这样，杰斐逊的农业理想主义终于向工业现实主义妥协，他终于认可了工业在美国的发展。那么，他所认可的是什么样的工业呢？
    最初，他只是同意家庭制造业的发展。只有在他入主白宫的后期和退休以后，即1807—1816年间，他的态度才有了进一步转变，因为在这个时期美国手工工场和大工厂突飞猛进地发展。杰斐逊看到了这一点，他在1812年给朋友的信中曾承认：“在大城市有许多工场在生产优质的商品，而且许多新的工场每天都在出现；生产美利努呢绒的工场我们已有数千家了。”（23）在事实面前，他不得不放弃扶植家庭制造业的政策，而接受了工厂制度的现实（24）。在1816年他不得不表示，“我们现在必须在农民的身旁安放工厂主”（25）。
    但是必须看到：杰斐逊在被迫接受工厂制度和工业化的时候，对于美国应该工业化到什么程度，是否让它发展到超出本国需要之外并且与外国竞争的程度，还不太清楚。但是，可以断言的是，对于工业化，他是按社会需求而不是按照资本家的帐目表来衡量的（26）。而且，杰斐逊同意工业化及工厂制度的发展，是很勉强的，是在严峻的现实面前让步的结果，而不是出于心甘情愿的。因为在1812年美国对英战争爆发后他写给朋友肖特的信中就说，“我们的敌人（指英国——引者注）感到恶魔般的安慰，因为他们把我们第一代双亲（指农业——引者注）从天堂移开；他们把我们从一个和平的、务农的国家变为一个军事的、制造业的国家”（27）。
    尽管他在认识到工业化的迫切必要性之后放弃了他的农业共和国的幻想（28），但是支配他的农业共和国幻想的价值观始终未变，而且一有机会就不自觉地暴露出来。1804年，他已经承认发展工业势在必行，但是他在同年写给法国经济学家J·B·赛伊的信里，仍然说农民在道德上和物质上优于“城市工人”（29）。直到1816年他成为保护贸易论者之后，仍坚持农业优越论的观点（30）。他对于1824年的关税法表示气愤，因为该法提高了工业品进口税，而损害了购买欧洲工业品的南方农业集团的利益。在他逝世前6个月给麦迪逊的信里， 他悲愤地写道：“在为了支持制造业等等而实行的关税下面农业集团所遭受的普遍的挫折，以及我们纸币价值的灾难性波动，使得农业处在悲惨的萧条状态”之中（31）。
    这样，一方面他在感情上始终不忘情于农业，另一方面在理智上又不得不同意工业资本主义的发展。这是他身上表现出的最大的矛盾之点，也是他被政敌说成是无原则的政客和伪善者的原因之一（32）。
    然而不管内心的思想感情怎样，杰斐逊之同意工业化则是事实。而这就意味着他是支持现代化的。
    三、现代化政策的执行者
    杰斐逊不止同意工业化、现代化，也是现代化政策的执行者。早在美国革命高潮中，他在弗吉尼亚进行的一连串民主改革，如废除长子继承制，限定嗣续法，实现宗教自由等方面，都在不同程度上为清除封建残余，推进工业化和现代化作出了贡献。
    尤其值得一提的是他在任总统期间的业绩。为了为工农业发展提供充足的劳动力，他在1801年建议国会放宽入籍法的限制，以便鼓励外国移民来美。1802年他又建议国会采取措施，鼓励人们向印第安人让出土地所有权的西部地区移民。这有力地推动了西部的开发。
    为了推动工商业的发展，必须发展交通事业。在第六、第八年度国情咨文中，他曾请求国会考虑把财政收入的剩余部分用于“公共教育、道路、河川、运河”的修建上（33）。1802年4月，国会乘俄亥俄加入联邦的机会， 责成政府以出卖州内公共土地总收入的5％用于修建道路。这就为国道的大规模修建奠定了始基。
    同年，他在咨文中还劝说国会采取措施以“保护适应于我们环境的制造业”，以及“扶植捕渔业和海上养鱼场”。他在咨文的末尾说：“至于我，您们可以相信我一定欣然同意每一项为公众谋福利的措施。”（34）1804年他又提请国会注意范围更为广泛的、一大批具有重大利益”的事情。他说：“农业、制造业、商业及航海，我们繁荣的四根支柱，当被交给个人企业去自由经营后，已经兴旺发达起来了。如果在您的观察和研究的过程中，它们看来需要我们宪法权力限度内的任何援助的话，您们对它们的重要性的认识，就足以保证它们引起您们的注意。”（35）
    正如希纳德所指出的，这最后一句话“只能有一个意思，那就是：这位总统并不想完全地、彻底地离开汉密尔顿鼓励制造业的政策”。“如果在杰斐逊当政期间工业和农业利益在美国第一次发生冲突是真实的话，我看不出总统做出任何努力去靠牺牲工业的利益来帮助农业”（36）。
    杰斐逊也支持保护贸易政策。他在提交第六个年度国情咨文时，正面临1806年政府财政盈余的前景。但是他并没有建议国会放弃保护关税措施。他说：“难道我们取消关税，把好处送给外国制造业而危害本国制造业吗？”（37）
    在总统任期内，杰斐逊为美国现代化作出的另一个贡献是：采取措施促使印第安人从原始社会的狩猎生活过渡到农耕生活。在这里，他主张采取说服的方式，而不是暴力的手段。他曾多次写信给印第安人酋长，反复向他们解释农业生活对狩猎生活的优越。他写道：“兄弟，在您已经着手干的伟大的改革中继续前进吧！劝说我们红色同胞们冷静一些去耕种他们的土地，并且说服他们的妇女为他们的家人纺织吧！不久您将看到您们的妇女和儿童都丰衣足食，您们的人在和平和富裕中幸福地生活，而且您们的人口将一年比一年增加。”（38）结果，许多印第安人部落开始放弃狩猎而从事农业。印第安人生活的这个变动有双重意义：第一，推动印第安人社会的发展，使他们能跟上现代社会的步伐。第二，印第安人放弃狩猎转而从事农业，意味着把大量用于狩猎的土地变为农田，有利于农业的发展，进而推动美国的现代化。