果然，政协会闭幕不久，国民党代表王宠惠便根据蒋介石的指令，在3月8日宪草审议委员会协商小组举行的首次会议上，正式提出了修改十二条原则的三点要求：1.国大为有形国大；2.采总统制，反对责任内阁制；3.省不能自制省宪，只能制定地方自治法规。周恩来即席发言，反对国民党三点修改要求，认为“宪草与政协全部决案有关，不能单独解决，国民党方面是否负有遵守国大及宪草决议的责任，应当明白表示”。张君劢、章伯钧也指出，民盟“坚持一贯主张，认为宪草问题应与其他问题一并解决”。此后围绕国民党的三点修改要求，国共双方多次发生争执，会议陷入僵局。为了打破这种僵持的局面，使宪草审议工作得以进行下去，在3月15日政协综合小组和宪草审议委员会协商小组联席会议中途休息时，周恩来便与张君劢商量对国民党的要求作出一些让步。据有关资料记载，当时“君劢说：不能让步，要及早堵住才好。周恩来说：政治是现实的事情，走不通就得设法转圜，不能因此而牵动大局”。经周恩来说服，“张君劢也就活动了”。周、张商量的结果，同意：1.国民大会为有形之国民大会；2.政治协商会议关于宪草修改原则之第六项第二条，即“如立法院对行政院全体不信任时，行政院或辞职，或提请总统解散立法院，但同一行政院长不得再提请解散立法院”之条文取消；3.省宪改为省自治法，并就此与国民党方面达成协议。这三点协议虽然将国民大会从无形恢复为有形，取消了立法院对行政院的不信任权和行政院提请解散立法院权，改省宪为省自治法，但它并没有改变国会制、责任内阁制和省自治的原则。张君劢后来在《中华民国宪法十讲》中，就明确指出，各党派“同意放弃了不信任投票之制，但并不是放弃了责任政府之制”。
    三点协议达成，接下来便是根据宪草修改原则起草宪法条文。当时有分十个委员会起草之议。但张君劢认为这根本不可能，因为“宪草有如一篇文章，有如一幅画，不能分散来作。若由十个委员会合作，甲会以乙会为不对，乙会以丙丁等会为不对，将来不知什么时候才能完成”。于是他便私下动手草拟了一部宪草。他在起草宪草时坚持三个要点，即：“（一）欧美民主政治与三民五权原则之折衷；（二）国民党与共产党利害之协调；（三）其他各党主张之顾到”。宪草拟好后，他告诉宪草审议委员会召集人孙科，说他“已草了一部宪草，大家要也好，不要也无所谓。谁想就被接受了，由雷秘书长（震）印出来，作为讨论的基础”[5]。
    张君劢起草的宪草共14章149条。宪草审议委员会和政协综合小组在审议这部宪草时又发生了激烈的争论。争论最久也最激烈的是行政院对立法院负责的问题。根据政协通过的宪草修改之十二条原则，张君劢起草的宪草规定：“行政院为国家最高行政机关，对立法院负责”（第51条）；“立法院对行政院重要政策不赞同时，得以决议移请行政院变更之，行政院对于立法院之决议得移请其复议，复议时，如经出席立法委员三分之二维持原决议，行政院院长应予接受或辞职”（第54条）；“行政院对于立法院通过之法律案、预算案、条约案应予执行，但行政院如有异议，得于该案送达后十日内具备理由移请立法院复议，复议时，如立法院仍维持原案，行政院院长应予执行或辞职”（第55条）。4月13日的讨论会上，国民党代表吴铁城表示，国民党要“五五宪草”的总统制，反对行政院对立法院负责，而主张行政院应向总统负责。吴氏的意见立即遭到了中共代表和民盟代表的坚决反对。
    国民党要求取消行政院对立法院负责的条款没有实现，又由王世杰提出行政院对立法院负责要有一定的前提条件，并要求对张君劢所拟的上述条款作如下修改：行政院依下列规定，对立法院负责：1.行政院有向立法院提出施政方针及施政报告之责，立法委员在开会时，有向行政院院长及行政院各部会首长质询之权；2.立法院对于行政院之重要政策不赞同时，得以决议移请行政院变更之，行政院对于立法院之决议得经总统之核可，移请立法院复议，复议时，如经出席立法委员三分之二维持原议，行政院院长应即接受该决议或辞职。3.行政院对于立法院决议之法律案、预算案、条约案，如认为有窒碍难行时，得经总统之核可，于该决议案送达行政院十日内，移请立法院复议，复议时，如经出席立法委员三分之二维持原案，行政院院长应即接受该决议或辞职。显而易见，王世杰所提出的修改之条文，其目的在于加强总统的“核可”权，使立法院受到限制，行政院不能自立，从而失其责任内阁制的基本精神。故此它仍遭到了共产党方面的坚决反对。中共代表李维汉（代替1946年4月8日因飞机失事而牺牲的秦邦宪为中共宪草审议委员会代表）指出：“王世杰修改之条文，与政协所通过的授予行政院之权责的原则不符”，声明保留政协所通过该项原则之立场。据雷震在《制宪述要》中回忆，由于中共的坚决反对，王世杰的条文“最后仍未获致协议”[6]（p27）。
    有关人民自由权利的条款，各方的意见也有分歧。张君劢在起草宪法时，根据政协通过的十二条原则，采用宪法保障主义的形式对人民所应享有的自由权利作了详细规定。然而他在对人民的自由权利作了详细规定之后，又写了这样一条，即“以上各条列举之自由权利，除为防止妨碍他人自由，避免紧急危难，维持社会或增进公共利益所必要者外，不得以法律限制之”。这条条文的用意，用雷震的话说，“显然是要限制上述各种自由权的”，不符合宪法保障主义精神。据雷震回忆，在讨论这条内容时，国民党代表主张这一条应广泛而抽象，以便对人民的自由权利施以各种限制，而非国民党的代表则认为这一条应狭窄而具体。因此，这一条文的文字曾数次变更，后来虽然民盟和青年党的代表同意在狭窄而具体的条件下将这一条文写入宪草，但共产党代表则始终“未予赞同”。