一三○八年，帝国的皇帝哈布斯堡家族的阿尔伯特第一被其侄所杀，卢森堡家族的亨利第七被选为皇帝，建立了卢森堡王朝（1308-1437）。在这个王朝统治的时期，诸侯的势力更加强大，实际上形成了由美因斯、科伦和特里尔三个教会诸侯，以及来因河上游的巴拉丁伯爵、萨克逊公爵、勃兰登堡边地侯和捷克国王等七个最大的诸侯把持帝位和操纵帝国政权的局面。一三四七年，卢森堡家族的查理第四被选为皇帝。为了笼络诸侯，换取他们的支持，查理第四不得不于一三五六年颁布一项诏令。因诏令上盖着皇帝的金印，故称《黄金诏书》。这个诏书共三十一章，主要内容有三：第一，把实际上已经形成的，由诸侯选举皇帝的做法，以法律的形式固定下来，并且只限于在上述七个最大的诸侯中选出。这七个最大的诸侯因而被称为“选帝侯”。他们不仅有权选举皇帝，而且有罢免皇帝的权力。第二，规定每个诸侯在自己领地内享有行政、军事、司法和铸币等绝对权力，并且规定选侯的职位及其一切权力可以世袭。第三，所有城市都不可建立有关相互联系的组织，市民和农民都直接隶属于他们的领主，不能逃脱。通过这些内容使人们清楚地看到《黄金诏书》的颁布，实质上是德意志的侯权对皇权的彻底胜利，是德意志长期封建分裂的局面在政治上的巩固。到这个时候，神圣罗马帝国已名存实亡了。
    一四三七年，皇帝西吉斯孟死后，卢森堡王朝中绝，皇冠重新落入哈布斯堡家族手中。哈布斯堡家族的统治者竭力振兴王权，想尽一切办法扩张自己的领地。这个家族还成功地利用了“婚姻外交”，在十五世纪七十年代，使马克西米连与勃艮第公主玛丽结婚，从而取得了丰厚的遗产，其中包括商业繁荣的尼德兰。一四九六年，马克西米连的儿子腓力和西班牙的公主胡安娜结婚。一五一六年，西班牙王裴迪南死后无男嗣，腓力之子查理承袭了西班牙、南部意大利以及广大的海外殖民地。一五一九年，查理又被选任德国皇帝，称查理第五。这样，查理第五统治的时代（1519-1556），神圣罗马帝国突然成为一个地域广大的帝国，也是帝国历史上疆城最大的时期，号称“太阳不落的国家”。然而，这个所谓太阳不落的国家，实际上大而不强，也说不上什么王权振兴。因为这个庞大的帝国，根本没有统一的经济基础，只不过是通过王室之间的政治婚姻，把以德意志各邦诸侯为主体的许多国家和民族暂时联系在一起的一个集合体。随着时间的推移，各族人民的反抗，以及欧洲政治舞台上的风云变幻，哈布斯堡王朝统治者的一切离开经和济历史发展规律的狂想与努力，皆成泡影。
    各种政治力量的总较量
    --三十年战争与帝国的终结
    查理第五的帝国虽然是一个幅员广大的帝国，然而它的领土却非常分散。同时，皇帝本人又是西班牙国王，必须经常住在西班牙。为了维持帝国对南部意大利的统治和保护在匈牙利的领地，他不得不同法国和土耳其进行长期战争。此外，查理还得忙于去镇压尼德兰革命和致力于海外殖民掠夺。这样，他就很少有时间在国内，也没有力量来解决德国内部的问题。也正因为如此，选侯们才选他做皇帝。一五一九年，在选举查理作帝国皇帝的时候，选帝侯会议的主席说，查理作为西班牙的国王不得不时常住在德意志境外，他对于诸侯们来说是一个很好的君主。因为他不会妨碍诸侯们的权力。所以，帝国的诸侯们仍一如既往，不断扩张他们的势力，独霸一方，各自为政。
    十四、十五世纪，德意志的经济较前有很大发展，尤其是手工业和采矿业都出现了资本主义萌芽。银矿的开采，直至十七世纪，始终居于欧洲首位。无怪乎皇帝查理第五在一五二五年五月十三日颁布的勅令中骄傲地说：“在神圣罗马帝国的土地上，采矿业的规模比基督教世界任何别的地方都大，它是上帝给德国土地最大的恩惠和利益”。然而，德意志经济的发展，由于政治上长期分裂的影响，始终未能形成一个统一的经济中心，因此查理第五的统治也就没有巩固的经济基础。加之他奉行了和以前诸王朝同样的政策：对外侵略扩张，对内迁就诸侯。其结果只能导致皇权的衰落和帝国的分裂。
    一五二五年，德意志人民因不堪诸侯、贵族的残酷剥削和压迫，爆发了伟大的农民战争。在农民战争过程中，许多诸侯以拥护马丁路德新教为借口，大量侵占天主教会财产，从而更加强大起来，而皇帝却一直在和法国进行争夺南意大利的战争。一五四六年，查理第五与法国议和，率四万军队回到德意志，企图征服各地诸侯。这时，帝国的诸侯分成了新教（路德教）和旧教（天主教）两派，斗争很激烈。查理第五想利用这个矛盾，依靠旧教诸侯，达到加强皇权的目的。但当皇帝对新教诸侯刚取得微小胜利的时候，旧教诸侯却又倒向新教诸侯一边，于一五五二年，一起突然袭击皇帝。查理第五措手不及，成了俘虏，被迫于一五五五年同诸侯们签订了《奥格斯堡和约》。根据和约规定：第一，德意志诸侯享有皈依任何宗教的自由。第二，承认诸侯享有决定官民宗教信仰的权力。因此，这个和约的签订，实际上意味着德意志加强皇权的意图又一次失败，诸侯分裂的状态进一步加强。查理第五失败之后，更加众叛亲离，沮丧之极，不得不于第二年一月宣布逊位。西班牙、尼德兰、南意大利连同西班牙的海外殖民地，由其子腓力第二继承，帝位由其弟奥地利公爵裴迪南第一继承。这样圣罗马帝国的版图，又回复到查理第五以前的范围了。
    十七世纪初，哈布斯堡家族企图恢复查理第五时代被削弱了的势力，于是开始了反对新教的斗争。这时皇帝和诸侯都把宗教作为斗争的旗帜。为了对抗旧教诸侯，帝国南部和西部的新教诸侯于一六○八年结成“福音同盟”，以巴拉丁的伯爵腓特烈为首领。旧教诸侯为了对抗新教诸侯的同盟，随即于一六○九年在慕尼黑组成了“天主教联盟”，领导者是巴伐利亚的公爵马克西米连。打着宗教旗帜的两大军事、政治集团，彼此剑拔弩张，随时准备大战一场。
    一六一二年，皇帝路德福第二卒，其弟马提亚继位。他想利用天主教联盟的力量彻底镇压新教派的反抗，推行旧教。一六一八年，捷克的新教贵族首先掀起反抗皇帝的暴动。帝国皇帝联合旧教诸侯反对德意志新教诸侯的战争便由此开始了。当时欧洲的国际环境十分复杂。法国不希望在它的身边出现一个集中统一的强大邻国，竭力想使德国处于分裂状态，有利于自己的扩张和夺取欧洲的霸权。丹麦、瑞典和英国不能容忍德国在北欧的扩张。尼德兰正在进行反对西班牙统治的资产阶级革命。因此，法国、丹麦、瑞典支持德国的“福音同盟”，罗马教皇和西班牙则支持“天主教联盟”。德意志的各地诸侯惟恐皇权强大威胁他们的统治，便勾结外国势力反对皇帝，以致后来丹麦、瑞典、法国和西班牙等国都相继加入这次战争，从而使它成为欧洲第一次大规模的国际战争，而德意志也就成了这场战争的主要战场。直至一六四三年，皇帝和天主教联盟无力再战，被迫求和。法国、瑞典和“福音同盟”虽然最后打了胜仗，但也因士气低落和英国资产阶级革命爆发所引起的时局变化，不得不同意停战，开始谈判。一六四八年，交战双方达成协议，签订了《威斯特伐里亚和约》，从而结束了这场历时三十年的战争。根据和约规定：神圣罗马帝国割让阿尔萨斯、洛林两地给法国；瑞典得到帝国北部的大片土地和巨额赔款；承认荷兰和瑞士为独立国家。在德国内部，皇帝承认诸侯有和外国缔结条约的自由；不经诸侯同意，皇帝无权宣战、媾和、课税和征兵；在宗教上仍实行“教随国定”的原则，由诸侯确定其国家信仰，凡不同信仰的人，限期离境。