傅斯年的学术领导才干主要体现在他担任中央研究院历史语言研究所所长这一工作岗位上（1928-1950年），史语所历年的工作报告表明他为该所的学术规划、人才聘请、资金筹措、图书购置付出了极大的心血，使史语所在短短时间内迅速崛起，成为世界引人注目的研究中国历史、考古、语言的学术重镇。对于傅斯年主持史语所的工作，他的至友罗家伦有过这样一段评价：“他办历史语言研究所时所树立的标准很高，观念很近代化。他的主张是要办成一个有科学性而能在国际间的学术界站得住的研究所，绝对不是一个抱残守缺的机关。他对于外国研究中国学问的汉学家中最佩服的只有两个人，认为其余的许多都是洋骗子。一个是瑞典的高本汉（Karlgren），讲中国语音学的专家；一个是法国的伯希和（Peliot），讲中国唐史、中央亚细亚研究的专家。这两个人对于中国学问的科学性的造诣，给予了孟真（傅斯年--引者注）很大的刺激。可是孟真办理历史语言研究所的成绩，反过来得了他们两人很深的敬佩。”（注：参见罗家伦《元气淋漓的傅孟真》，原载1950年12月31日台北《中央日报》。该文收入王为松编《傅斯年印象》，上海：学林出版社，1997年12月版，第11页。）杜维运先生也如是高度赞扬傅斯年领导史语所的成就：“自晚清迄今百年间的新史学，其创获辉煌成绩者，不是梁启超、何炳松所倡导的新史学，而是傅孟真先生所实际领导的新史学。找出一个新方向，领导一个学术群体，共同从事史学研究，历久而不衰，在中国历史上，甚少前例。有之则自孟真先生领导中央研究院历史语言研究所始。这是中国史学史上的新猷，甚值珍视。”[1]
    提到傅斯年治理史语所，不得不首先从1928年10月傅斯年在《国立中央研究院历史语言研究所集刊》创刊号上发表的《历史语言研究所工作之旨趣》（以下简称《旨趣》）[2]一文谈起，这是他的就职宣言，也是他的治所大纲。对于这篇《旨趣》，吴相湘先生将它与胡适所撰北京大学《〈国学季刊〉发刊宣言》相提并论，称它们“为近五十年中国文化史研究的两大重要文献，亦为奠定中国现代历史学之两大柱石。而傅之号召比较胡适更具积极性。”[3]（P221）许冠三评述新史学九十年所走过的路程时也认为：“即令长达两百页的《性命古训辨证》不算‘巨著’，仅仅是《历史语言研究所工作之旨趣》一文，和准此而推行的现代研究事业，已足够令他名垂史林了。”[4]（P214）的确，这篇《旨趣》在中国历史学研究从传统向现代转型过程中，是一块高耸的里程碑。
    一
    在《旨趣》中，傅斯年开首即明确历史学的性质只是“史料学”。“历史学不是著史；著史每多多少少带点古世中世的意味，且每取伦理家的手段，作文章家的本事。近代的历史学只是史料学”。作为“史料学”的历史学有三项基本要求：一、“凡能直接研究材料，便进步。凡间接的研究前人所研究或前人所创造之系统，而不繁丰细密的参照所包含的事实，便退步”。二、“凡一种学问能扩张他研究的材料便进步，不能的便退步”。例如，西方汉学在挖掘材料方面有两个强项：一是研究四裔问题的“虏学”，一是利用神祇崇拜、歌瑶、民俗等材料。“西洋人做学问不是去读书，是动手动脚到处寻找新材料，随时扩大旧范围，所以这学问才有四方的发展，向上的增高”。三、“凡一种学问能扩充他作研究时应用的工具的，则进步，不能的，则退步”。这里的所谓“工具”不是仅指方法，而是包括各种技术手段、方法，“现代的历史学研究，已经成了一个各种科学的方法之汇集。地质、地理、考古、生物、气象、天文等学，无一不供给研究历史问题者之工具”[2]。这三条对历史学的定性来说，其实并不是什么新要求，自古以来优秀的历史学家无不本此原则来要求自己，惟因傅斯年在提出这三条要求时注入了新的因素，表达得更为精当，才赋予了其应有的时代意义（注：在北京大学研究所国学门、清华大学国学研究院时，已有学者（如刘半农、周作人等）注意利用“神祇崇拜、歌谣、民俗等材料”来开拓民俗学研究，亦有学者（如王国维）注意利用地下文物材料，但注意到西方汉学的“虏学”性质，特别提出西方人“做学问不是去读书，是动手动脚到处寻找新材料”，历史学研究的是“各种科学的方法之汇集”，这是傅斯年当时最为引人注目之处。）。
    中国历史学源远流长，有其丰富的可资利用的历史遗产。以傅斯年的眼光来看，西汉的司马迁，北宋的欧阳修、司马光，明清之际的顾炎武、阎若璩，都是使用直接材料，采用科学方法治史的优秀史学家。“而到了现在，除零零星星的几个例外以外，不特不因和西洋人接触，能够借用新工具，扩张新材料，反要坐看修元史修清史的做那样官样形式文章，又坐看章炳麟君一流人尸学问上的大权威”。所以傅斯年提出的三大宗旨：“第一条是保持亭林、百诗的遗训。”[2]