当然，沈李之间也不是没有争竞。如在海防经费问题上，后来沈葆祯又以南洋地方“厘金日减，课税日绌，海防之款丝毫无存”为由，要求清廷按原议将海防专款分拨一半给南洋，表示不能再“博推让之美名，而忘筹防之要务”（26）。但不久沈葆祯也就于1879年（光绪五年）冬间去世，北洋乘机进一步包揽，从此“海军之规划，遂专属于李鸿章”（27）。与南洋的继任者们比较起来，沈葆祯任间对南洋海防建设所持的态度当算是积极的。或谓他和李鸿章“提倡兴办海军，不遗余力。闽厂、沪局（按：指江南制造总局）自制之始，陆续下水。外洋订购轮船、炮舰，以次到华。出洋毕业各生，亦先后回国，南北洋争先留用，得之惟恐或后”（28）。沈葆祯去世后，两江总督兼南洋大臣之职先后由刘坤一、左宗棠（此时已完成收复新疆军务）、曾国荃等继任。尽管易人频繁，但都不外湘系。自曾国藩在两江奠基以来，该区几成为非湘系人物不容涉足的禁区。在海防上，他们相应控制着南洋区域，与北洋“各归节制，不相统辖”（29）。但在对海防建设的态度和实际操持能力上，除左宗棠尚显果决外，刘坤一、曾国荃则较优柔乏力，这也是北洋李鸿章在“海军规划”上得以“专属”的有利条件。
    此期间、北洋海军筹建的实际状况，到1884年（光绪十年）马尾之战前夕，南洋计有各类舰船十余艘，总吨位近二万，而处于优先发展地位的北洋，此时实有舰船数和总吨位尚稍逊南洋。原因是李鸿章坚持向外国购舰组军的方针，积以巨资向外国定购的“定远”、“镇远”等多艘舰船尚未到来。另外，还有组建最早的福建水师，此期也曾有所发展，但经马尾一战，遭到覆没性打击。至于由于派系因素作梗，当时南、北洋在援闽问题上的消极态度，为人多所论及，不待赘言。
    综览晚清海军、海防发展第二阶段的情势，可作这样的扼要概括：通过以湘淮系要员为主角的海防、塞防之争而奠定其基本格局，形式上南北两洋并为双翼，但实际上北洋是为“鸟头”。这中间，湘、淮派系因素是以李鸿章、沈葆祯、左宗棠的三角关系发挥主导作用，造成颇为微妙的事局，南北两洋的派系矛盾，得以在相当程度上调和，但南湘、北淮的轸域界限又终未能打破。而此期南北两洋海军建设所实际达到的水平，尚无大悬殊。
    三
    中法战争中中国海军在海疆作战特别是在马尾之战中的被动和失败，使得清朝统治者受到很大刺激。关于结束中法战争的“中法新约”签字不日，清廷就作出“当此事定之时，惩前毖后，自以大治水师为主”（30）的决策。此后，遂有成立海军衙门等一系列重要举措出台。晚清海军、海防建设进入了其高峰时期，而发展成果主要表现在北洋海军正式成军，建设为一支名副其实的近代海军。
    与李鸿章积怨颇深、争逐激烈的湘系大员左宗棠于1885年（光绪十一年）9月去世，湘系势力特别是该系中李鸿章的“政敌”势力更大为减弱。统辖南洋的曾国荃、刘坤一对李鸿章逢事屈从三分，并且，他们对包括海军建设在内的“洋务”活动又不甚积极和在行（刘坤一思想发生明显变化是在甲午战争之后，他成为清末“新政”的中坚人物）。故中法战后到中日甲午战争期间，与北洋海军、海防如日中天的发展形成鲜明对比，南洋海军、海防建设却陷入相对迟滞的状态。
    曾国荃接任两江总督兼南洋大臣一职之初，在讨论清廷关于“大治水师”的决策当中，也曾持论：“是欲张军威，非练水师不可；欲练水师，非购铁甲等船不可；欲购铁甲等船，非广筹经费不可”，“费各省数百万西凑东挪之饷，得外洋数十号至精极新之船……与北洋所购之船势成犄角，而广东、福建亦从此推广，联为一气，自闽海以达津沽，首尾相应，呼吸相通；但愿各口陆续添备，先有三四十号铁甲、雷、快等船，纵横海上，可期胜于十万陆师。”（31）并且表示，他“深以筹办海防毫无实济为耻，是以此次先从脚踏实地下手”（32）。看似气势恢宏，决心很大，但实际上只不过是兴盛一时的海防舆论的随声附和而已，雷大雨小，言行不同。他并没拿出什么切实可行的方案、办法，在任数年，在海军、海防建设上一直无大动作。
    此后刘坤一亦颇局蹐（他自1890年起再任江督和南洋大臣）。1891年（光绪十七年）时，有人鉴于南洋舰船状况，认定“遇有战事，断难得力”（33），主张干脆裁撤以节饷需费用。在总理海军事务的奕劻等人反对下，此议未得付诸实施。而在此前后已兼任帮办海军事务的两江总督刘坤一，却对振兴南洋海军仍是既无魄力，又无实着。当时北洋海军已成军有年，刘坤一分明知道“海防原议，俟北洋成军，接办南洋”，但他又认为，“南洋与北洋迥不相同”，北洋“非得大号铁甲兵轮，不足以壮声威而足悍卫”，而南洋“即有大号铁甲兵轮，于闽、粤亦鞭长莫及。而长江一线，六省均在上游，但能力扼尾闾，故自不能飞越。即浙江近在肘腋，易为犄角，似无须此等笨重之船，转难操纵自如”。他的最恢宏的计划是要求照北洋的“‘致远’、‘靖远’快船之式添购两号，加以鱼雷艇数号，合之原有兵轮，分布长江下游，与岸上炮台水陆联络，似尚可以支持”。而即使这样一个规划，也感到力不从心，束手无策，哀愁“度支拮据，从何掘罗？忝领财赋之区，苦无管、桑之策”，不得不“伏祈”李鸿章“统筹全局”，“指示机宜”（34）。此后，像关于“南洋添置兵轮一事，不唯经费难筹，办理亦无善策”（35）这类的愁苦无奈之言，更累累不断。当时财政困难、发展海军的费用难筹确是事实，但也不是不可以从诸多方面杜绝相当严重的靡费虚耗，节约和集中相当数额的款项用于发展海军建设，而处两江“财赋之区”为督的刘坤一更应当在这方面努力有所作为，但他主观上就无此积极态度，着眼点只是把南洋局限在自守“家门”的海口和沿岸一线上，不但没有远海作战的目标，而且连当年李鸿章关于三洋各备大铁甲舰两艘，“一处有事，六船联络”（36）的那般立意也没有。另一方面，他也有生怕让李鸿章疑忌与之争竞抗衡的顾虑，便摆出一副甘拜下风的姿态。这样，南洋海军、海防建设的状况当然就很难乐观了。中法战后十来年间，添设舰船吨位有限，终未能达到一支真正的近代海军的起码标准。而此期的福建水师只是维持残局而已。广东方面倒是逐步建立起一支拥有舰船三十余艘、鱼雷艇十余只的水师，但总吨位不过一万四千余吨，力量还不及南洋。