三十年战争对德意志的破坏和影响极为严重。成千上万的城市、村庄、工场和矿山被毁，仅瑞典军队就破坏了德国村庄一万八千三百一十个、城市一千六百二十九座。总人口几乎减少了一半，有些地区甚至在一半以上，仅奥格斯堡战前有八万居民，战后只有一万二千人了。很多耕地野草丛生，到处是一片凄惨、荒凉的景象。当和平到来的时候，德意志已经无望地倒在地上了，而诸侯们却在这次罪恶的战争中取得了对皇权最后的、决定性的胜利。从此，德意志的诸侯完全建成了他们在自己领地内的专制统治，神圣罗马帝国实际分裂为大小三百多个独立王国，皇帝只不过是这个支离破碎的帝国中的一个诸侯和虚有皇冠之名而已。
    然而，对于每一个封建王朝的统统治者来说，总是要寻找这样或那样的机会和借口去兼并他人的土地，扩张自己的势力。一七○○年，西班牙的哈布斯堡王室中绝，法王路易十四宣布其孙安茹公爵腓力以外孙的身份继承西班牙王位，并于一七○一年抵西班牙继位，称腓力第五。神圣罗马帝国的皇帝利奥波尔德第一（1658-1705）为此立即提出抗议，从而爆发了西班牙王位继承战争（1701-1714）。总之，自十八世纪以来，哈布斯堡王室的神圣罗马皇帝，仍不断进行对外战争和内部战争，但结果大都以皇帝失败而告终。也就在这个时候，欧洲的政治局势发生了新的巨大变化。一六四○年英国资产阶级革命胜利后，一七八九年法国资产阶级革命也取得了胜利，建立了法兰西资产阶级共和国。法兰西革命的胜利，在神圣罗马帝国境内引起了巨大的回响：民农起义、城市暴动、捷克和匈牙利争取独立斗争的革命形势日益高张。这些起义和斗争，进一步打击和削弱了帝国的统治基础。帝国的统治者把这一切都归结为是受了法国革命的影响。因此，他们更加憎恨那个法兰西资产阶级共和国。一七九一年八月，皇帝利奥波尔德第二（1790-1792）和普鲁士国王腓德烈·威廉第二结成联盟，宣布一致反对法国革命。这样，神圣罗马帝国的皇帝又把这个支离破碎的帝国投入妄想扑灭法兰西革命的反革命战争的火海之中。战争初期，皇帝的联军获得很大胜利，但由于法国人民在爱国主义精神的激发之下，纷纷参军作战，以致战局遽变，法军连续获胜，皇帝的联军节节败退，最后，不得不于一七九七年、一八○一年先后与法国签订《坎波·佛米奥和约》和《律内维尔和约》，以可耻的失败结束了这次战争。
    在神圣罗马帝国遭到彻底削弱的同时，拿破仑·波那巴在法兰西建立了军事独裁政权，不断扩大对外侵略和加强对德意志内政的干涉。一八○四年，拿破仑自立为皇帝，并在巴黎接受教皇加冕，称“罗马皇帝”。拿破仑一心想做“众王之王”的皇帝，岂能容忍同时存在两个“罗马皇帝”。于是，他利用非常狡猾的手段，在一八○六年，把来因河畔的各个小国组成“来因同盟”，并使它们成为法兰西的保护国，宣布和神圣罗马帝国脱离关系。不久，他又施展诡计，使德意志诸侯几乎都加入了这个同盟。这样，神圣罗马帝国的权力就只限于自己领地的范围之内了。在这种强大的压力之下，最后一个虚有其名的帝国皇帝弗兰西斯第二（1792-1806）不得不于一八○六年八月六日，脱下皇冠，宣告废弃“神圣罗马皇帝”的称号，专任奥地利的皇帝，称弗兰西斯第一，定都于维也纳。神圣罗马帝国的历史也就完全结束了。此后，德意志继续是一个四分五裂的国家，直至十九世纪后期，才真正迈步踏上统一的道路。