20世纪20年代国内学术界曾经轰轰烈烈地开展“整理国故”运动。1923年1月，胡适作《〈国学季刊〉发刊宣言》时提出了三点要求：“第一，用历史的眼光来扩大国学研究的范围。第二，用系统的整理来部勒国学研究的资料。第三，用比较的研究来帮助国学的材料的整理与解释。”（注：参见胡适《〈国学季刊〉》发刊宣言》，原载1923年1月《国学季刊》第1卷第1号。该文收入《胡适文集》第3册，第17页，北京大学出版社1998年版。）随着北大的发起，南北响应，“整理国故”运动随之在全国范围内展开。但这场运动从一开始在其内外就有各种争议。一是有没有必要在现阶段以这种轰轰烈烈的大规模方式开展一场“整理国故”运动。二是采用什么方法来处理“国故”，是采用现代科学的方法，还是仅仅沿用传统朴学的家法。三是“整理国故”是否应该存有民族主义的历史态度，即是“同情的理解”，还是此种研究与民族主义无关。四是研究的材料如何扩充，这里包括对地下文物材料的挖掘和利用，对外来材料的搜集和利用。胡适、傅斯年从一开始就表明了与章太炎派对“国故”不同处理的立场，但因他们毕竟同意使用“国故”一词，甚至投入“整理国故”，故实际成为这场运动的推动者。站在这场运动之外的陈独秀、鲁迅等人不仅反对以国粹主义的心态来“整理国故”，而且对发起这样一场运动持保留甚至抵制的态度（注：参见陈独秀《国学》，原载1924年2月1日《前锋》第3期，该文收入《陈独秀文章选编》中册，北京：三联书店1984年版，第404页。鲁迅《坟·未有天才之前》，《鲁迅全集》第1卷，北京：人民文学出版社1982年版，第167页。）。
    最初热衷并推动“整理国故”运动的是胡适与北大的章门弟子。随着“整理国故”运动的进行，胡适与章门之间的裂缝也逐渐公开化，扬王（国维）抑章（太炎）的倾向在胡适这一边渐渐抬头。本来新文化阵营中的陈独秀、胡适等人在政治上与怀有清朝遗民情结的王国维是截然对立的，而与章太炎及其弟子相一致，这是他们最初在北大合作的政治基础。但王国维治学采用近代科学方法，重视异域成果的借鉴，将地下材料与书面材料相印证，重视开拓新的领域，这些都是对清代汉学的突破，在学术上为新学术的先锋，故得到新文化阵营的认同，胡适、傅斯年都极为推崇王国维。从“五四”时期胡、傅共同赞扬王国维的《宋元戏曲史》，到胡适拉王国维为《国学季刊》写稿、推荐王国维担任清华大学国学研究院导师，都反映了这一倾向。到20年代中后期，梁启超、胡适、陈寅恪、顾颉刚、鲁迅、郭沫若等人对他的成就都有一致的好评，在当时的所谓国学领域，王国维几乎已取代章太炎而成为最有影响的典范人物（注：参见《胡适的日记》1928年8月28日条，香港：中华书局，1985年版，第440页。在日记中，胡适称“章炳麟在学术上已半僵了”，“只有王国维最有希望”。）。正是在这样的背景下，傅斯年才表现出了决裂的勇气，在《旨趣》中第一次公开批评章炳麟君（此前傅斯年称章太炎先生）“尸学问上的大权威”，“在文字学以外是个文人”，“不特自己不能用新材料，即是别人已经开头用了的新材料，他还抹杀着”[2]。这里所说章太炎抹杀新材料是指章氏不承认甲骨文的价值，傅斯年与他的分歧正在于此。在前进的学术界，章已成为一个历史的存在。后来史语所最卓有成效的工作即是从田野考古工作开始。可以说，《旨趣》一文既是与章太炎一派的彻底决裂，也是对前此“整理国故”的超越。
    针对国内学术界流行的各种主张和选择，傅斯年表明了新的抉择。（一）“我们反对‘国故’一个观念。”这在“五四”时期原有反对“国粹”的立场上又向前迈进一步。“国故本来即是国粹，不过说来客气一点儿，而所谓国学院也恐怕是一个改良的存古学堂。原来‘国学’、‘中国学’等等名词，说来都甚不详，西洋人造了支那学‘新诺逻辑’一个名词，本是和埃及脱逻辑亚西里亚逻辑同等看的，难道我们自己也要如此看吗？”[2]这里，傅斯年实际上批评了当时两种对待中国历史文化的态度，一种是国粹学派、北大国学门所倡导的“整理国故”运动、清华大学国学研究院，这些以“国”字命名的学派、学术运动和学术机构，他们把研究中国历史、民俗、语言据为己有，作为与西学相别甚至抗衡的“国学”，对中国文化遗产在学术上已经世界化（准确地说是西方汉学化）这一现象视而不见或估计不足；另一种是西方人的所谓支那学“新诺逻辑”，把中国研究变成了一门“虏学”，或将中国文明看成是一种有待考古的死文明，这实是对中国文化历史研究的轻蔑。这就要求摆平中国文化在世界文化中的位置，理顺中西学术之间的关系，将中国历史学研究置于更广阔的视野。
    （二）“我们反对疏通，我们只是要把材料整理好，则事实自然显明了。”[2]“疏证”是清代汉学的家法，“五四”时期，“国故的研究，大半的事情就是疏证”[5]。这一点不仅为时人视为“长处”，也当作科学。1923年12月《学衡》派的大本营--东南大学公布了一份由顾实起草，国文系通过、提出的《国立东南大学国学院整理国学计划书》，这是一份规模宏大的整理国故计划。内中提出“以科学理董国故诚为今日之大利，而弊亦即可立见。盖今日学子之大患，正在徒诵数册讲义，报章，杂志及奉某学术书为神圣，而未尝根本课读古书。即课读古书矣，亦以著有科学系统之色彩。狃于成见，信口开河。譬如戴西洋有色眼镜，视中国所有，无一不可变为西式，是其弊也。”进而提出“以国故理董国故”来弥补其不足[6]。而“以国故整理国故”之法有三：疏证、校理、纂修。他们提出了一大批应该疏证的书目。胡适在总结清代学者的治学方法时，亦曾提出“大胆的假设，小心的求证”[7]（P302）。此方法为顾颉刚所崇信，在古史研究中曾产生了广泛的影响，“疑古”之风顿开，其流弊亦逐渐显露。鉴于此，傅斯年特别提出“反对疏通”。历史研究中对未知的历史常常存在许多因材料不够而产生的盲点，对此，有各种不同的处理办法。傅斯年择取“存而不补”，“证而不疏”的原则，这就要求破除清代汉学和“整理国故”中疏证的陋习。20年代末胡适也醒悟到这一点。胡适从主张疑古，到放弃疑古，到主张对史料不足时悬而不断，实际上也是反对疏证，这在他就老子的年代问题，与梁启超、钱穆、冯友兰、顾颉刚等人辩论中表现得最为明显（注：有关胡适反对疏证的讨论，参见欧阳哲生《胡适与道家》，载《道家文化研究》第20辑，北京：三联书店2003年版，第342-367页。）。傅斯年第一次公开“反对疏证”，实则为落实其以实证的科学方法研究历史的原则。