钱氏又重视总结古籍避讳的义例，被陈垣称誉为“以避讳解释疑难”而最突出者。陈垣因受其影响而著成《史讳举例》、《校勘学释例》两书，在前书序言之末行，陈垣特意写上：“1928年2月16日，钱竹汀先生诞生二百周年纪念日，新会陈垣。”表达对钱氏考证学成就的崇高敬意和继承钱氏学术的明确态度。
    钱氏运用避讳义例，解决了有关古籍版本或内容的诸多疑难问题。一类是因明避讳之义例，断定版本年代。《潜研堂文集》卷三四《答卢学士（文弨）书》，辨正卢氏所校《太弦经》认为是北宋刻本之不当。主要理由是，此书署衔：“充两浙东路提举茶盐司幹辦公事张寔校勘”。钱氏考定，宋高宗建炎年间，避高宗赵构名讳，始改勾当公事为幹办公事。据此署衔，即是南宋刻，非北宋刻。
    又一类是以避讳义例，断定古籍因避讳而改前朝年中，或辨正他人之错误说法。此举他辨正惠栋称《仪礼》因避讳改字之误。《仪礼·士昏礼》中父蘸子辞云：“勗帅以敬”。勗字在《荀子》中作“隆”。惠栋认为，这是《仪礼》为避东汉殇帝刘隆之讳而改字，一如《毛诗》改“隆衝”为“临衝”。钱氏辨正云：“礼家传闻，文字不无异同，要当从其长者。勗帅以敬，于义为长。且信诸子，不如信经。若云避讳更易，则无是理。《士冠礼》称‘弃尔幼志’，志为桓帝讳；‘受天之祜’，祐为安帝讳，皆未改易。即以《毛诗》徵之：‘四月委葽’，秀为光武讳；‘思皇多祜’，祐为安帝讳，亦未改易也。临衝，《韩诗》作隆衝，《韩诗》在汉时立于学官，何尝避隆字！”（注：《潜研堂文集》卷八“答问五”。）
    钱氏还从总结裴松之注的义例，辨正《三国志》流行版本中将《杨戏传》末注文与正文混淆之误。因杨戏撰有《季汉辅臣赞》，所赞颂人物，大多在《三国志》中有传，故陈寿摘载赞文以相补充。有赞辞而无事迹者，陈寿简单补记了事迹。裴松之为《杨戏传》作注，又引了《益都耆旧杂记》载王嗣等三人事迹作补充。乾隆年间流行的版本，则误以这段注文作为正文。钱氏考史，总结出裴松之注往往连带附录相关材料以传异闻之义例，指出此是裴松之引《益都耆旧杂记》注李孙德、李伟南，连及将陈寿原文中所未载之王嗣等三人事迹，也引而作注。运用义例法之成功，使钱氏发前人未发之覆，纠正了《三国志》版本中一个不应有的失误。
    第四，以多种辅助学科作治史基础。
    历史学的内容是记载以往社会丰富多采的活动，史书记述的范围包罗万象，涉及诸多学科领域的问题。钱大昕学识渊博，对于文字、语言学，版本学，天算学，地理沿革学，经学等都很擅长，他熟练地运用诸多学科知识作辅助，是他能够正确地解决考史中大量疑难的重要关键。诚如当代学者所评论的：“钱氏历史考据学之精审缜密，卓绝千古，即由于钱氏历史辅助知识之博雅也。”（注：杜维运：《清代史学与史家》，中华书局1988年版，第303页。）此项同样预示着近代学术发展的一种趋向。钱氏有大量运用多种辅助学科知识、解决考史难题的成果，限于篇幅，这里只能举出几个最有代表性的例证。
    钱氏精于文字、音韵之学，多所发明。他重视古声母的研究，证明古无轻唇、重唇音的区别；由这一规律可以解决古籍上的许多疑难。如：古音文如门。《尚书》“岷山导江”，《史记·夏本纪》作汶山。古音微如眉。《春秋》庄二十八年，“筑郿”，《公羊传》作微。古音无如模。《汉书·功臣侯表序》：“靡有孑遗秏矣。”注：“孟康曰，秏音毛。师古曰，今俗语犹谓无为秏。”古音房如旁。《史记·六国年表》：“秦始皇二十八年为阿房宫。”宋本作旁。古音务如牟。《左传》莒公子务娄，徐音莫侯反。（注：均见《十驾斋养新录》卷五“古无轻重唇音”条。）今案，上述钱氏所举各例，至今广东潮汕话、广州话中都可以找到证据，这些正是古音的遗留。钱氏又以古无轻唇、重唇的区别，考证中古时期史事。他考证《魏书》所载“秃髪”与“拓跋”、“佛佛”、“勃勃”均同义，云：“秃髪之先，与元魏同出，‘秃髪’即‘拓跋’之转，无二义也。古读轻重音如重唇，故‘赫连佛佛’即‘勃勃’。髪从得声，与跋音正相近。”（注：《廿二史考异》卷二二“秃髪乌孤载记。”）
    《汉书·高帝纪》：“其有意称明德者，必身劝，为之驾。”此处“有意”五字难解，颜师古因不懂古音，此未加注。钱氏据《文选》注引《汉书》“意称”作“懿称”，美称也，与“明德”对文，是当以“懿称”为正。又据《诗·大雅·抑》篇，《国语》却引作“《懿》戒”，韦昭云：“懿读曰抑。”《尚书·金滕》“噫公命”，马融本“噫”作“懿”，云懿犹億也。根据上述各项证据，钱氏得出结论：“盖古书‘懿’、‘抑’、‘意’相通，故本或作‘意’。”（注：《潜研堂文集》卷十二“答问九”。）“有意称”之疑遂得到圆满的解决。
    钱大昕习蒙古语，他运用蒙古语的知识以解释史籍上诸多歧疑。《元史·太祖纪》：九年春，“猎于揭揭察哈之泽”。夏四月，“筑埽邻城，作迦坚茶寒殿”。钱氏考证云：“揭揭察哈即迦坚茶寒也。译音无定字，史家不能考正，后世遂以为两地矣。”（注：《诸史拾遗》卷五“元史”。）他在《十驾斋养新录》卷九中，特别撰有“蒙古语”条目，考释元人以本国语命名的意义，或取颜色，或取数目，或取珍宝，或取吉祥，或取部族。如察汗，白也；孛罗，青也；伯颜，富也，等等。
    钱氏谙熟版本之学，极重视经史考证当以善本为依据。《十驾斋养新录》卷三有“经史当得善本”条，云：“经史当得善本。今通行古北监及汲古阁本，《仪礼》正文多脱简，《谷梁》经传文亦有溷错，……《宋史·孝宗纪》阙一页，《金史》、《礼志》、《太宗诸子传》，各阙一页。皆有宋元椠本，可以校补。若日读误书，妄生驳难，其不见笑于大方者鲜矣。”（注：《十驾斋养新录》卷三。）他读《汉书》北宋景祐本，恰恰获得了证据，以证实自己撰《汉书考异》所考订的十几处错误。如《哀帝纪》“元寿二年春正月”，元寿二字为衍文，《景武昭宣元成功臣表》孝成五人，成乡当作成都等，都从景祐本证实他所考正确。（注：见《廿二史考异》卷六“汉书一”，《十驾斋养新录》卷六“汉书景祐本”条。）钱氏又以嘉靖闽本《后汉书》证实他所考订的刊误。通行本《后汉书·陈王羡传》：“遗诏徙封为陈王，食淮南郡”。钱氏考证淮南当为淮阳之误。他先以纪、传参证：“《和帝纪》改淮阳为陈国，遗诏徙西平王羡为陈王，是其证也。淮阳王昞以章和元年死，未为立嗣，故以其地改封羡。参考纪传，左验明白。”但这是逻辑推理而得，尚未获得刊本的确实证据。故有人提出可能应作“汝南”。后获善本嘉靖闽本，果然作“淮阳”，得到了确证，“私喜予言之不妄。”（注：《廿二史考异卷》十一。）
    钱大昕又十分重视地理沿革学知识对于研究历史的重要作用，曾形象地作比喻：“读史而不谙舆地，譬犹瞽之无相也。”（注：《潜研堂文集》卷二四，《东晋南北朝舆地表序》。历史是一幕活剧，而地理是演出的大舞台，这处大舞台的各处位置和名称不断演变，故若不懂地理沿革，则有如盲人出门不辨位置、东西，研史将无可适从。在乾隆时期，钱氏之精于地理沿革为学者所共同推崇，故有不少研治舆地之学的学者，如洪亮吉、徐仲圃等人，都经常向他请教、切磋，撰成著作请他写序。钱氏以其精湛的学识和严密的考证往往能辨析疑难，辟千年之谬。钱氏在此方面考证精彩之处不胜枚举，前文已涉及到一些，现再举一成功的例证。《续汉志·郡国志四》载：“乐安国，高帝西平昌置，为千乘。”这段文字与该志前后所载“平原郡，高帝置”、“北海国，景帝置”等体例显然不相符合。惟前人对此未予论及。钱氏丰富的地理沿革知识和敏锐目光，对此作了详审的考证：“案，文当云高帝罢，不应有西平昌三字，其为衍字无疑。后读《宦者传》，彭恺为西平昌侯，注云，西平昌属平原郡。乃悟此三字当属上文平原郡，而平原郡九城当为十城。因此三字错入乐安注中，校书者遂改十为九，以合见存之数。”钱氏以志、传互证，考辨一个地名而改正两处错误，故被校勘学专家张森楷称为“精确”。