继缅、菲两国之后，日本赔偿外交的下一个目标是印度尼西亚。印尼是最早与日本进行赔偿交涉的国家。1953年10月冈崎出访印尼之后，双方对赔偿问题的交涉因赔偿数额的差距悬殊而无结果。解决对缅、菲赔偿问题后，日本便着力解决对印尼的赔偿问题。日方于1957年2月提出方案，主张赔偿2亿美元，取消印尼贸易差额1.7亿美元中的1亿美元，并提供5亿美元的经济合作及0.7亿美元的政府借款。印尼外交部提出的方案是：赔偿3亿美元，在1.7亿美元的贸易差额中，取消1.1亿美元，经济合作款项为5亿美元，政府借款0.6亿美元。此次交涉由于印尼阿里内阁总辞职而中断。1957年4月，印尼总统苏加诺责成朱安达组阁后，加紧了对日索赔步伐。日方也积极作出反应，双方交涉频繁。在日本首相岸信介第二次出访东南亚时，日本与印尼之间的赔偿问题得到了解决。1958年1月签署《日本和印度尼西亚和平条约》、《日本和印度尼西亚赔偿协定》、《日本和印度尼西亚处理已清帐目及其它帐目余款请求权的议定书》、《日本政府和印度尼西亚共和国政府关于经济开发贷款的换文》等。其中规定：两国结束战争状态并尽快进行缔结贸易、航海、航空关系等条约的谈判；日本12年内向印尼提供总值2.2308亿美元的生产品与劳务赔偿；日本向印尼提供4亿美元的商业投资、长期贷款及类似贷款；日本放弃向印尼索取约1.77亿美元贸易差额的请求权等。（注：鹿岛和平研究所编：《日本外交主要文书·年表》（第1卷1941～1960年），第843～844页。）同年4月，日本与印尼间的和平条约生效，两国建立外交关系。
    东南亚最后与日本签署赔偿协定的是南越。（1954年7月越南分裂后的南部越南）。《旧金山对日和约》签订后，南越曾提出20亿美元的赔偿要求。但二战期间受害最重的是越南北部而非南部。1954年7月越南分裂后，日本追随美国的亚洲政策，选择南越作为赔偿对象。1955年1月，日本向南越提出400万美元的赔偿案。1956年1月，南越再次向日本提出赔偿要求，赔偿额降至2.5亿美元。鸠山内阁于同年8月提出的方案为：赔偿800万美元，经济借款1200万美元以及沉船打捞等，共计2000万美元。南越拒绝了日方的提案，并于9月18日算出其战争损失为20亿美元，要求日本赔偿2.5亿美元。1957年1月，南越又作让步，要求赔偿2亿美元。此后，双方一再讨价还价。仅1957年1年之中，日本先后提出了19个赔偿方案，各方案的赔偿额时多时少。12月底，双方在赔偿额上大体接近。1958年1月，植村大使回国，日越交涉中断。同年5月，双方再开赔偿交涉，并达成最终协议。1959年5月13日，双方签署《日本南越共和国赔偿协定》、《借款协定》、《关于经济开发借款的交换公文》等。其中规定：日本在5年内向南越提供3900万美元的产品及劳务；3年内提供750万美元的借款，用于由南越采购为实施两国政府同意的计划所需的日本产品及劳务；5年内提供910万美元的长期经济开发借款。（注：前引《日本外交主要文书·年表》（第1卷1941～1960年），第915页，第921页，第924页。）上述条约于1960年1月生效。
    日本除了对上述四国的正式赔偿之外，还与放弃赔偿要求的柬埔寨、老挝以及虽为受害国，但不具有索赔权的泰国、马来西亚、新加坡等国家达成协议，以经济合作或经济援助的形式，向这些国家支付了准战争赔偿。1958年10月15日，日本与老挝签订《日本国与老挝之间经济技术合作协定》（1959年1月23日生效），日本以赠与“产品与劳务”的形式，对老挝提供10亿日元（相当于278万美元）的经济援助。（注：日外务省编：《我国外交的近况》，（1959年3月，第3号），第59页。）1959年3月2日，日本与柬埔寨签订《日本与柬埔寨经济技术合作协定》（1959年7月6日生效），日本以赠与“产品和劳务”的形式，对柬埔寨提供15亿日元（相当于417万美元）的经济援助。（注：日外务省编：《我国外交的近况》，（1960年6月，第4号），第86页。）1955年7月9日，日本与泰国签订《日泰特别日元协定》，规定日本将分5年以英镑付给泰国54亿日元，日本还将以投资和贷款方式向泰国提供货物和劳务，数额为96亿日元。（注：前引《日本外交主要文书，年表》（第1卷1941～1960年），第721页。）1967年9月21日，日本分别与马来西亚和新加坡签订了关于在战争期间屠杀当地华侨所欠的“血债”问题的协定。日本将无偿赠与马来西亚价值2500万马来西亚币（约合817万美元）的日本产品和劳务，马来西亚则同意由第二次世界大战中的“不幸所产生的一切问题，至此完全且最终得到了解决。”（注：〔日〕鹿岛和平研究所编：《日本外交主要文书·年表》（第2卷，1961～1970年），第724页。）与新加坡签订的“血债”协定所规定的赠与数量与马来西亚相同，对新加坡所欠的“血债”也由此而一笔勾销。