第二、“据功业之实而言之”，置历史的“正闰之说”于不顾，力争摆脱传统历史偏见的思想。
    古史有所谓正闰之说，即正统论，这本出于汉代阴阳家用“五德相胜”说附会历史上各朝代相承的关系（硬说有的朝代继承是正统，有的则是僭伪），是一种企图用“天”的意志证实某个政权的权威性的历史唯心主义谬论。但我国古代却一直沿袭此说，到宋代还争论不休。司马光明确表示不赞成这种不合理的传统思想，他说：“是以自古至今，未有能通其义，确然使人不可移夺者也”（64）。当时的正统论者以“秦、晋、隋皆为霸统”（65），不得为正统；“及汉室颠覆，三国鼎峙，晋室失驭，五胡云扰。宋、魏以降，南、北分治，各有国史，互相排黜，南谓北为索虏，北谓南为岛夷。朱氏代唐，四方幅裂，朱邪入汴，比之穷、新，运历年纪，皆弃而不数”（66），这些说法他认为“皆私已之偏辞，非大公之通论也”（67）。司马光主张任何一个政权，“苟不能使九州合而为一统，皆有天子之名而无天子之实者也。虽华夷仁暴，大小强弱，或时不同，要皆与古之列国无异，岂得独尊奖一国谓之正统，而其余皆为僭伪哉！”（68）他还接着用具体的例证批驳了那种用“华夷仁暴”、“自上相授”、“居中夏”或“有道德”等说法来区别“正统”、“僭伪”的历史观，指出它们的矛盾，说明那许多说法都是站不住脚的。司马光在《通鉴》中采用的办法是：“止欲叙国家之兴衰，著生民之休戚，使观者自择其善恶得失，以为劝戒”。具体的像周、秦、汉、晋、隋、唐都曾统一九州，传祚后代，就应全用天子之制对待。对于其它“地丑德齐，莫能相一，名号不异，本非君臣者，皆以列国之制处之”（69）。他认为只有这样，才算是“彼此均敌，无所抑扬，庶几不为事实，近于至公”（70）。司马光“据功业之实”，从实际出发对待历史上各代不同政权的作法，冲破了“正统论”的束缚，使他能够比较正确地对待我国历史上汉族与少数民族政权之间的关系，这是很大的进步。司马光是个儒学家，自然承受了儒家“华夷之辨”的轻视少数民族的思想；但是他曾引证荀悦的话说：“春秋之义，王者无外，欲一天下也。戎狄道路辽远，人迹介绝，故正朔不及，礼教不加，非尊之也，其势然也”（71）。可见他还是承认地区不同，民族间自然存在着差异，因而主张对待少数民族政权，要按照“交邻以信”的原则，尽量做到能平等对待。他对于汉族统治者对待少数民族领袖不守信用的错误作法是坚决反对的。比如贞观十七年（643年）唐太宗恃强与薜延陀首领绝婚，司马光严厉谴责说：“孔子称去食、去兵，不可去信。唐太宗审知薜延陀不可妻，则初勿许其婚可也；既许之矣，乃复恃强弃信而绝之，虽灭薜延陀犹可羞也。王者发言出令，可不慎哉！”（72）这样对待历史上的少数民族政权，尊重其地位与贡献，是难能可贵的。又如对待南北朝埋藏北朝的前、后赵、慕容燕、前秦、后秦以及后来的北魏等政权，和汉族的地方割据政权一样，对其发展、兴亡都有较详细的分析、记录（73）。
    在历史的长河中，各民族及其政权之间，有友好交往，但也不时有战争发生。对于历史上的民族战争，为引起封建帝王的警惕，司马光也毫不隐讳，有较多的记录。特别对较大的战争，记录更详细。在记载中司马光还能对非正义的侵略战争和正义的反侵略战争加以区别对待。比如对公元379年前秦苻坚发动的对东晋的战争，946年契丹发动的对后晋的战争，司马光都明显地站在被侵略的东晋和后晋一边，而对侵略者苻坚和契丹贵族耶律德光采取了揭露其骄傲、愚蠢、残暴的作法，有时甚至是嘲弄的态度。而对汉族人民的反侵略斗争精神寄与了很大的同情。同样地，对历史上汉族统治者发动的对少数民族的侵略和屠杀，采取的是批判和反对的态度。比如169年汉灵帝遣将杀戮陇西各部羌族时，司马光谴责说：“夫蛮夷戎狄， 气类虽殊，其就利避害，乐生送死，亦与人同耳。御之得其道则附顺服从，失其道则离叛侵扰，固其宜也。”又说：“若乃视之如草木禽兽，不分臧否，不辨去来，悉艾杀之，岂作民父母之意哉！”这里对少数民族虽仍有轻蔑的称谓，但实际意义还在于比较平等的相待。他认为“羌之所以叛者，为郡县之所侵冤故也”，叛乱是由汉族地方官之不良引起。“夫御之不得其道，虽华夏之民，亦将蜂起而为寇，又可尽诛耶！”所以他最后谴责汉将说：“然则段纪明之为将，虽克捷有功，君子所不与也”（74）。我国是一个多民族国家，这是历史上形成的，各民族之间有矛盾斗争，也经常和平相处，民族之间的融合要有一个长期的历史过程。能不能正确看待我们这个多民族国家的历史，是评定历史学家是否进步的一个重要标志。对于历史上的少数民族并不简单地看作“蛮夷”，这是司马光在史学上的一个重要突破，表现了他的史学思想的进步性。司马光一定程度上摆脱了“华夷之辨”的偏见，使我国历史记录增加了对少数民族、少数民族政权的重视，增加并充实了历史上有关我国各少数民族活动的内容，使我国的历史在逐步反映我国多民族国家的历史实际方面，大大前进一步。从史学史上看，这是应该给予充分估价的。
    第三、不信佛道，反对阴阳五行迷信荒诞的思想。
    司马光反对阴阳五行，早有论说。嘉祐八年（1063）他在《上英宗言山陵择地札子》中说：“夫阴阳之书，使人拘而多畏；至于丧葬为害尤甚。……臣常深疾此风，欲乞国家禁绝其书，而未暇也”（75）。后在《葬论》一文中又说：“吾尝疾阴阳家立邪说以惑众、为世患，于丧家为尤甚。顷为谏官，尝奏乞禁天下葬书，当时执政莫以为意。今著兹论，庶俾后之子孙葬必以时，欲葬具之不必厚视吾祖；欲知葬书之不足信视吾家”（76）。司马光反对阴阳五行之害，不专指丧葬而言，连有关灾异、符瑞、图谶、占卜之类，统统都在反对之列。他在与范祖禹论修《通鉴》的原则时规定：“妖异止于怪诞、诙谐止于取笑之类，便请直删不妨”（77）。在与刘恕的信中也说：“其符瑞等皆无用可删”（78），这就是司马光等编写《通鉴》时对五行、妖异、符瑞、谶纬诸谬说的明确态度。所以王应麟指出：“《通鉴》不书符瑞，高帝赤帝子之事，失于删削”（79）。意思是说，这类记载，只是偶然的失误。为贯彻反对五行符瑞的思想，在《通鉴》中也有于删削之处，申述所以删削的理由的，比如《通鉴》卷一九六，唐太宗命太常博上吕才与诸术士刊定《阴阳杂书》四十七卷，吕才为之序。《通鉴》删原书而留序言，其《叙录命》说：“禄命之书，多言或中，人乃信之。然长平坑卒，未闻共犯三刑；南阳贵士，何必俱当六合！今亦有同年同禄而贵贱悬殊，共命共胎而寿夭更异”。其《叙葬》说：“今葬书以为子孙富贵、贫贱、寿夭，皆因卜葬所致。夫子文为令尹而三已，柳下惠为士师而三黜，计其丘陇，未尝改移。而野俗无识，妖巫妄言，遂于辟踊之际，择葬地以希官爵；荼毒之秋，选葬时以规财利。或云辰日不可哭泣，遂莞尔而弔客；或云同属忌于临圹，遂吉服不送其亲。伤教败礼，莫斯为甚！”（80）东汉光武帝刘秀信用谶文，司马光引范晔论赞以批其谬误说：“桓谭以不善谶流亡，郑兴以逊辞仅免；贾逵能付会文致最差贵显；世主以此论学，悲哉！”（81）比较起来，王应麟所指“失于删削”而误存的部分，是极少数。《通鉴》之为书，在破除阴阳五行、图谶、符瑞、卜筮等迷信上，是尽了很大努力的。