1898年12月23、24日，发表的《非战论》也并非是批评政府的战争行为，而是责备日本政府在外交上的无能，使得日本在三国干涉下没能保住辽东半岛这个硕大的战争胜利的果实。
    佛格尔在分析《内藤湖南全集》中没有收录的社论《北京城的沿革》时说，内藤在这篇文章中使用了叫做“卧游生”的笔名，“卧游”意为趴在地上一边看地图，一边想象着身临其境去观光旅游，“生”则为青年或学生之意。由于这篇社论写于1895年底，正是甲午战争胜利的余音未绝之时，或许内藤暗示将来有一天北京也许会改个名字，成为日本的城市而载入地图。（22）结合内藤湖南的其他言论，我觉得佛格尔的话并非是没有根据的想象。
    在中国尝试进行由上而下的政治改革的诸多努力失败之后，内藤更加确定日本应该在中国的改革中发挥一定作用。但是这必须要以能够给日本带来利益为前提。1909年，内藤就说，“支那人是劳动的国民，但不是工业国民”，中国有着丰富的工业资源，其中大部分有助于日本的工业发展。（23）
    辛亥革命前后，中国的政治形势错综复杂，是应该回到帝制还是应该走向共和，内藤尝试从中国历史的波动大势中去把握中国未来发展的轨迹，他把目光投向一千年之前的中国历史去搜寻与现实相联系的蛛丝马迹，从而提出宋代近世说的观点。内藤在《支那论》中说，清末的政治、经济、文化诸种形态早在宋代之后便已形成，并把带有这种政治、经济和文化形态的时代定义为近世，并从近世的各种形态，例如平民主义和乡团的存在中找到共和政治的可能性和合理性，从而主张辛亥革命之后的中国应该实行共和制而不再是君主独裁的体制。他对中国的政体到军事、财政，甚至领土问题提出如下建议：一、政体是建立在“乡团”联邦基础上的“共和制”（国际共管）。二、军事上地方自保，不设国防军，这样虽然无法抵御外侮，但是国可破，地方不能入。三、财政上，海关盐税交由日本或他国管理。四、领土上，新疆、西藏将独立，为了节约统治成本，还应该放弃于财政上有害无益的东北地区。（24）
    正如前面所提到的，内藤湖南的宋代近世说是为了证明他的“文化中心移动说”而产生的。他认为中国的历史和文化经过发展和扩张的幼年、青壮年时期后，在文化上达到顶峰阶段的宋代之后开始步入老年时期。对于文化上步入老年时代的中国来说，最重要的是维持文化的存在和延续，而政治起到重要作用的时代已经一去不复返了。中国无需拘泥于政治委于何人之手，因为中国近世的各种弊端的存在，使得由中国人自己掌控政治只会使局面越来越糟糕；创造出辉煌文化并在世界文明史上占有显赫地位的中国人没有必要涉及政治这种并不高尚的工作。（25）
    对于日本的经济侵略，他则辩解道：“近年来支那人担心会步朝鲜的后尘，为日本所吞并，有些神经过敏了，其实大可不必。中国人的能力比朝鲜人优秀得多，大可对存亡之事放心。”（26）
    1910年代期间，日本对外扩张的野心不断膨胀，内藤湖南的言论也开始变得不再遮遮掩掩了，他说，中国在面临危亡之际，讨论“收回主权”和“独立自主”都是没有意义的，“其国家之存立与否，与人民之幸与不幸没有关系”（27）。第一次世界大战爆发之后，中日就灭亡中国的《二十一条》进行交涉之际，内藤说，日本对山东铁路的管理，恰好是对中国实行国际共管的一个良好的开端。他建议日本政府在处理山东问题时，“从别的意义上根本解决支那问题，不承认支那是一个成立的国家。实际上由于时至今日也不算是一个成立的国家，因此日本应该为了东亚的和平，把处理支那问题的事务承担下来”。“对支那应该采取的手段，要更加深谋远虑，充分并真诚地考虑能够给日本带来幸福的支那之幸福，除此之外便得不到根本的解决”。（28）也就是说，他的所谓解决之策，最终要对日本有利，否则即使是对中国有利而对日本无益，哪怕是对日本虽无益也无害的办法也不能接受。
    随着日本对中国的经济侵略和领土主权的要求日益加深，中国国内的反日情绪日益高涨。这让内藤湖南无法容忍，他以“为支那人考虑支那之事”的姿态自居，嘲笑中国的五四运动领导者们是一群不懂得中国传统文化和历史之辈。他认为，“支那之今天，第一应维持共和制，第二应向外国人开放政府机关。如此保证支那之安全，进而维护东洋之安全和平。而确立共和制，中国需要外国人，尤其是日本人的帮助”（29）（《支那时局之私见》，《外交时报》，1916年5月）。而日本的帮助，可以在中国各地开办教育事业，传授中国青年人有关工业原料的知识，如此中国便可开发天然资源提供给外国，尤其是蓬勃发展中的日本，但是不必开设带有某种政治意味的学科（《支那的外国人教育设备》1920年1月1日，全集5，第117～127页）。
    而“列国的共同管理对于支那人民来说或许是最为幸福的，支那人也会渐渐承认这是有意义的。而对于中国政府的经济援助，就像给痢疾患者更多的食物一样，除了浪费，一无用处。由外国人接管政治已是当务之急”（30）。
    1921年，内藤在题为《支那人眼中的支那未来观及其批评》（31）（1921年11月，全集8，第164～168页）的社论中重提“天职说”，只是改用了“使命”一词。他重新提及文化中心移动说，明确东亚文化中心由中国广东转移至日本。而外民族的侵略会给中国文化的堕落与停滞施以粗犷的疗法，给中国文化注入新鲜血液。国际共管则可以矫正中国人的劣根性，中国人也会充分地接受外国人的可贵之处，他主张由外国人和中国人分管政治与文化的体制。