在基督教会方面，由于历史和现实的原因，也离不开皇权的护佑。从历史上讲，早期基督教会在罗马帝国的高压统治下，曾形成几个秘密传教活动的中心，它们是叙利亚的安条克、小亚的以弗所、意大利的罗马和埃及的亚历山大、两河流域的埃德萨。君士坦丁堡成为罗马帝国的东都后，其地位扶摇直上，君士坦丁堡教会也成为五大教区之一，与罗马、亚历山大、安条克、耶路撒冷等老资格的教会互争雄长。各教区牧首（παπαｓ，即后来的拉丁文pope，称“父亲”）都想得到皇权的支持，以夺得基督教世界最高精神领袖的宝座。从现实情况看，在4～6世纪，基督教会虽然在历代皇帝贵胄及各阶层人民扶植下，在帝国政治、经济和文化生活中成为不可忽视的一大势力，但还算不上羽翼丰满。由于传统的力量，教会还远不能摆脱皇权的控制。因此，教权对于皇权的依赖和服从，在多数教士眼中，也是天经地义的。
    拜占廷皇帝对教会事务的干预和支配主要有以下几方面内容。一是以政权和法制的力量为基督教的传播开辟道路，无情地铲除异教信仰在思想和文化领域的根基。二是积极干预和仲裁教会内部的争端，在理论和实践上促成基督教内部的思想统一，翦除“异端”和一切可能造成教会分裂乃至国家分裂的根源；从组织上，则抬高君士坦丁堡牧首的地位，使之成为皇权操纵教会事务的得心应手的工具。
    首先，为了确立基督教的至尊地位，历代拜占廷皇帝可谓煞费苦心。一般地，史学界和宗教史学界的学者们以313 年的《米兰敕令》作为基督教在罗马帝国取得合法地位的标志。事实上，早在311年，东罗马皇帝伽勒里乌斯（305～311）已承认了基督教的合法⑦，君士坦丁和利西尼厄斯只是在313 年发表声明重申了伽勒里厄斯的敕令，向东方各行省长官交代政策。据4世纪教会史学家优西比乌斯的记载，该声明强调：“从现在起，那些希望履行基督崇拜仪式的每个人，皆可自由地、无条件地去履行该崇拜而不受任何干扰”；同时，敕令强调，信奉任一种宗教（包括异教多神崇拜）都应不受歧视。罗马神庙和它的祭司、大祭司制仍继续保留，皇帝仍领“大祭司长”的称号。基督教徒的集会场所，凡被没收者，均无偿归还，教会财产也同样发还⑧。后来，君士坦丁又多次颁布法令，极为具体地指示部下善待基督教会和神职人员，包括归还教会房地产和其他财产、承认主教在教会内的领导地位，从国库支付神职人员开支，以及赐予教会免税、免役权，承认教会有权接受信徒遗产等。最后，君士坦丁又授予教会司法权，允许教会法庭受理民事讼案，承认教会法庭有终审判决权。凡经教会法庭审理定案者，当事人不得上诉，民事法庭也不予受理。
    君士坦丁大帝还积极兴建教堂，以扩大基督教会在帝国各族人民心目中的影响。罗马的圣彼得大教堂、拉特兰教堂，巴勒斯坦的圣墓教堂、奥利弗山上的耶稣升天教堂以及伯利恒的圣诞教堂、君士坦丁堡的圣使徒教堂和圣伊琳娜教堂等，都是君士坦丁时期所建。据说，至今仍屹立于博斯普鲁斯海峡之滨的圣索菲亚大教堂也是在君士坦丁时期奠基的。与此同时，罗马、君士坦丁堡教会逐渐成为帝国最重要的基督教中心；耶路撒冷教会也从1世纪以来遭受的毁灭性破坏中得到复兴， 成为举世瞩目的基督教圣地。
    君士坦丁逝世后，他的继承者们继续实行他的宗教政策，把基督教抬到至高无上的地位。同时，排斥和打击罗马传统宗教。君士坦丁之子康斯坦提乌斯虽然信奉阿利乌斯派基督教，但对“异教迷信”活动也毫不容情。他颁布了许多法令，以期铲除“异教”信仰，“使所有异教不复存在，让不洁的祭祀牺牲得以根除”⑨。他大批关闭异教神庙，禁止供奉异教诸神，凡违抗皇命、固守旧教者，均处以绝罚。为了表明他与异教诸神彻底决裂的态度，他还把罗马人-向奉为神圣的胜利女神祭坛迁出元老院。后来，由于“背教者朱利安（361～363）”的倒行逆施，基督教的势力暂时受挫。但历史已宣判了异教诸神的死刑，任何个人的倒行逆施都无法挽救异教的命运。最后，在狄奥多西皇帝时代，终于使基督教登上了“罗马国教”的神圣殿堂。393年以后，代表着古典文化光辉传统的奥林匹克竞技活动被彻底废止；到查士丁尼时期，最后一个传播古典文化的基地一雅典学院被迫关闭（529年），它标志着基督教战胜了一切古典文化，成为拜占廷帝国的唯一精神支柱。昔日希腊、罗马哲学思想的精华，也只能在论证基督教教义之合理性时，才悄悄跻身于教会和修道院的圣堂上。
    其次，为了实现基督教会内部的统一，历代罗马-拜占廷皇帝还积极干预基督教会内部的教义争端和教派斗争，使其向着有利于巩固皇权和统一帝国的方向发展。于是，人们看到，在325年的“普世基督教主教公会议”（尼西亚会议上），尚未接受基督教洗礼的君士坦丁皇帝成为会议的召集人和主持人，并亲自参与制定《尼西亚信经》和有关教会的法规。会上，君士坦丁批准了与会主教们对阿利乌斯派异端的谴责和处罚，支持了基督“与上帝同性”和三位一体的教义。381年， 狄奥多西皇帝又主持了君士坦丁堡公会议，重申了《尼西亚信经》的原则，彻底清除了阿利乌斯派信众在帝国生存和发展的条件。