尽管如此，《旨趣》留待人们思考的问题也是明显的。一是历史学作为一门古老的学科，毕竟有一定的人文性，既然如此，文化依恋、民族情感、历史教化一类的因素就不可能排除，也不应完全排除。二是历史活动的主体是人，历史学研究的主要对象自然是人，以及人与人的关系--社会，如只是强调历史学方法的自然科学化、历史学与自然科学相通的一面，则很难概括历史研究方法的多层次性和复杂性，也很难深入地反映历史学作为一门研究人的社会活动性的历史规律的这一学科特性。这两大缺陷为其它分支的活动预留了空间。当傅斯年领导的史语所在继“整理国故”运动之后成为史学界的主流时，在它的旁边也活跃着两股力量：一股是以郭沫若为代表的马克思主义史学家群体的兴起，他们主要是运用马克思主义方法（也是近代社会科学方法之一种）研究社会历史；另一股是以章太炎、钱穆、柳诒徵等为代表的旧派群体，他们与传统史学继续保持密切的联系，反对将中国历史研究西（汉）学化，主张以同情的理解态度来认知本民族的历史文化。从某种意义上说，这两大支流填补了胡适、傅斯年为代表的正统派之不足。尽管如此，历史学研究毕竟因为傅斯年的大声疾呼和身体力行，终于走上了一条与西方接轨、对话的科学化道路。《旨趣》一文虽未像梁启超那样明白标榜“新史学”，也未与时俱进地喊出与政治革命相类似的“史学革命”的口号，但它毕竟从一个角度将中国史学真正引上了一条新的科学化道路。
    20世纪上半期，中国历史学围绕自身的生存和发展，存在着两条路子之争。一条具有普遍主义的倾向，即强调史学研究的普遍性、普适性和客观性意义，它以梁启超提倡的“新史学”为肇始。梁启超受到进化论的影响，将历史界说为“叙述进化之现象也”，“叙述人群进化之现象也”，“叙述人群进化之现象而求得其公理公例者也”（注：梁启超：《新史学·史学之界说》，收入《梁启超史学论著四种》，长沙：岳麓书社1998年版，第248-252页。），视探讨历史进化规律为历史研究的宗旨。王国维继之，明确“学无新旧也，无中西也，无有用无用也”。他将学术的可比性放大到前所未有的地步，至于“学”之分类可分为科学、史学、文学，“求事物变迁之迹，而明其因果者谓之史学”（注：参见王国维《国学丛刊》序，原载1911年（清宣统三年）《国学丛刊》第一册，收入《王国维文集》第4卷，北京：中国文史出版社1997年版，第365页。）。这实际上也是一种客观化的史学观。他本人的史学实践更是强调证据、注重材料的实证史学。另一条是以章太炎为灵魂的“国粹”派开创的路子，他们注重国家与学术的关系，注重史学阐明义理是非的功用，把史学研究与国家命运和引导社会风气联系在一起，但是对中国历史研究在世界范围内的科学可比性认识不足。傅斯年的《旨趣》一文，是普遍主义史学的进一步强化，它不仅强调了史学研究的客观性、实证性的（自然）科学方法，而且张扬了史学的非国别性和西方东方学（汉学）的学术正统意义。现代历史学研究只有在世界的视域里才能找到其自身的新的起点和立足点，《旨趣》一文实际上也就是引导中国学者找到介入全球化的一条路径，并对中国历史语言学发展的这一方向作了制度化的规定。
    傅斯年的史学思想皆滥觞于此。结合他同期写作的《国立中央研究院历史语言研究所十七年度报告》，其指向近代科学的意向更为明显。“中央研究院设置之意义，本为发达近代科学，非为提倡所谓固有学术。故如以历史之学承固有之遗训，不欲新其工具，益其观念，以成与各自然科学同列之事业，即不应于中央研究院中设置历史语言研究所，使之与天文、地质、物理、化学等同伦”。他提出的史语所的主要具体工作为“甲、助成从事纯粹客观史学及语学之企业。乙、辅助能从事且已从事纯粹客观史学及语学之人。丙、择应举之合众工作次第举行之。丁、成就若干能使用近代西洋人所使用之工具之少年学者。戊、使本所为国内外治此两类科学者公有之刊布机关。己、发达历史语言两科之目录学及文籍检字学。”[10]（P9）这是一份在科学管理上更具现代性、更具操作性的研究计划了。
    此后，傅斯年在《考古学的新方法》、《史学方法导论》（注：《傅孟真先生集》（台大版）和《傅斯年全集》（联经版）在收入《史学方法导论》时，均说明“原书凡七讲，今仅存第四讲”，但从1995年12月《中国文化》第12期第245-249页所公布的傅斯年遗作《中西史学观点之变迁》一文看，此文极有可能是第二讲，或是第二讲的提纲。）《〈史料与史学〉发刊词》等文中所表达的意见大都是《旨趣》一文的发挥和细化。在《考古学的新方法》中，他批评中国考古学家“还是用旧法整理”，并对“疑古”与“信古”表示了新的态度，研究古史“完全怀疑，固然是不对的；完全相信，也是不对的。我们只要怀疑的有理，怀疑的有据，尽可以怀疑。相信的有理有据，也尽可以相信的。”可见他已跳出了单纯“信古”、“疑古”的俗套圈子。他向中国学界介绍了瑞典考古学家安特生（Anderson）“完全用近代西洋考古方法去研究”的路子和史语所进行的殷墟发掘工作（注：参见傅斯年《考古学的新法》，原载1930年12月《史学》第1期。该文收入欧阳哲生主编《傅斯年全集》第3卷，长沙：湖南教育出版社2003年版，第90页。）。在《史学方法导论·史料论略》中，他受到德国兰克学派伯伦汉（Ernst Bernheim）《史学方法论》一书的影响，明确指出：“史学便是史料学。”“史料学便是比较方法之应用”。他将史料分为八对关系，并对之进行了比较。一是“直接史料对间接史料”，二是“官家的记载对民间的记载”，三是“本国的记载对外国的记载”，四是“近人的记载对远人的记载”，五是“不经意的记载对经意的记载”，六是“本事对旁涉”，七是“直说与隐喻”，八是“口说的史料对著文的史料”（注：傅斯年：《史学方法导论·史料论略》，收入欧阳哲生主编《傅斯年全集》第2卷，长沙：湖南教育出版社2003年版，第309-351页。）形成了一个史料学比较方法系统，这比前此王国维提出的“二重证据法”在广度和深度上自然又大大拓展了。在《闲谈历史教科书》中，他重申了民族主义与历史教材的关系，“历史一科与民族主义之密切关系，本是不待讨论的。当前的问题，只在用何方法使历史教育有效的、有益的启发民族思想”。为此他提出五种办法“（1）说明中国人对世界文化上的贡献。（2）亲切的叙述历代与外夷奋斗之艰难。（3）亲切的叙述国衰、国亡时之耻辱与人民死亡。（4）详述民族英雄之生平。（5）详述兴隆时代之远略”。强调历史教育一方面“应该借历史锻炼国民的自重心（不是自大心），启发强国的民族意识，以便准备为国家之独立与自由而奋斗”；一方面“也应该借历史陶冶文化大同思想，使中国人为世界文化之继承者、促进者”（注：参见傅斯年《闲谈历史教科书》，原载1935年10月1日《教与学》第1卷第4期。该文收入欧阳哲生主编《傅斯年全集》第5卷，长沙：湖南教育出版社2003年版，第61页。）。