黄遵宪修订《日本国志》时，正值中国甲午受辱之后，以康有为、梁启超为代表的变法运动渐趋高潮。此刻他参加强学会，已从一个早期改良主义者演变成一个成熟的激进的改良主义者，对于十多年的旧作，当然要作一番修订工作，以适应变化了的思想。所改之处，大约可分为三种情况：
    首先是议论部分。如在记述日本大久保利通上疏后，作者加了这样一段话。他说：
    “先是明治元年，大久保利通疏称……我中世以还，天子深居九重，民之视君，尊如帝天。君之视臣，贱如奴隶……君臣乖隔，离德离心效已可覩矣。普天率土莫非王臣，此以帝号自娱，以示天无二日之尊，犹之可也。今天下万国正不知几人称帝，几人称王。盛仪卫，饰边幅，与井底蛙何异。”（12）
    本书初刻本中有不少“君君臣臣父父子子”及“天不变道也不变”等思想的阐述。但在这里却增入了“今天下万国正不知几人称帝、几人称王。盛仪卫，饰边幅，与井底蛙何异”等内容，表明他的民权思想有了新的发展。
    又如在记述日本幕府末年与列强签不平等条约，黄遵宪感叹地说：
    “此皆幕府末年所订之约，当美约定议时，但以城下之盟隐忍屈从，期暂纡目前之祸，以待后举。而治丝愈纷，燎原愈烈。每改约一次则外人愈得利，日本愈受损，而当时君臣上下，挟全力以争约者固未知之知也。”（13）
    黄遵宪在改刻本中补上这一段话，是具有深意的。当时马关条约初订，中国又向殖民地、半殖民地泥淖深陷一步。他以日本由弱转强的历史告诫国人，只有变法维新，才是摆脱外侮的唯一出路；苟且姑息，必将“治丝愈纷”，遭亡国灭种之祸。
    其次，更多文字上修改的，是史料的改正与充实，其重大者有十一处。例如，第八卷以大量篇幅补充说明治维新后变法措施数十条。择其要有1.撤除各港口侮辱性“耶苏踏象”，实行宗教自由。2.派人留学外国。详记伊滕博文、榎本武扬出洋经过。3.吸收外资，聘请外人，传播西方文化技术。4.分驻公使、领事于各国，积极开展外交。5.改兵制、练海军、变刑法、研医学、架电线、敷铁道。这里，作者在改刻本中不厌其详地列出维新措施，是和中国一八八七年前后改良运动已接近高潮、迫切需要向外国援引改革方案这种政治形势分不开的。黄遵宪正是利用《日本国志》改刻机会，呈上了一份精详周密的新政设想。此后不久，这些措施不少成了改革派施政方案。光绪帝百日维新期间颁发“维新上谕”，与改刻本所言维新措施大体吻合。
    在第三卷中多出了一页文字，介绍日本人民为争取召开议会掀起的自由民权运动。文中说：明治初年复开“地方官会议”，而地方绅民结党立会，以论时政者，所在蜂起，官民争权，屡兴讼狱。至十一、十二年间，各府县联名上书，请开国会者，多至数万人（14）。并加评论说：“分朝权以伸民气，促开国会，势也。而政权所属，上不能专制于朝廷，次不能寄委于臣隶，又不得不采泰西上下议院之法，以渐变君民共主之局，又势也。”（15）
    黄遵宪一方面记载日本维新人士“联名上书，请开国会，多至数万人”的史实，一方面又热情加以肯定，并视之为“势”之必然。一八九五年，康有为联合各省应试举人，“公车上书”。黄遵宪改订史书，增加日本自由民权运动“各府县联名上书，请开国会”的情节，相互映照，笔端影射，不难窥出。
    另外，改刻本第八卷还增加了日、俄桦太岛交涉事件的记述。这次交涉，日方失败，被俄国割去桦太岛全部。作者对沙俄侵略素有警觉。联系一八七五年《日俄桦太千岛交换协定》签订时，黄遵宪赋的一首诗云：“一洲桦太半狉榛，瓯脱中居两国邻。罗刹黑风忽吹去，北门管钥任何人。”（16）便可揣知作者补述这一事件的用意，是要人们警惕沙俄对中国的威胁。
    这里指出一点，上述作者对史论和史料的改定，只进行到第八卷就结束了。此后基本上没有修改，估计作者当时忙于改良实际工作，政事倥偬，无暇为继。同时，通篇看来，其改订，增多删少。一方面增加了新史料，新思想，一方面又保留原作旧观点。新旧杂掺，同异互抵的现象严重存在。
    第三，属于文字润饰方面的改变，贯穿全书，计有近百处，这里就不一一引证和赘述了。