1905年11初，广州附近连州菜园坝美国长老会的5名传教士被杀，消息传开后震动全国。当时西方舆论普遍认为，这是抵制运动的直接结果。虽然后来的调查结果表明此事与抵制组织毫无关系，但是美国将连州教案归因于长期以来由于抵制美货而在华南民众中产生的一种强烈仇外情绪，这种仇外情绪如果不加遏制会导致义和团事件的重演。因此一些西方报刊鼓吹恢复炮舰外交。美国一些驻华外交官也要求美国政府采取强有力的措施。应美国驻广州总领事朱力尔斯·雷的请求，罗斯福于11月15日下令派遣"一支足够强大的海军力量向中国沿海集结"，同时加强在菲律宾的军事力量，并加紧训练美军（注：霍华德·比尔：《西奥多·罗斯福和美国崛起为世界强国》，第239页。）。据《芝加哥论坛报》报道，这支舰队由四艘战列舰和两艘巡洋舰组成。美国参议院拨款10万美元用于安置驻菲律宾的中国远征军。美国"厄尔卡诺"号战列舰开始在长江游弋，"俄勒岗"号战列舰也出现在香港和广州海面。为了替美国的军事行动辩护，海军部长塔夫脱危言耸听地说："中国处于混乱状态，目前那里的形势与义和团暴乱前的情况非常相似，这是许多人的共识。"（注：霍华德·比尔：《西奥多·罗斯福和美国崛起为世界强国》，第244-245页。）直到1906年4月2日，罗斯福在一封信中仍表示虽然"对中国的远征看来已不必要，但为了做到万无一失，仍要做好准备"，并提出了一个派遣15000名军队的计划（注：埃尔廷·莫里森等编：《西奥多·罗斯福书信集》第5卷，第205页。）。
    除采取军事措施外，美国政府继续通过外交途径对清政府施加压力。1906年2月14日，美国国务卿路特（Elihu Root）照会驻美公使梁诚指责中国政府未能"稍示实力严行禁遏"，对美国政府"意存欺怖"，声称美国政府不能"再置不闻"（注：《清外务部档案》，转引自张存武：《中美工约风潮》，第228页。）。1906年2月25日，南昌发生教案。翌日，路特给柔克义发来一封长电，表示对中国政府的强烈不满和美国对中国仇外情绪滋长的严重关注。路特言道：
    "中国虽未间接鼓励，但对各省地方当局之不友谊行径寄予同情，对美国生命财产的损失未加预防，发生后也未赔偿；政府当局未力令地方官善尽职守或对失职者加以处分。……自中国每一个角落传来不安的消息，显示了暴风雨的将临。而对这些事，中国政府并无自动积极的表示，它显然已忘了义和团之乱的教训。现在和从前一样，政府显要人物均为著名排外人物。""美国政府觉得，我们有充分权利去要求：第一，采取有效措施，以阻止一千九百年暴行的重演；第二，凡同情排外运动者，不论其地位高低，严厉处置之；第三，采有效步骤取缔蔓延中的阻碍合法贸易的组织，……帝国政府应颁发镇压及补救办法的命令，政府代表应即执行。"（注：转引自张存武：《中美工约风潮》，第230-231页。）
    最后，路特指令柔克义火速将此电内容照会清政府。
    在美国的压力下，清廷于光绪32年（1906）2月13日再次发布上谕，宣布严厉镇压抵制运动。谕曰：
    "闻近日以来，讹言四起，适偶有不虞之暴动，遂突生排外之谣传，市虎杯蛇，众情惶骇。推原其故，必由奸人播弄，匪徒煽惑，或思离间我交好，或欲激怒我民心，诡计阴谋，莫可究诘，关系大局，良非浅鲜。……著各省将军督抚严饬该文武各官，认真防范，所有外国人命财产及各教堂，均应一体切实保护，即遇有不平之事，应候官为理论，如有造言生事，任意妄为者，必非安分守法之人，即著赶紧查拿，立行究办。倘或防护不力，致出重情，定将该地方官从重惩处，决不姑息。"（注：王彦威：《清季外交史料》卷196，书目文献出版社影印，第3册，第3046-3047页。）
    此谕发布后，各地的抵制运动逐渐结束。6月10日，美国政府决定放弃赔偿和惩罚有关官员的要求。
    三、美国政策的根源
    排华政策不仅极大伤害了中国人的民族感情，而且从长远来看也并不符合美国的利益。让中国人停止抵制美货的办法应该是改变美国的排华政策，对在美华人给予公正待遇，这不仅是《蒲安臣条约》中规定的美方应该承担的条约义务，同时也应是一个文明国家应有的道义责任。但是，美国政府却动用大棒外交，采取了对中国政府施压的政策，甚至准备出动军舰进行镇压。美国的强硬政策虽然达到了阻止抵制运动的目的，但却激起了中国民众对美国的普遍恶感，从长远来看是得不偿失的。美国的这一政策根源于美国人根深蒂固的种族观念、国内政治斗争需要和19世纪末兴起的海外扩张主义思潮。
    种族观念是美国从欧洲继承并加以发扬的重要遗产。在美国人的种族等级序列中，黄种人是仅次于黑人的劣等民族。这一思想在西部排华分子的鼓噪下在世纪之交尤为盛行。这一时期美国对华政策的主要制定者--美国总统罗斯福是美国历史上对中国最具种族偏见的总统之一。他当选美国总统前曾积极支持排华运动，相信华人赴美会损害美利坚民族的纯洁，威胁美国文明。他声称，中国是一个不开化的民族，因此"不能用对待文明民族的方法对待中国人"（注：霍华德·比尔：《西奥多·罗斯福和美国崛起为世界强国》，第249页。）。正是在种族思想支配下，他告诫柔克义中国不会珍视正义，相反"蔑视软弱"，令其对华采取强硬政策。美国学者霍华德·比尔指出，"影响罗斯福理解中国的障碍就在于他不相信中国人具有'高贵民族'的性格和雄心"，"对中国弱点的蔑视则使其不能有效地应付中国新生的民族主义运动"（注：霍华德·比尔：《西奥多·罗斯福和美国崛起为世界强国》，第251、249页。）。因此当柔克义提醒他，抵制美货运动和同时期收回粤汉路权运动反映出中国"正在崛起一种新的民族主义精神"，建议不可过分向清政府施压时，罗斯福断然加以拒绝，坚持要"对中国无法无天的行为给予严厉的惩罚"，并责备柔克义"完全误解了中国的事实"（注：韩德：《边疆防卫与门户开放》（Michael Hunt,Frontier Defense and the Open Door），耶鲁大学出版社1973年版，第95、97页。）。