如前所述，阿克巴即位初年的政治形势，要求他实行强而有力的中央集权政策。可是，谢赫和乌列摩的专横跋扈，却造成僧俗统治阶级内部的分裂和矛盾激化。根据《古兰经》法律，伊斯兰教国家的君主应受“沙里阿”即古兰圣律的约束，对“沙里阿”加以解释和运用的最高权力并不操在君主之手，而是属于穆斯林神学家的职权范围。这种对于君权的限制，是通过乌列摩的监督来实现的。所以，自从德里苏丹国时期以来，穆斯林高级僧侣一直占据着某种超越君权之上的地位。只有卡尔吉王朝的阿拉-乌德-丁曾在一定程度上摆脱僧权的控制，开创了苏丹国的帝国时期。阿克巴在取消摄政，摆脱后宫影响之后，虽然已开始亲理朝政，但谢赫和乌列摩仍参与解决各种最重要的宗教和法律问题，把自己置于与阿克巴相等同的地位，成为他推行中央集权政策的主要障碍。有两件事例可以说明这一点：有一次，担任大法官的谢赫阿卜杜恩·纳比要将一名运走清真寺建筑材料去营建崇奉偶像的寺庙，并且辱駡先知的婆罗门处死，呈报皇上审批，尽管阿克巴不愿处决这个婆罗门，但也不敢冒受舆论责难之险，贸然否定大法官的判决。最后阿卜杜恩·纳比终于杀了此人，宫廷内外的许多婆罗门都纷纷表示抗议。阿克巴闻讯大怒，责备他错杀了一个“不幸的婆罗门”，当他为此事与巴道尼发生争执时，情绪十分激昂。巴道尼的亲笔记载说，他“发根竖起，象一头暴怒的狮子”⑤。又如1577年谢赫阿卜杜尔·卡迪尔来到宫廷，要求解决与其兄弟关于萨尤尔加尔问题发生的争议，晚上即在“勤政殿”做晚祷，阿克巴命令他不要在公共场所举行祈祷仪式，谢赫却傲慢地回答：“我的帕德沙，这里可不是一切按你的命令办事的地方”⑥。由此可以看出皇帝与谢赫的矛盾之深，阿克巴推行改革，已是势所必然。
    在突厥-阿富汗人统治印度斯坦的三个世纪中，尽管穆斯林上层统治者对广大的印度教人民群众实行了最严酷的阶级压迫和民族压迫，但是在民间，两大宗教、两大民族、两种文化互相融洽的潮流，却是不可抗拒的，“在风暴起伏，动荡不定的表面之下，生活的不同领域潜流着一股互相协调和容忍的暖流。”1420--1470年的五十年间，克什米尔苏丹扎因-乌尔-阿比丁就已迫不得已地采取了亲印度教徒的政策，他召回了流落国外的婆罗门，同有学问的印度教徒保持密切的交往，并取消了杰齐亚。在他的倡导下，还将《摩诃婆罗多》和《诸王流派》两书从梵文译成了波斯文，又把几种阿拉伯文和波斯文的书籍译成了印地文，为此，他在历史上有“克什米尔的阿克巴”之称。两大宗教社会之间这种互相融洽的事实，为阿克巴推行宗教改革提供了客观的可能性。
    （二）
    阿克巴推行宗教改革大致可以分为三阶段：第一阶段（改革的准备时期）。从即位之初到1574年，主要标志是取消杰齐亚和香客税。第二阶段（改革的主要时期，与上层穆斯林矛盾激化），自1574年至1582年，主要标志是建立“礼拜堂”和颁布“无误法令”。第三阶级（巩固改革成果的时期），自1582年到阿克巴晚年，主要标志是制定“亭-伊-伊拉希”。
    在第一阶段，阿克巴虽然采取了一些亲印度教徒的政策，并任用了印度教徒曼·辛格和托达尔·马尔，但还保持了一个逊尼派教徒的正统观点，仍然依靠谢赫和乌列摩。阿克巴实际执政是从1562年开始的，有的历史学家把1560-1564年的四年称为“妇人执政”时期是不恰当的，因为到1562年5月， 阿克巴已经除掉养母马哈姆·阿纳加及其儿子阿达姆汗，摆脱了后宫的影响，并开始采取了一系列措施和军事行动，如禁止转卖战俘为奴隶（1562年），停止向朝圣的印度教徒课收“香客税”（1563年），取消杰齐亚是（1564年），与阿姆贝尔的拉杰普特贵族联姻（1562年），以及攻占马尔瓦、丘纳尔、梅尔塔和罔德瓦纳。据阿布尔·法茲尔记载，香客税的数量达到每年数百万卢比，杰齐亚是从德里苏丹王朝以来一直向非穆斯林居民征收的人头税，数量比香客税更多，所以取消这两项税收在财政上无疑是一个巨大的损失。阿克巴在即位初年频繁用兵，国库匮乏的情况下，能够采取这一措施，不能不说是具有一定政治远见的。
    1574年以后，阿克巴在北印度扩展疆域的进程基本完成，开始把注意力转向内政的改革。1575年他为开展宗教辩论建立“礼拜堂”，是一件重大的新事物，比阿克巴稍晚时候的编年史家曾对“礼拜堂”的辩论作过很具体的描写：每逢星期五，礼拜堂的大厅里聚集着伊斯兰教神学各派别最著名的代表人物，他们分成若干团体，按各自的席位就座，王位设于大厅中央，右侧是乌列摩和萨伊德（王族），左侧是谢赫和阿米尔。后来十叶派代表也自成一体参加讨论，就座于阿米尔之左侧。他们就神学题材范围以内乃至以外的问题，开展长时间的讨论。阿克巴总是以极大的兴趣倾听着，等待问题得到解决。由于对谢赫与乌列摩专擅行为的不满，他开始接近受到正统乌列摩压制的救世主派，尤其是谢赫·穆巴拉克和他的两个儿子法伊捷和阿布尔·法茲尔，后两人在宫廷中的地位迅速上升，成了阿克巴的主要顾问和亲密朋友。由于救世主派教徒的影响，“礼拜堂”辩论带有了更多的政治色彩，对《古兰经》教义的探讨变成了党同伐异，他们互称辩论对方为异端邪说，关系日益恶化；阿克巴也开始对伊斯兰教义的真理性产生了怀疑，因为连它自己的权威学者都不能就其基本教义达成一致的见解，而纯粹是相互攻讦、辱骂。从1578年开始，阿克巴邀请各种宗教的代表人物参加讨论。起初他邀请婆罗门作不公开的夜间晤谈，后来便参加了公开的“礼拜堂”辩论，巴道尼曾提到过参加辩论的有婆罗门普鲁绍塔马和代维；祆教社团的主祭司拉那·穆克吉也从瑙萨尔来到阿克巴的京城法特普尔-西克里；1571年，阿克巴曾由他的阿富汗人和蒙古人侍从陪同，前往拉合尔会见锡克教师尊阿默达斯，师尊极其藐视种姓法规，规定来客必须食用由低级种姓仆役烹制的饭菜，阿克巴尊重他的习惯，先到膳房用过饭食后，再与阿默达斯做了长时间的谈话，辞行时还赠送给师尊大量的礼物，并授与萨尤尔加尔，其中包括后来兴建阿姆利则城的地盘⑦。1579年阿克巴遣使果阿，邀请耶稣教团访问莫臥儿京城，以传播基督教教义，并参加与魁齐的讨论。1580年2月， 以神父蒙塞拉特为首的第一个耶稣教团应邀来到法特普尔-西克里。葡萄牙人派遣使团也是作为一种政治上的试探，神父们听说阿克巴大帝在宗教方面的宽宏大量，甚至企图规劝他皈依基督教，他们的这一目的虽未达到，但仍受到阿克巴的礼貌接待。阿克巴至少在表面的礼节上采取了平等对待非穆斯林的态度，从而赢得了各种宗教信仰者的人心所向。据阿布尔·法茲尔的记载，参加“礼拜堂”辩论的各种信徒有：苏菲派、逊尼派、什叶派、婆罗门、耆那教徒，基督教徒、犹太人、叙利亚人、袄教徒等等⑧。