对于苏联政府来说，1931年开始爆发的反对金树仁统治的起义，并非完全出乎意料。此前苏联通过派驻新疆各机构提供的分析报告，已基本掌握了新疆社会经济矛盾十分激化、有可能发生暴动起义的形势。新疆一些重要的地方官员，也暗中与苏联进行了接触，指望依靠苏联的支持，在混乱中夺权。如喀什行政长官马绍武曾通过苏联驻喀什领事馆要求苏联为拟议中旨在夺取新疆省大权的军事政变提供武器和军队的支持，作为报答，马绍武允诺“届时你们将在这里得到日本在满州地区所拥有的一切”。（注：俄罗斯外交史文献保管与整理中心：全宗62，目录2，案卷2209，第1-2页。）甚至在南疆起义队伍的首领中，也有苏联派遣的革命者。与铁木尔并肩发动和领导库车农民起义的艾合买提，即曾在苏联生活，并在东方共产主义劳动者大学学习，其后加入维吾尔地下组织，接受任务返回新疆南部。（注：俄罗斯外交史文献保管与整理中心：全宗62，目录2，案卷3037，第47页。）
    面对新疆的起义形势，一些苏联上层，特别是与新疆为邻的苏联中亚共和国的一些党和军队的领导人及共产国际的领导人员都认为新疆的革命时机已经到来，那里的民族解放起义将成为世界革命的一部分。他们进行频繁的交流，以确定新疆起义暴动的性质和将其发展成为社会主义革命的可能性。1931年9月，联共（布）中亚局书记鲍曼提出：新疆的起义和暴动已具有“民族解放运动”的性质，因此我们应当提供帮助，应在新疆开始积极的革命工作。部分“军事工作者和国家政治保卫局的工作人员”也认为：新疆目前的“民族运动”是革命性的。而同期共产国际东方秘书处甚至在给共产国际政治委员会的报告中建议：中国西北应建立革命政党，“提出在新疆和甘肃省开展革命工作并建立依靠农民和城市劳动者的人民党是适时的”。（注：俄罗斯外交史文献保管与整理中心：全宗495，目录154，案卷457，第9页。）然而，最终苏联外交人民委员部的意见仍占据了主导地位。在外交人民委员部副委员Л·М·加拉罕签署的致外交人民委员部驻乌兹别克斯坦全权代表的文件中，确立了苏联对20世纪30年代初新疆起义的政策：“鉴于目前存在的军事危险，为执行必须巩固我们的东方接壤国的原料产地的命令，应考虑到：（1）新疆是我国工业的最重要的原料市场之一（羊毛、皮革、棉花、劳动力等）；（2）新疆与我国有着绵延的边界，并经过一些很难防守的地区，而目前那里的形势足够紧张；（3）由于外部政治原因（阿富汗--印度和中国的因素）排除了我们积极参与新疆事务的可能性；（4）马仲英之类的人物目前阶段的行为实质上是争权夺利的上层斗争，并不能改变新疆的社会制度，这种行为……可能会引起新疆内部激烈的民族仇杀并在很长一段时间完全破坏新疆与我交界地区的相对的稳定状态，在新疆‘维持现状’更符合我们的利益……”（注：俄罗斯外交史文献保管与管理中心：全宗62，目录2，案卷2209，第12页。）
    但是苏联和共产国际方面仍坚持认为应援助新疆起义暴动，并为此向联共（布）中央递交了专门报告。内称：虽然穆斯林人民运动的首领中有封建主，“但却不能改变其民族解放运动的性质”。“借助于我们的武器及随之而来的血腥恐怖压制维吾尔和其他民族的民族解放运动，不能不给整个的民族解放运动造成伤害，并促使反革命势力的更大的联合和扩大新疆的反苏基础。因此，我们认为在这种情况下援助新疆政府镇压维吾尔人起义是不适宜的”。（注：俄罗斯外交史文献保管与整理中心：全宗495，目录154，案卷457，第30页。）
    然而，新疆起义暴动中有一点是苏联所未能预料到的，这就是由于外来势力的插手，起义者，特别是南疆暴动者日益明显的反苏倾向。苏方在报告中列出了以下各种情况：（1）在南疆起义民众队伍中有大量与苏境内居民有亲属和其他关系的移民及中亚反苏分子，其中喀什境内有6万名苏联吉尔吉斯移民；（2）英国插手南疆起义，并有在南疆建立独立于中国之外的穆斯林国家的意向；（3）苏联国内的“泛伊斯兰主义”和反苏势力头目已在喀什展开活动，他们有可能组织力量从中国喀什方面对苏领土进行偷袭。（注：俄罗斯外交史文献保管与整理中心：全宗62，目录2，案卷3037，第61页。）
    同时，苏联方面认为：解决与新疆穆斯林居民起义有关问题，对苏联来说意味着解决与这一地区接壤的至关重要的苏联内政问题。在这种形势下其内部认识趋于统一：支持新疆地方政权，维持新疆的统一及为此而镇压暴动成为这一时期苏联对新疆的政策。1931年8月5日，联共（布）中央政治局会议决定采纳外交人民委员部向新疆金树仁政权出售军用飞机和派遣飞行员的建议；继而政治局会议又确认了进一步向金树仁政权提供空投炸弹、大炮及汽油等战备物资；同时决定不给新疆起义暴动者方面以任何帮助。（注：俄罗斯外交史文献保管与整理中心：全宗17（政治局特档），目录162，案卷1，第10页。）1933年“四·一二”政变后，军阀盛世才上台，在他明确表示了亲苏立场后，1933年8月3日由联共（布）中央政治局正式下达了“对新疆工作的指示”，主要内容是：（1）支持新疆同中国分离的口号和政策是不可取的；（2）给以盛世才为首的新疆地方政府以支持，在现时和现有的条件下，支持旨在完全脱离新疆地方政府的运动是不适宜的，然而可以在英国或日本特务的活动不可能取得成效的地区，对组织较为广泛的地方自治持友好的立场；（3）首先必须给新疆地方政府以积极的支持，以粉碎马仲英和其他回人的队伍；（4）利用归化军（由加入中国籍的白俄组成）支持新疆地方政府的稳定和对其进行可能的监督是可行的，同时应采取一切必要的措施对归化军进行防范和监督。（注：俄罗斯外交史文献保管与整理中心：全宗17（政治局特档），目录162，案卷15，第32-33页。）
    “东突厥斯坦伊斯兰共和国”出笼后，其在南疆的猖狂分裂行径及其与国际法西斯势力的勾结，更引起了苏联方面的警惕。从战略上考虑，苏方认为未来德国和日本将对其领土的西部和东部怀有不可告人的目的，并将构成某种威胁，所以不能容忍法西斯军国主义势力染指苏联的“软腹部”中亚及周边地区。针对南疆的失控局势，苏联方面曾直言不讳地告诫中国政府：“倘若中国管理新疆，我们不去过问，但如果你们听任其成为第二个满洲国的话，那我们必定采取行动，保护自己”。（注：《新疆军阀与穆斯林（1919-1949年民国新疆政治史）》，《“双泛”研究译丛》第1辑，第61页。）同期的塔什干苏联报纸则公开指出：如果日本控制新疆得逞的话，巴库的油田就会置于日本轰炸机的航程之内。这也正是在后来盛世才求助时，苏联决定出兵支援新疆省政府的重要原因之一。而此前在阿克苏，苏联方面与南疆分裂政权的名义“首脑”和加尼亚孜进行了接触和谈判，甚至向其提供了有限的武器装备。