②考异与考辨：东晋以后，有关三国的史料陆续被发现，裴松之当然不可能不接触这些材料，但这些材料所载内容与陈寿《三国志》常有出入，有时还难辨优劣，于是即利用注的特点，将其搜集到的不同材料，一并抄录下来，供读者研究参考，这种形式称为考异。如《魏书·三少帝纪》载，甘露五年“五月己丑，高贵乡公卒，年二十。”寥寥数语交待了高贵乡公的死，至于原因、经过皆不涉及，这样记载过于简略，不能客观地反映事件全貌。对于高贵乡公的死，很多史书有记载，裴注依次征引了《汉晋春秋》、《世语》、《晋诸公赞》、干宝《晋纪》、《魏氏春秋》、《魏末传》凡六种书。六种书所载重点不同，《汉晋春秋》、《魏氏春秋》都叙述了高贵乡公被弑始末，但也有不同：前者记高贵乡公与王沈、王业、王经谋划诛司马氏，嗣后王沈、王业告发，司马伷率众来击，贾充命成济杀高贵乡公，司马昭见状大惊，曰：“天下其谓我何？”后者记高贵乡公率人下陵云台出讨司马氏，遇雨不改期，被弑，暴雨雷霆，晦冥。《世语》、《晋诸公赞》记王经与王沈、王业不同，前者记王沈、王业告密，王经不去，则由其二人去。后者记王经明确表示不去。干宝《晋纪》与《魏末传》记贾充令成济弑高贵乡公事。前者记贾充语曰：“公畜养汝等，为今日之事也。夫何疑！”后者记贾充语曰：“司马家事若败，汝等岂复有种乎？何不出击！”从以上比较的情况分析，可以认为不同的史籍对同一事物的记载，基本内容一致，但在细节上都有差异，而且对于这些差异，很难判定孰是孰非，所以，裴松之将其全部抄列的做法是合适的。考异虽是诸家史籍罗列，但其先后次第既不是按时间顺序排列，更不是随意排列，而是注者把自己认为重要的置于前。裴松之在所引《汉晋春秋》之后有一按语：“臣松之以为习凿齿书，虽最后出，然述此事差有次第，故先载习语，以其余所言微异者次其后。”这正说明了裴松之考异排列的原则，而这原则又揭示了考异并不是简单地材料堆积，它也包含着撰者的是非倾向。
    在援引材料之后，注者以按语的形式品评这些材料，对其记载的正误、优劣，或作出判断，或提出质疑，这种作法、已不同于仅凭材料排列顺序以见注者倾向的考异，这称为考辨。如《吴书·张纮传》记张纮建议孙权“出都秣陵”。裴松之为其作注，引《江表传》，主要记载了张纮建议的理由，以及刘备亦劝孙权都秣陵事。又引《献帝春秋》，刘备至京，问孙权：“将军无意屯京乎？”孙权说明他将都秽陵的原因。当刘备提出“芜湖近濡须，亦佳也。”孙权则曰：“吾欲图徐州，宜近下也。”裴松之对这两条材料有所评论，指出其谬误，而这主要是针对《献帝春秋》而发的：“臣松之以为秣陵之与芜湖，道里所校无几，于北侵利便，亦有何异？而云欲窥徐州，贪秣陵近下，非其理也。诸书皆云刘备劝都秣陵，而此独云权自欲都之，又为虚错。”从这段按语不难看出，裴松之对《献帝春秋》记载孙权都秣陵的内容持否定态度，但是，他还是在注中引了这条材料，说明裴松之严谨、谦逊的学风，同时也是贯彻其“傍摭遗逸”，“务在周悉”的作注原则。由于考辨有注者对史料是非的评断，对于读者甄择史料有明确的指导意义。
    《三国志》历来以精审为人称道，其实他的精审在很大程度上受到时代的影响。如对高贵乡公死亡的记载如此简单，显然是不合适的，但详述又难免不犯晋廷之忌讳，于是只好简略，实际是隐瞒了历史真象。裴松之以考异或考辨的形式，把所搜集到的不同典籍的记载都排列在注中，使历史事实或是得到补充，或是得以恢复原貌，弥补了《三国志》因某些原因造成的缺陷，提高了这部史著的文献价值。然而，裴注中的考异、考辨的影响还不仅仅限于《三国志》，重要的是，它逐渐成为史注的一种程式，使史注不同于其它典籍的注释，确立了史注本身的特点。更值得注意的是，在《三国志》裴注的启发下，还出现了新的史书编纂体例一一史书考异。史书考异在文献学史上具有重要价值：首先能使相当数量的材料免于亡佚；其次对正式撰成的史书是个重要补充；第三了解撰史者甄择材料的原则；第四深入认识史家的史学思想和治学态度。裴松之以考异、考辩的形式注史，为史注开辟了新的途径，对于史书本身补益极大。
    ③纠谬：这也是裴注的一个重要组成部分。如《魏书·武帝纪》载，曹操于建安八年“冬十月，到黎阳，为子整与谭结婚。”裴松之于其后做案语曰：“绍死至此，过周五月耳。谭虽出后其伯，不为绍服三年，而于再期之内以行吉礼，悖矣，魏武或以权宜与之约言，今云结婚，未必便以此年成礼。”裴松之根据礼，认为尽管袁谭不必为袁绍服丧三年，但也不会两年内为其女行吉礼。曹操为安定袁谭，可能与其约定儿女亲事，但正式行礼则不可能。因此，《魏书》言“整与谭结婚”不妥。又如《魏书·明帝纪》载青龙三年“帝崩于嘉福殿，时年三十六。”裴松之按曰：“魏武以建安九年八月定邺，文帝始纳甄后，明帝应以十年生，计至此年正月，整三十四年耳。时改正朔，以故年十二月为今年正月，可疆名三十五年，不得三十六也。”以上二例都可说明裴注纠缪不武断地判定是非，而是用足够的事实为根据指出其缪误，令人信服。裴注的纠缪，使得《三国志》“事多审正”的特点更为突出。