然而，在1958年11月以前，日本政府估计， 如果同意将太平洋作为新《日美安保条约》的适用范围，在国内政治上是非常困难的。那时由于实行《警职法》，岸信介政权的基础遭到削弱，政府将不得不更加谨慎地对待国会审议和国民舆论的动向。（注：Foreign Relation of United States,1958-1960,vol.18,pp.100,117.）麦克阿瑟大使虽然表示理解日本政府的立场，同时他向国务院指出：在新《日美安保条约》的适用范围问题上，无论日本政府怎样说没有必要向海外派兵，都难以让国民接受。日本国民都会怀疑日本政府与美国政府之间秘密达成了某种违反宪法的协议或强行修改宪法的谅解。日本国会也将四分五裂，还可能导致岸信介政权的瓦解或批准条约的失败，甚至这两种局面同时出现。（注：Foreign Relation of United States,1958-1960,vol.18,pp.100,117.）其实，这并非日本政府的真意。东乡文彦认为，日本政府在处理条约适用范围问题上的困难有二。其一，地理范围扩大问题。按照1952年《日美安保条约》的规定，美军在日本驻留的目的是防卫日本和确保远东的和平与稳定。然而，如果新《日美安保条约》确定的适用范围是“太平洋地区”，条约的地理范围明显地从日本和远东扩大到太平洋。其二，集团自卫权问题。日本政府历来主张根据战后新宪法、日本不能行使集团自卫权。但是，“将对在太平洋地区的美国领土的武力攻击作为缔约国共同的威胁而采取行动”这样的文字表述，确实是以行使集团自卫权为前提的。因此，不管“日本应该负有的义务具体内容是什么”，日本方面都很难接受上述文字表述。（注：东乡文彦：《日本外交三十年》，东京，中央公论文库，1989年，第78页。）应该说，上述说法仍然存在着含混之处。不论是否规定日本有向海外派兵的义务，只要规定“缔约国将对美国领土的攻击视为共同的威胁并采取行动”，这就意味着行使集团自卫权，就与日本政府对宪法的解释相抵牾。1961年1月19日签署的新《日美安保条约》将适用范围确定为“日本国管辖下领域”，日美两国将把对美国（美军）的武力攻击视为共同的威胁而采取相应的行动。与原来的条约范围相比，其空间确实大大缩小，共同防卫的范围也同时更加明确地规定下来，但是，这仍然是行使集团自卫权。对于这一点，日本政府解释说，由于对驻日美军的攻击等同于对日本领土的攻击，可以在单独自卫权的范围以内采取对应行动。在修改安保条约的过程当中，与外务省共同探讨《日美安保条约》与日本国宪法关系问题的内阁法制局的官员（后任法制局局长）高十正巳评论说：“即使是关岛，为了保卫美国而向海外派兵，这是宪法所不允许的”。但是，既然规定“在日本管辖下的美军基地遭到武力攻击，日本将视为共同的威胁而采取行动，就意味着为保卫日本国内的美军基地而行使集团自卫权。即使不把这说成是集团自卫权，实际上等同于集团自卫权。岸首相、林法政局长等政府首脑认为是行使单独自卫权，美国政府将把日本保卫美军基地的行动理解为行使日本的集团自卫权”。（注：坂元一哉：《安保改定にぉける相互性の模索》， 日本国际政治协会编：《国际政治》第115号，第16页。）一言以蔽之，完全相同的文字，日本政府理解为行使单独自卫权，而美国政府理解为行使集团自卫权。这反映了日本政府在修改《日美安保条约》时面临的深刻矛盾。在新《日美安保条约》当中，明确指出了根据联合国宪章，缔约国拥有集团自卫权。按照日本政府的意愿，在第5 条内加入“根据联合国宪章第51条的规定”这一文字表述。日本政府一方面要求将安保条约建立在集团自卫权的基础上，另一方面，又不得不采取了申明日本国宪法不允许行使自卫权的立场。这样，在谈判过程当中，日本政府一再向美国政府表示，难以同意将太平洋作为条约的适用范围，难以同意将冲绳和小笠原群岛包括在条约适用范围以内。在这里，反映出日本政府立场的重要变化。
    本来，日本政府最初的想法是新《日美安保条约》适用于冲绳和小笠原群岛，这不仅是因为冲绳乃是日本的领土，而且还在于这是新条约的核心。如果新条约适用于冲绳，意味着美国政府将施政权的一部分返还给了日本。将修改安保条约与返还冲绳联系起来，能够得到日本国民的广泛支持。问题是岸内阁的上述政策设想在自民党内部都没有得到广泛的支持，更不用说是在野党的支持了。在野党认为，按照这一设想，势必形成《日美安保条约》、《美韩共同防卫条约》、《美台共同防卫协定》、《美菲共同防卫协定》连接在一起，形成类似“东北亚条约组织”的局面，日本被卷入国际纠纷的可能性越来越大。在自民党内部，有的主张，如果新安保条约适用于冲绳，也不能立即要求归还冲绳。有的主张，如果新安保条约适用于冲绳，限制了美国自由部署核武器的权利。这样，岸内阁就从原来的立场逐渐后退，同意不将冲绳纳入新《日美安保条约》的适用范围。（注：坂元一哉：《安保改定にぉける相互性の模索》， 日本国际政治协会编：《国际政治》第115号，第16、17页。）
    同样，在美国政府内部也存在着相同的反对力量。参谋长联席会议认为， 如果将冲绳、小笠原群岛纳入条约的适用范围，意味着给予日本要求归还这一区域的政治借口。美国政府如果希望将太平洋纳入条约适用范围，应该要求将冲绳、小笠原群岛除外。（注：Knight to Robertson,December 24,1958.FRUS,1958-1960,vol.18,pp. 119-120.）麦克阿瑟大使本人通过与日本政府的接触，也转向同意缩小条约的适用范围。建议国务院调整政策。他认为，对于美国政府来说，修改条约的目的在于使日本能够加强与美国的安保合作，无论在平时还是战时都能够允许美国使用军事基地，如果能够实现这一点，完全可以在条约区域问题上妥协。当然，在日本方面没有明确对美国政府缩小条约适用范围的举动作出反应以前，美国政府决不应该提出缩小条约范围的问题。美国政府应该掌握这个问题的主动权。作为条约适用范围问题可以有三种选择：（1）太平洋（日美施政权管辖下的岛屿）；（2）日本与冲绳、小笠原群岛；（3）日本本土。无论是哪一种选择，在美国国会都不会遇到反对。（注：CF794.5/11-358（tel.948），CF794.5/11-1658（tel. 1049） . Records of State Department,RG59.N.AFRUS,1958-1960,vol.18.pp.116-119.）
    1959年初，美国政府决定缩小条约的适用范围。 美国政府提出的新《美日安保条约》第5条这样规定：“对日本国施政权（administrative control）下的领土或地域的武力攻击，将视为对美日两国的共同威胁而采取相应措施”。这样，日美迅速达成协议。日本政府在1959年4月28日提出的新《日美安保条约》草案第5条的文字是：“在日本国管辖的区域，对任何缔约国一方（either Party）的武力攻击，都将被视为对缔约国的共同威胁而采取相应的措施”。（注：FRUS,1958-1960, vol.18,pp.131-134,134-139,164-167,119-120,191-197.）尽管条约适用范围已经缩小到日本本土，但是，国务院仍然主张在条约正文中保留“太平洋”的字样。国务院认为，由于条约适用范围的缩小，日本方面对自由世界在太平洋的防卫问题越来越不关心，要防止限制美国使用军事基地的压力出现。国务院指令麦克阿瑟大使，在新《日美安保条约》草案的前言当中要求插入下列文字：“缔约国双方密切关注维护太平洋地区的国际和平与安全问题”。（注：FRUS,1958-1960, vol.18,pp.131-134,134-139,164-167,119-120,191-197.）其目的在于强化美国在条约适用范围以外地区行动时利用日本军事基地的法律基础。麦克阿瑟大使遵照政府的指令，努力贯彻政府的意图。美国政府提出的新《美日安保条约》第6条的文字为：“为了推进本条约的目的（In furtherance of the objectives of this Treaty），美国使用日本国内的军事基地”。如果将这一点与把“太平洋地区”作为条约适用范围的提案联系起来看，可以说，意味着美国政府可以“为了太平洋地区的安全而使用日本国内的军事基地”。日本政府则强调指出，如果插入这段文字，即使本来不是事实，反对者和新闻舆论也会攻击说“无限度、无限制的增加日本的义务”。这将造成舆论的混乱，使日本政府面临根本没有必要出现的尴尬局面。日本政府代表提议，为了表示日本政府对条约适用范围以外地区的关注，可以考虑使用旧《日美安保条约》中的措辞“远东”这个概念。（注：FRUS,1958-1960, vol.18,pp.131-134,134-139,164-167,119-120,191-197.）因此，在4月28日提出的日本政府草案当中，日本政府在第5条中将条约适用范围确定在“日本本土”，而在前言、第4条（随时协商）、第6条（提供基地）这几个地方都插入了“远东的国际和平与安全”这样的文字。6月，美国政府明确表示同意。这样， 就导致了新《日美安保条约》在适用范围问题上的二重性。但是，这决不意味着实质上限制了美军使用日本军事基地的权利。为维护“远东的国际和平与安全”而使用日本军事基地，从日本军事基地而展开的军事行动决不限于远东地区。对远东和平与安全而言，如果属于必要的行动，即使是世界范围内的军事行动，美军也能够利用日本的军事基地。究竟是太平洋还是远东，远东的范围究竟包括哪些国家，其区别完全在于日美两国政府怎样来界定，而且将随着日美两国在这一地区的利益的变动而变动。