739－1864》，见李明珠、罗友枝合编：《从经济观点看中国历史》，1992年版，第100－125页。（Perdue, Peter C. 1992. The Qing state and the Gansu grain market, 1739-1864. In Li and Rawski, eds. 1992. 100-125.））。
    正当直隶的粮食供应令人发愁之际，自从乾隆派军征战西北最终使北疆和南疆稳定以来，边疆的事态一直使中枢焦心军粮供应的问题，清朝政府探讨过各种新途径来解决北方的粮食供应问题：在华北和边疆扩大生产；扩大利用商人的供应线路；在新疆扩充灌溉工程和举办军屯等等。这种担忧于19世纪20年代发生的南疆叛乱而达到顶点，迫使清政府动员军队赶运粮食来发动一场靡费巨大的平叛战役（注：Borei, Dorothy：《新疆南部种族冲突和清朝土地政策，1760－1840》，见安乐博与林珍珠合编：《龙、虎、狗，清朝地方行政及国力范围》纽约州伊色加，东亚系列，康奈尔大学2001年版。（2001forthcoming. Ethic conflictand Qing land policy in Southern Xinjiang. 1760-1840. In Dragons, tigers, and dogs Local governance and the boundariesof state power in the Qing period. Eds. Rogert J. Antony and Jane Kate Leonard. Ithace NY: East Asian Series, Cornell University.） Millard. James A.:《关外：清朝中亚的经济、种族特点和帝国，1759－1864》。斯坦福：斯坦福大学出版社1998年版。（Millard, James A. 1998. Beyond the pass. Economy, ethnicity, and empire in Qing Central Asia, 1759-1864. Standford: Standford University Press.））。
    19世纪初环境和条件的改变并没有减轻清朝要在京师尽量储备粮食的紧迫感。这种看法基本上没有动摇。改变的是向京师输送粮食的手段的选择。比起单纯依靠政府来扩大包括海运在内的粮食运输系统，依赖往东北的完善的私商运输网络与官商协作似乎更受欢迎。 最后， 随着1825年的一次短暂而激烈的论争之后，清当局决定采纳招商从海道输送江南粮赋充实京师贮备的办法（注：林珍珠：《摇控，道光皇帝对大运河危机的治理》（1824－1826），密执安州安阿柏：密执安大学中国研究中心1996年出版。（Leonard, Jane Kate. 1996. Contrtolling from afar. The Daoguang Empreror's management of the Grand Canl crisis, 1824-26. Ann Arbor MF. Centerfor Chinese Studies Publications, University of Michigan.））。
    各种官商协作的区域性粮食贮备、大运河的衰落、清政府长期推行在商界精英中寻找坚定合作者的海洋政策的成功，以及建立自东南沿海直达东北的单一海上运输线等等措施，都有助于清朝重新认识直通东北的沿海运输系统所起的作用和重要性。当初清朝认为必须实行严格控制的战略观让位于一个要兼顾商营海运在经济和战略上的重要的战略思想。这样就不仅仅保证了沿海人民的生计，又保障了国家后勤。从概念上来说，三个不同的战略地图：东北方的三都城地图，以大运河为中心的全国范围的粮食分配体系图和反正统的东南沿海的海上贸易区图，在某种意义上说，已经拼合成一种犬牙交错的地图，其中战略和商业的利益越来越溶成一体。这一溶合便成为1826年清廷决定实行漕粮海运的近因，并有助于为中国加入近代全球商业性和地缘政治性的相互交往创造条件。