乌列摩和大多数谢赫强烈反对这些“异端”的革新措施和“离经叛道”的行为，这是阿克巴推行改革的不利条件，阿克巴与伊斯兰教贵族的关系也因此而急剧地恶化。1579年阿克巴将马赫杜姆-乌尔-穆尔克和阿卜杜恩·纳比流放到麦加一事，以及将反对宗教改革的地位显要的谢赫从宫廷排挤到地方各省区的做法，就说明了这一点。
    与此同时，阿克巴在经济领域整顿赋税制度，企图取消扎吉尔制度等改革措施，也引起了扎吉尔达尔的强烈不满。加上当时为杜绝扎吉尔达尔侵吞军饷的流弊，正在孟加拉和古吉拉特厉行军马烙印制度，规定违令者没收其扎吉尔封地，这一行动犹如加于干柴之上的火星，不满的乌列摩和谢赫终于与扎吉尔达尔联合起来，打着“保卫宗教”的旗号，公开挑起1580年的孟加拉叛乱：叛乱者拥有相当强大的军事力量，并企图拥立喀布尔总督，阿克巴的兄弟，觊觎王位的穆罕默德·哈基姆为王，后者率领军队向旁遮普进发，使阿克巴处于两面受敌的危险境地。V·史密斯说，“1581年对阿克巴统治来说是最关键的时刻……几乎所有有影响的穆斯林都反对他，狡猾的叛徒包围了阿克巴，东方各省还在叛乱者手中，败于哈基姆就等于丧失一切，甚至自己的生命。”（12）在这决定其事业成败的关头，阿克巴没有动摇，他派得力的印度教大臣托达尔·马尔最终平定了孟加拉的叛乱，并亲自率领大军于1581年8月进入喀布尔，击败了哈基姆。喀布尔的胜利使阿克巴“可以在其余生中完全腾出手来，而且可以认为是阿克巴一生事业的顶点，”它使阿克巴赢得了更多印回封建主的支持，迫使谢赫和乌列摩，包括象宫廷马姆巴道尼这样的反对派人物，不得不将敌对的情绪隐藏在心中。
    改革的第三阶段是从1582年制定“亭-伊-伊拉希”（“神圣的信仰”，或译“圣教”）开始的，一本在阿克巴死后写成的宗教专著《达比斯坦》（或译《宗派详析》）中引用了一段“圣哲”（显然是指“亭-伊-伊拉希”的首席布道士阿布尔·法茲尔）的话，可以很好地说明该宗教的宗旨：“在一个由一人统治的帝国里，不应当有这样的情况，即它的臣民之间互不统一，彼此因为争论不休而变得四分五裂……我们应当把他们统一起来，但在他们达到某种统一并形成整体的同时，又不摒弃各种宗教的长处，而要吸取其他宗教中更好的东西。”（13）然而，由于“亭-伊-伊拉希”所具有的理性特点，使它在吸取各种宗教的优点的同时，又过于激烈地批评那些关于先知、神祇的荒诞传说，而使自己的教义仅仅成为一些刻板的道德信条，缺乏宗教的感召力，这是他很难得到广泛传播的重要原因之一。
    “亭-伊-伊拉希”有两个很显著的特点：一是提倡廉俭，其教规除要求教徒每逢生日须设宴請客外，平时尽量忌食肉类，提倡“弃绝世俗欲望而求得救”；凡要求人教者，可以直接觐见阿克巴，将头巾放在他的脚上，阿克巴则授以刻印有真主名字和“安拉-阿克巴”字样的“夏斯特”就算接纳入教。二是将僧俗权力结合起来，强调忠君。“亭-伊-伊拉希”的信仰者将阿克巴奉若上帝，彼此相见时要呼“安拉-阿克巴”。而且规定，为了效忠皇帝，应当贡献自己的“财产，生命、荣誉和信仰”，并按贡献的多少将教徒分成四等级，贡献四项者为一等级，贡献三项者为二等级，余类推（14）。
    阿克巴原想使“亭-伊-伊拉希”在扎吉尔达尔中得到普及，结果却恰恰相反。它遭到上层扎吉尔达尔的激烈反对，从巴道尼列举的宫廷中加入“亭-伊-伊拉希”的仅有十八人名单中看，最高品级的官员是统辖五千人的曼萨卜达尔，大部分是统辖数百人的中、下层官吏。相反，它在人民群众当中比在宫廷集团中要受欢迎得多。尽管其正式成员仅数千人，但拥有大量的拥护者和同情者。“亭-伊-伊拉希”的主要策划者之一阿布尔·法茲尔在《阿克巴则例》中称这些拥护者为“群人”，“几乎遍布每个农村、村庄和城镇的一群男女”和“成千上万的各式各样的人”（15），而且特别强调，他们不是廷臣，不是扎吉尔达尔，而大多数是普通人，老百姓。当然阿布尔·法茲尔的记载往往有歌功颂德，夸大其辞的缺点，所以必须加以仔细的分析与鉴别。但是，即使竭力贬低“亭-伊-伊拉希”的巴道尼，也曾作过类似的记载。他贬称他们为“一些低级而可鄙的人们，既来自居民的上层，也来自居民的下层”，但又承认，他们“是无法由别人代替的。一半军队、一半国家（不久）将由他们组成，无论在莫臥儿人或者印度教徒当中，没有任何一个别的团体能具有如此大的影响。”（16）这说明“亭-伊-伊拉希”在下层人民中是有一定基础的，而决不是象某些西方学者所说的那样，这种宗教完全是“惯于接受臣属阿谀奉承的东方君主头脑中杜撰出来的公式”，“是阿克巴的蠢行，而不是他的智慧的纪念物”（17）。虽然，阿克巴死后“亭-伊-伊拉希”不再流传，但是四、五十年后当阿克巴的孙子沙·贾汉执政时，仍有由阿克巴宗教学说的信奉者组成的一个不小的宗派；十七世纪中期，奥朗则布的长兄达拉·苏◆也重新提倡过阿克巴的学说，他在题名为《双海的汇合》的著作中，论述了两大宗教联合的共同基础，但是他的政治理想随着他在王位争夺战争中遭受的失败而告破产，以奥朗则布为首的最守旧、最偏狭的穆斯林封建主集团夺取了莫臥儿政权。