陈垣不仅注重材料数量，而且重视质量，精心择取史料。首先，他注重鉴别史料的真伪正误。“他不但能充分地掌握资料，而且又善于鉴别资料的价值、真伪，检验资料的正误和可信程度，对材料进行分析、综合、比较、研究，据以做出结论。”（注：刘乃和：《书屋而今号励耘》，见《励耘书屋问学记》，生活·读书·新知三联书店，1982年，第144页。）他利用校勘学、版本学、避讳学、年代学、史源学等多种方法来考证史料，“同则取其古，异则求其是，伪者订之，疑者辨之”，（注：陈垣：《释氏疑年录·小引》，中华书局，1964年。）保证了自己作品中史料的真实性和可靠性。尤其值得重视的是，他始创“史源学”，为考订史料真伪正误提供了科学的方法，为后人鉴别择取史料提供了范例。对于不可考的史料，他谨慎对待，如“回教人著述有以米芾为回回人者，以尚无确据，姑置之，而论其有确据者。”（注：陈垣：《元西域人华化考》，见刘梦溪主编《中国现代学术经典·陈垣卷》，河北教育出版社，1996年，第55页。）他还非常注重考证其他典籍中史料的正误。如在《中国佛教史籍概论》中，他纠《四库全书总目》之误二十九条，避免了《总目》贻误后人。其次，面对众多史料，陈垣总是“使用最能说明问题的材料”（注：刘乃和：《书屋而今号励耘》，见《励耘书屋问学记》，生活·读书·新知三联书店，1982年，第144页。）。如在《通鉴胡注表微》中，他用史实来表述胡三省的感慨，“如果找事实，则必须与身之相近时事实，即宋末及元初事实，是为上等；南宋事实，次之；北宋事实又次之；非宋时事实，则无意味矣！”（注：陈智超编注：《陈垣来往书信集》，上海古籍出版社，1990年，第650、645、686、645、679页。）作者从上千条资料中，择取了最能说明胡三省心声的资料，写成了《通鉴胡注表微》，材料典型准确，紧贴于写作宗旨，充分揭示了胡三省的生平抱负和治学精神。
    由此可见，陈垣对待史料的观点是博采慎取：首先采用多种方法竭泽而渔，尽量多的占有材料，在博采的基础上，谨慎择取史料，用最可靠恰当的材料说明问题，力争做到字字皆准，事事皆确。
    三、编纂之义例
    为了使文章层次分明，错落有致，必须确定严谨缜密的义例。陈垣年少时曾以科考佳作为范本，“揣摩其法度格调”（注：陈智超编注：《陈垣来往书信集》，上海古籍出版社，1990年，第676、667、668、674、636、11页。），为日后著述奠定了良好的基础。检阅陈垣相关论述，考察其著作特点，可以看出他非常注重为文的法度格调，关注编纂著述中的每处细节。
    注重标目“名以定体，为实之宾，苟失其途，有乖至理。”（注：刘知几：《史通·题目》。）陈垣非常重视文章标目，他作品的标题大都几经修改，力求准确简明，体现出一个学者对学术的认真态度。如在家书中他曾说：“余著《清初僧诤》初稿已成”，（注：陈智超编注：《陈垣来往书信集》，上海古籍出版社，1990年，第676、667、668、674、636、11页。）又说“《僧诤记》二稿成，加一‘记’字”，（注：陈智超编注：《陈垣来往书信集》，上海古籍出版社，1990年，第676、667、668、674、636、11页。）最终定名为《清初僧诤记》；又如“《新创三教考》拟改为《新道教考》”，（注：陈智超编注：《陈垣来往书信集》，上海古籍出版社，1990年，第676、667、668、674、636、11页。）即《南宋初河北新道教考》；《旧五代史辑本忌讳改窜例》（注：陈智超编注：《陈垣来往书信集》，上海古籍出版社，1990年，第676、667、668、674、636、11页。）最后定名为《旧五代史辑本发覆》；比较修改前后的标题，定名都更加准确贴切，充分概括了作品的主要内容，于细微之间体现了学者的良苦用心。他还讲求标题要能吸引人的注意，如《〈切韵〉与鲜卑》《汤若望与木陈忞》等，都能吸引读者的兴趣，引起读者的好奇。虽然讲求新颖，但陈垣标目从不哗众取宠，而是朴实无华，体现了他谦虚谨慎的学风。如先生说自己撰写的《史讳举例》，只是史讳的举例而已，名之为《史讳研究》，还不能名副其实。（注：杨殿珣：《学而不厌，诲人不倦--励耘书屋问学忆记》，见《纪念陈垣校长诞生110周年学术论文集》，第334页。）又如《中国佛教史籍概论》，名为“概论”，但实际上为中国提要目录开拓了一个新的道路，称之为“研究”也不为过。陈垣为文多喜题“考”、“记”、“举例”、“释例”等，体现了他谦虚的学术精神。
    重视序跋附录陈垣的著作大都有自序。以《〈史讳举例〉序》为例，他首先明确“避讳”的定义，总结避讳的历史和作用，并综述以往学者对避讳研究成果，最后说明本书的体例、主要内容及编写目的“意欲为避讳史作一总结束，而使考史者多一门路一钥匙也”，此序言简意赅，提纲挈领，充分体现了“书之有序，所以明作者之旨也”。（注：章学诚：《文史通义》。）此序层次清晰，一气呵成，为先生深思熟虑之作，读者读过此序之后便知此书之大概，而且能够产生进一步阅读正文的兴趣，足见先生对序言的充分重视和利用。在先生的大量著作中，还有很多为其他典籍撰写的序跋，也体现了先生对序跋作用的认识和理解。针对不同的典籍，先生具体问题具体分析，在序跋中提供给读者大量信息。如《重刊〈铎书〉序》，陈垣首先征引大量典籍，考述作者韩霖的生平事迹及著述，随后总结本书主要内容和使用价值，马相伯先生称此序“详博而赅”（注：陈智超编注：《陈垣来往书信集》，上海古籍出版社，1990年，第676、667、668、674、636、11页。）。又如《跋〈明季之欧化美术及罗马字注音〉》，纠正了《四库提要》对此书作者和成书年代的谬误。陈垣为他书作序，充分借鉴了传统考据式书目提要的精华，融介绍、考证及评论于一体，向读者展示了阅读本书之前所应该了解的种种信息。此外，陈垣的著作大都附有《征引书目》作为附录，为后人查引资料提供了诸多方便。