接着，司马迁又对千百年来愚弄人们的天人感应神学进行了无情的揭露：
    “幽厉以往，尚矣。所见天变，皆国殊窟穴，家占怪物，以合时应，其文图籍祥不法。是以孔子论《六经》，记异而说不书。至天道命，不传；传其人，不待告；告非其人，虽言不著。”这段话不仅仅是借孔子的不信天命，来否定幽厉以来的神秘记载，更抒发了从切身体会中感受到的，处在浓烈的神学迷信的包围中先觉者的孤独，这与他在《太史公自序》中的话遥相呼应，都是意味深长的：“序略，以拾遗补艺，成一家之言。厥协《六经》异传，整齐百家杂语，藏之名山，副在京师，俟后世圣人君子。”司马迁并没有奢望他的《史记》会得到官方认可，流布天下，而是把被理解的希望寄托于将来。如今，二千多年过去了，如果我们仍然不理解司马迁的深衷，九泉有知，他该是何等的失望啊！
    司马迁还提出对天人关系的考察要有宏观的视野：“夫天运，三十岁一小变，百年中变，五百载大变，三大变一纪，三纪而大备，此其大数也。故为国者必贵三五，上下各千岁，然后天人之际续备。”司马迁认为，对于天体运行来说，三十年不过是短暂一瞬，其变化是微不足道的，只有以五百年为时间单位，才能看出较明显的变化。而至少需要三个五百年才能发现这种变化的周期规律；还需要三个周期才能验证这种规律，获得正确的认识。故“为国者必贵三五”的三五，指的就是三个五百年的变化周期，下面“上下各千岁”的话才有着落。然而司马贞在《史记索隐》中却解释说：“三五，谓三十岁一小变，五百岁一大变。”这样就从根本上改变了司马迁的本意，变宏观考察为阶段性考察，就有可能将偶然性巧合当做必然性规律，而这正是司马迁所反对的。
    “太史公推古天变，未有可考于今者。盖略以《春秋》242年间， 日蚀36，彗星三现，宋襄公时星陨如雨。天子微，诸侯力政，五伯代兴，更为主命。自是之后，众暴寡，大并小。秦楚吴越，夷狄也，为强伯。田氏篡齐，三家分晋，并为战国。争于攻取，兵革更起，城邑数屠，因以饥馑疾疫焦苦，臣主共忧患，其察祥候星气尤急。近世十二诸候七国相王，言纵横者继踵，而、唐、甘、石因时务论其书传，故其占验凌杂米盐。”
    春秋战国是中国历史上大动荡的时期，也是占验术士最为活跃的时期，他们的神秘之说也颇具迷惑性。但在司马迁看来却是“凌杂米盐”，毫无价值。因为242年还不足宏观考察的半个周期，是不足为据的。 研究司马迁天人思想，前人往往忽略了对《表》的考察，实际上，作为《史记》有机整体的一部分，《表》同样担负着“究天人之际”的重大使命。他在《三代世表》序言中就曾明白表示：“故疑者传疑，盖其慎也。”即以日蚀为例，据《天官书》正文所说：“日蚀，国君；月蚀，将相当之。”《春秋》242年间，弑君36。而日蚀也恰好36次。 那真可谓“推其文，考其应，不殊”了。然而我们只要打开《十二诸侯年表》一查，就会发现，或天有日蚀而国无弑君之事；或国有弑君之事而却未发生日蚀；在日蚀之年发生弑君之事的只有二次，即桓公十七年（－695）郑昭公被弑及宣公十年（－599）陈灵公被弑，准确率只有1/18， 可见是纯属巧合，“日蚀，国君”之说也就不攻自破了。
    “秦始皇之时，15年彗星四见，久者八十日，长或竟天。其后秦遂以兵灭六王，并中国，外攘四夷，死人如乱麻。因此张楚并起，30年间，兵相骀藉，不可胜数。自尤以来，未尝若斯也。项羽救钜鹿，枉矢西流，山东遂合纵诸侯，西坑秦人，诛屠咸阳，汉之兴，五星聚于东井。平城之围，月晕参、毕七重。诸吕作乱，日蚀，昼晦。吴楚七国叛逆，彗星数丈，天狗过梁野；及兵起，遂伏尸流血其下。元光、元狩，尤之旗再见，长则半天，其后京师师四出，诛夷狄者数十年，而伐胡尤甚……由是观之，未有不先形见而应随之也。
    这是经常被误解的一段话，凡认为司马迁有天人感应思想的往往引证这段话作为论据。其实，这段话乃是司马迁在《太史公自序》中“星气之书、多杂祥，不经。推其文。考其应，不殊”的具体论证。还是让我们用《表》来证实吧：《六国年表》列出了彗星四现的具体时间，依次为始皇七年（－240），人事变故为夏太后薨，蒙骜死； 九年（－238）彗星二次出现，第一次即“长或竟天”的那次，人事变故为长信侯为乱；十三年（－234）一次，人事变故为桓击平阳，斩首10万。然而，往上推，武王十四年（－293）白起击伊阙，斩首24万； 四十七年（－260）白起破赵，于长平坑降卒45万却不见有彗星出现；往下推， 始皇二十四年（－223）灭楚，二十五年（－222）灭赵、灭燕，二十六年（－221）灭齐，及三十七年（－210）始皇崩于沙丘，二世三年（－207）赵高反，二世自杀，彗星也都未出现。由此可见，所谓“未有不先形见而应随之也”也是无稽之谈。所以自《秦楚之际月表》以后，司马迁就不再在表中记录天变现象了，因为“太史公推古天变，未有可考于今者。”不再也不屑于为之浪费笔墨了。
    “夫自汉为天数者，星则唐都，气则王朔，占岁则魏鲜。故甘石历五星法，唯独荧感有反逆行，逆行所守，及它星逆行，日月薄蚀，皆以为占。余观史记，考行事，百年之中，五星无出而不反逆行，反逆行，尝盛大而变色；日月薄蚀，行南北有时，此其大度也。故紫宫、房心、权衡、咸池、虚危列宿部星，此天之五官座位也，为经，不移徒，大小有差，阔狭有常。水、火、金、木、填星，此五星者，天之五佐，为纬，见伏有时，所过行赢缩有度”。