明初对“奏事不许隔越中书省”传统的最直接挑战，是洪武十年六月诏臣民言事直达御前，和七月通政司的设置。这是明初密疏制度改革的最重要步骤。
    洪武十年六月丁巳，朱元璋谕中书省臣说：“清明之朝，耳目外通，昏暗之世，聪明风蔽，外通则下无壅遏，内蔽则上如聋瞽。国家治否，实关乎此。朕常患下情不能上达，得失无由以知，故广言路经求直言。其有言者朕皆虚心纳之，尚虑微贱之人，敢言而不得言，疏远之士，欲言而恐不信。如此则所知有限，所闻不广，其令天下臣民，凡言事者，实封直达御前。”（注：《明太祖实录》卷113，洪武十年六月丁巳。）此条上谕是说通言路的重要性，它和洪武三年十二月的洪武群臣论道时太祖的结论，没有太大的差别，但此上谕最关键内容的是“凡言事者，实封直达御前”。且为了防止那些“微贱之人，敢言而不得言，疏远之士，欲言而恐不信”而出现皇帝“所知有限，所联不广”的弊病，朱元璋还把可以上封事人的范围扩大到“天下臣民”，这个范围在明代以前的各朝代还是从来没有的，所有的这些后来都被朱元璋收入《皇明祖训》。故明人评说此事是：“圣祖立国，不设谏官，使人人皆得以尽言，而尤责备于近侍”。（注：黄佐：《翰林记》卷8，责尽言。）
    因此，“凡言事者，实封直达御前”的谕令，对于“奏事不许隔越中书省”的制度来说，已不仅仅是一种舆论，而是一个很大的突破与超越。但“上谕”的规定还需要体制相应的约束。这个相应体制的约束就是洪武十年七月通政司的设置。这是改革密疏言事，保证密奏直达御前，不受中书省节制的最直接有效的办法。
    洪武十年七月甲申，朱元璋设置通政司，“掌出纳诸司文书、敷奏、封驳之事”。当时因官制初立，朱元璋对通政司的职能十分重视，对于通政使的任用也是“颇难其人”，最后几经推敲，因刑部主事曾秉正新擢陕西参政未行，遂命曾秉正为通政使。并谕曾秉正等新任通政司的官员：
    壅蔽于言者，祸乱之萌，专恣于事者，权奸之渐。故必有喉舌之司以通上下之情，以达天下之政。昔者，虞之纳言，唐之门下省，皆其职也。今以是职命卿等官，以通政为名，犹水也，欲其长，通无壅遏之患。卿其审命令以正百司，达幽隐以通庶务。当执奏者，勿忌避，当驳正者，勿阿随，当敷陈者，无隐蔽，当引见者，无留难。毋巧言以取容，毋苛察以邀功，毋谗间以欺罔。公清直亮，以处厥心，庶不负委任之意。（注：《明太祖实录》，卷113，洪武十年七月甲申。）
    朱元璋谕曾秉正等的内容，和一个月前他谕中书省并没有太大的差别，主要思想仍然还是说治国当要防壅蔽，防壅蔽就要上通下达。只不过是此次对曾秉正等要求的更加具体。应该说，这个上谕里的这些更加具体的规定，不仅仅是针对曾秉正个人的，更突出的是对整个通政司这个机构的。因而通政司的设置及其具体职掌，无疑是朱元璋夺中书省所掌的章奏出纳之权的有效方法，也是他改革“奏事不许隔越中书省”的重要步骤，同时也是他对密疏言事改革的最关键步骤。
    关于通政司的具体职掌，《明史》有详细规定：
    通政使掌受内外章疏敷奏封驳之事。凡四方陈情建言，申诉冤滞，或告不法等事，于底簿内誊写诉告缘由，赍状奏闻。凡天下臣民实封入递，即于公厅启视，节写副本，然后奏闻。即五军、六部、都察院等衙门，有事关机密重大者，其入奏仍用本司印信。……凡在外之题本、奏本，在京之奏本，并受之，于早朝汇而进之。有径自封进者则参驳。午朝则引奏臣民之言事者，有机密则不时入奏。（注：《明史》卷73，职官志。）
    在通政司的所有职掌中，只要通政司正常履行职责，夺中书省权以及改变“奏事不许隔越中书省”的传统，防止上下壅蔽，应该是没有任何问题的。
    明初通政司的设置，在某种意义上说，不但完全改变了明初从元朝那里继承过来的中书省臣在皇帝之先阅览臣工密奏的状况，而且在通过控制朝臣的密疏言事达到皇帝专制集权方面，还发挥着更加突出的作用。在明初通政司的职掌中，涉及到对密疏言事的改革主要是“有径自封进者则参驳。午朝则引奏臣民之言事者，有机密则不时入奏。”这个规定，实际意味着密疏言事绝不允许再经由中书省，而必须经通政司转呈，否则就是越制而遭到参驳，但对于那些真正的必须一定要上呈皇帝的密奏，通政司则不时引奏。可见，此时的通政司已成为朝臣进密奏的唯一渠道，或许是其中存有不少弊病，后来明朝迁都北京以后，通政司就变成了专掌在外诸司及臣民密奏的进呈，而在京朝臣的进密奏，则由自己或家人或仆僮亲送到会极门，由内廷的宦寺转入御前开拆。至此，元代及明初“奏事不许隔越中书省”的制度，以及中书省臣有先拆阅朝臣给皇帝密奏的传统，得到了彻底改变。而洪武十三年因中书省的废除，原来影响密疏直达御前的来自中书省的因素完全消失。
    因而，通政司的设置在明初洪武年间对密疏言事制度化趋势的影响是非同一般的。所以明人陆容说：“通政司所以出纳王命，为朝廷之喉舌，宣达下情，广朝廷之聪明，于政体关系最重也。洪武、永乐间，实封皆自御前开拆，故奸臣有事即露，无幸免者。”（注：陆容：《菽园杂记》卷9。）陆容对通政司在实封转呈过程中的作用的认识是正确的，但他的认识还不充分。其实，洪武、永乐间的实封都能实现在御前开拆，对于元朝及从元朝直接继承其制度的明初来说，这已经是一个很大的改变，而“奸臣有事即露，无幸免者”的成效，无疑都是通政司设置的结果。在明代以前广泛使用密疏言事的朝代，通过设置一个机构来解决密疏言事过程中出现的弊病，还是从来没有的。这应是明初密疏言事制度化趋势的开始。
    通政司的设立，应该说只是在解决密疏转呈的最后一个环节上确实起到了防壅蔽的作用，但它无法也不可能解决密奏转呈至通政司之前的保密问题。这是密奏能否真正实现御前开拆下情上达的另一个关键。
    这个问题引起朱元璋的关注，起源于洪武十五年。洪武十五年十二月，“有军士赴京建言，在道为人所杀”，事闻于朝，朱元璋令“自今凡军士建言，许所司以其言用印实封入递奏闻，其人不必赴京。”（注：《明太祖实录》卷150，洪武十五年十二月庚子。）本来朱元璋许军士直至御前闻奏，诸衙门毋得阻滞，违者即同奸论的上谕，倒不一定都是针对军士所上的“密奏”，有可能也指军士入京奏闻的一般内容，但“许所司以其言用印实封入递奏闻”的规定，却把军士所要奏闻的东西变成了真正的“实封”。在密奏上呈的过程中，其安全性是得到相应的保障的，“凡在外大小各衙门官，但有入递进呈实封公文至御前，而上司官，令人于中途急递铺邀截取回者，不拘远近，从本铺铺司铺兵，赴所在官司告举，随即申呈上司，转达该部，追究得实，斩。其铺司铺兵，容隐不告举者，各杖一百，若已告举，而所在官司，不即受理施行者，罪亦如之。若邀取实封至五军都督府、六部、察院公文者，各减二等。”（注：《大明会典》卷160，刑部九，律例八，《邮驿·邀取实封公文》。）这样，无论是密奏的封缄，还是转呈的途中，普通军士的密疏言事都有了制度上的保证。