这样，斯各脱主义与奥卡姆主义就成为了经院哲学内部同托马斯主义相鼎立的两大派别，成为文艺复兴和宗教改革时期的思想家反对教会权威、争取思想自由和自主理性的直接思想来源与动力。如文艺复兴时期的人文主义者就利用它去对抗亚里士多德主义，并将矛头直接指向托马斯主义，怀疑并否定其真理性与权威性。而斯各脱与奥卡姆的学说则直接对宗教改革产生影响。德国宗教改革家路德的“双重真理说”便直接来自于奥卡姆。路德本人也毫不讳言地宣称：“我的老师奥卡姆是一位最伟大的辩证家。”（注：Steven Ozment,The Age of the Reform,Yale University Press,1980,p.238.）可见，文艺复兴和宗教改革时代所出现的那种具有近代涵义的个体的自主的理性主义也并不是无根之木、无源之水。
    西方人经过一个多世纪对古希腊和阿拉伯科学知识的吸收与融合，在13世纪便开始走向发展、创新的道路。这集中体现在依赖于观察和实验的经验科学的兴起上。当然，这种现象几乎遍及各门学科，散布于西方各地。其中尤以英国的牛津和法国的巴黎最为突出。
    罗伯特·格罗斯泰斯特是牛津大学的第一任校长。他不仅有着良好的希腊知识，而且对阿拉伯的科学也极为熟悉。他继承并发扬了柏拉图关于数学是了解物质世界之基本锁钥的观点，又通过对宇宙现象的观察和从亚里士多德那里了解到抽象知识的重要性。这样，他便将古希腊两位伟大思想家所代表的两种学术传统融为一体，从而将自然哲学建立在数学与实验的基础上。这确乎是近代科学传统之肇始。在此基础上，他充分运用阿拉伯学者的那些富于启发性的著作，制定出了一套比亚里士多德更为严密的实验程序。论者认为，“他是发展科学方法的先驱，他提出了一套观察、设想及实验的完整制度，后人将其进一步演化为方法论，至今尚为现代物理科学家所运用。”（注：C.沃伦·霍莱斯特：《欧洲中世纪简史》，第325页。）14世纪的科学家弗赖堡的狄奥多里克就运用他的科学方法基本上解决了彩虹现象的问题。
    格氏的学生罗杰·培根继承了他的这一传统并不断将之发扬光大。培根是一位百科全书式的学者，他在许多学科如数学、光学、力学、炼金术、天文学、逻辑学、机械学等方面都有贡献。同时，他的思想也更为激进。例如，他猛烈抨击同时代的那些热衷于繁琐的逻辑推理和形而上学的经院哲学家，并指出，神学家和哲学家们并不熟知已变得易于获得的科学资料，他们的数学和语言学素养极为贫乏，因此他们最急迫的任务是扩大自己的知识基础。这种尖锐批评可谓正中经院哲学的要害。他的这种宽广的视野正是在阿拉伯人思想的启发下产生的。因为，翻开培根的哲学著作，我们发现，给他的哲学思想以最大影响的是阿拉伯学者伊本·西那，甚至他的写作风格、著作的标题等都源于伊本·西那。而培根本人也明确地谈道，对他来说，“阿维森那是继亚里士多德之后的哲学领袖和哲学王子”（注：E.Gilson,History of Christian Philosophy in the Middle Ages,p.295.）。当然，培根的最大声誉在于对“实验科学”的大力提倡上。他讲道：“事实上，有两种认识的途径：推理和实验。理论得出结论，并使我们承认这一结论，但是它没有担保这一结论不受任何怀疑，如果这一结论并非通过实验的方法而得出。许多人掌握了一些学科的理论，但是由于他们不曾具有这些学科的经验，所以这些理论仍然不会为他们所运用，这也就既不会激发他们去寻求某种善也不会激发他们去避免某种恶……因而，仅仅有推理还是不够的，而实验确实能够满足之。”（注：E.Gilson,History of Christian Philosophy in the Middle Ages,p.310.）为此，他大力提倡科学研究，尤其是进行科学实验，因为在他看来，“在科学研究中，推理是不能证明任何事物的，任何事物都依赖于实验”（注：E.Gilson,History of Christian Philosophy in the Middle Ages,p.311.）。于是，在批评经院哲学家时，他就讲道：“理性不能解释这些问题，必须通过实验，运用各种必要的方法与工具，进行大规模实验。”而他自己也尽力去这样做。正是由于他目光敏锐、博学多识、注重实验，才会做出如下超前的预言性论断：“实验科学左右着其他一切科学的最后结论，它能揭示用一般原则永不能发现的真理，它最终能指引我们走向创造奇迹之路，从而改变世界面貌。”（注：以上引文均见C.沃伦·霍莱斯特：《欧洲中世纪简史》，第325页。培根也是第一位使用“实验科学”这一概念的学者。）而培根在其《大著作》中就专列一部分论述实验科学问题，反映出他的卓识。培根也因之而获得了经验科学之先驱的称号。
    英国近代的经验主义传统便奠定于13世纪牛津大学的这种自然哲学传统之中。而诞生于14世纪的英国两大哲学思潮--斯各脱主义和奥卡姆主义也显然受到了它的影响。如斯各脱的“归纳科学知识”的思想和奥卡姆的“证据知识”的观念都是培根重视经验证据之思想的发展。正如论者所言：“他（指斯各脱--引者）的‘归纳科学知识’思想上承罗杰尔·培根的‘试验科学’思想，下接奥康的‘证据知识’观念，构成古代科学观向近代科学观过渡的重要环节。”（注：赵敦华：《基督教哲学1500年》，第480页。有关斯各脱和奥卡姆的科学思想，亦参见该书第475-480页和第509-512页。）
    在南部法国的普罗旺斯地区和巴黎，科学家们的科学实验活动主要集中在天文观测方面。如蒙彼利埃的基督教天文学家罗伯特和犹太天文学家雅各·本·马哈尔，为了改进天文观测仪器--象限仪而相互竞争。在巴黎，这种实验主义的倾向更为强烈。巴黎的一些天文学家如沃顿的伯纳德和圣克劳德的威廉“最终开始摆脱经院主义的束缚而对事物采取一种更为独立的和实验主义的观点”（注：George Sarton,Introduction to the History of Science,vol.Ⅱ，partⅡ，p.14.）。这便导致了14世纪巴黎大学一些学者的重新转向，即专注于自然哲学问题的研究。约翰·布里丹（Joannes Buridanus，1300-1358年）就是其倡导者。他的学生萨克森的阿尔伯特、尼古拉·奥里斯梅等继续致力于具体的自然问题的研究，从而以巴黎大学为中心形成了一个极具影响力的学派。这样，经验科学的精神逐渐成为了一种潮流。其后，该学派的一些成员则将这种经验科学的精神传播到了海德堡大学、维也纳大学、布拉格大学，从而为近代科学理论的诞生奠定了基础。
    可见，13-14世纪的反托马斯主义潮流的不断增强不仅从中瓦解了经院哲学，而且为近代哲学和科学精神的兴起起了一种不可替代的桥梁作用。近代涵义的个体的自主的理性主义便由之而萌生、成长起来。
    总而言之，在信仰至上的中世纪时代，理性观念不仅一直存在，而且它从弱到强，并最终导致普遍理性的确立与泛滥。同时，对个体的自主的理性主义的提倡不论在12世纪还是在13世纪也是存在的。12世纪许多学者的那种反权威、提倡怀疑主义和自由思考的精神无疑是自主理性精神的体现。而13-14世纪的拉丁阿维罗伊主义、斯各脱主义、奥卡姆主义以及经验科学精神作为一股日益强大的思想潮流不仅使理性与信仰分离，为某种程度的思想自由和个体的自主的理性发展打开一条通道，而且还使重视观察、实验和数学的近代科学精神得以孕育，从而为文艺复兴和宗教改革提供了思想来源。