柔克义是于1905年6月1日接替康格于北京正式就任驻华公使。此时抵制运动正在全国逐步展开。柔克义于6月3日会见外务部大臣庆亲王奕劻，后又多次照会外务部，要求清政府制止抵制运动。在6月26日照会中，柔克义甚至指称中国政府纵容抵制活动："贵政府不行严禁，又不分饬各省督抚立禁，敝国政府不能不疑中国各大员以此法为有益于中国，由是中国百姓再行议办。此举不惟阻碍两国国民之利益，且顿减两国政府友谊之情。是以再请贵亲王竭力设法，饬各省禁止此事。"在美国的压力下，清外务部勉强于6月29日电令有关地方督抚，对商民"实力开导"。该电令言道："各埠华商因美禁工续约，建不购美货之议以为抵制。……原属激于公愤，但恐匪徒藉此煽惑愚民，致兹他变，务希实力劝导，将本部现在商办情形晓谕各商，以释群疑，是为至要。"（注：《清外务部档案》，转引自张存武：《中美工约风潮》，第70-72页。）
    当时清政府的态度颇为微妙，很多官员，如梁诚、伍廷芳和山西道监察御史张学华等认为，排华苛约不仅有辱国体，而且困蹙民生，主张利用民气与美国周旋交涉，反对政府对美"稍存退让"，干预抵制活动。因此虽然在美国的压力下发出上述电令，但只言"实力开导"，而且是为了防止"他变"，显然是在敷衍美国，并不打算严行禁止。同时在7月1日致柔克义的复照中除通知美国"已电知沿江沿海各省督抚实力开导"外，还指出："各埠华商建不购美货之议，诚非无因，委以华人赴美，限制太严，美国例禁又多以与华人不便。……但使贵国禁令稍宽，工约亦能和平定订，则此风自能息绝。"（注：《清外务部档案》，转引自张存武：《中美工约风潮》，第71页。）实际上驳斥了柔克义关于中国政府纵容抵制的指责。
    大体而言，美国政府在5月至7月间的态度比较和缓。无论是美国总统罗斯福还是驻华公使柔克义并不赞同西部极端排华分子的主张，他们从维护美国在华长远利益出发，倾向于允许除劳工以外的华人来美，给予公正待遇，并以此作为双方谈判的基础。因此罗斯福果断采取行政措施试图部分改变美国对华人的歧视和虐待。同时柔克义等人也担心，清政府的统治极不稳定，如果强迫清廷采取镇压手段，可能会激起一场革命，这样美国损失更大。柔克义曾将此担忧电告罗斯福，提醒他不可对中国政府过分施加压力。
    但是无论是总统的行政措施还是清廷的"实力开导"都未能阻止抵制运动在全国的迅速开展。罗斯福的行政命令被中国人认为是抵制运动的成果，因此非但未能平息中国人的愤怒，相反还起到鼓励抵制的作用。美国驻中国各地的领事纷纷报道抵制运动使美国的商业利益遭受重大损失，如果不予遏制，仇外情绪的滋长可能会导致义和团排外事件的重演。在华美商也担心，一旦抵制运动获得成功，"这一方法将来会被中国人一再使用"（注：霍华德·比尔：《西奥多·罗斯福和美国崛起为世界强国》（Howard K.Beale,Theodore Roosevelt and the Rise of America to World Power），约翰·零普金斯大学出版社1956年版，第239页。）。于是美国政府从1905年8月起开始采取强硬手段对付抵制运动。
    8月7日，柔克义遵照国务院的指示，以"强硬措辞"照会清外务部，指责中国政府对他的请求不予重视，6月29日给各地官员的命令根本没有任何效果，并指称外务部7月1日照会中认为抵制美货乃因美国限禁华人过严所致足以显示中国政府同情抵制。柔克义声称，正是在各地官员的"指导和参与下"，抵制运动则得以公开进行并迅速蔓延，因此"反美煽动的主要推动者正是那些担任高级官职的人"。如果中国中央政府真有诚意，严令禁止为极容易之事。最后，柔克义转述总统的指令蛮横地说：
    "美利坚合众国总统对贵国政府在这件事情上表现出的过分因循怠慢非常震惊，总统认为他有理由期望中国政府的友谊，但贵国政府却毫无表示。他指示我通知殿下，美利坚合众国政府认为，由于贵国政府显然未能制止目前有组织的反对我们的运动，因此必须对美国利益已经和即将遭受的损失负直接责任。"（注：美国国务院编：《美国外交文件，1905》，第213-214页。）
    8月22日，罗斯福在给柔克义的电报中，诬称中国根本不"珍视正义，相反蔑视软弱"，因此"对中国政府使用强硬语言是绝对必要的"（注：埃尔廷·莫里森等编：《西奥多·罗斯福书信集》第4卷，第1310页。）。此后柔克义又多次照会清外务部，要求清政府严厉禁止反美风潮。
    在美国多次照会的压力下，清政府于8月31日向全国发布上谕称：
    "中美两国睦谊素敦，从无彼此抵牾之事。所有从前工约，业经美国政府允为和平商议，自应静候外务部切实商改，持平办理，不应以禁用美货，辙思抵制，既属有碍邦交，且于华民商务亦大有损失，迭经外务部电行该省督抚，晓谕商民，恺切开导，务令照常贸易，共保安全。著再责成该督抚等，认真劝谕，随时稽查，总期安居乐业，毋负朝廷谆谆告诫之意。倘有无知之徒，从中煽惑，滋生事端，即行从严查究，以弥隐患。"（注：杨家驹主编中国近代史文献汇编之二：《清光绪朝文献汇编》第12册，《光绪朝东华录》，第105页，鼎文书局印行。）
    清廷上谕对抵制运动无疑是一个不小的打击。此后，大多数商人退出抵制阵营，运动转由学界中人领导。粤督岑春煊诱捕广东抵制运动领袖马大臣等人和广东南海县人冯夏威在上海总领事馆前自杀事件发生后，上海和广州的抵制风潮再起。