以后的历代皇帝也都仿而效之，积极在基督教教派争端中充当仲裁人或教会领袖的角色，于是，为了解决聂斯脱利派信仰与亚历山大教会之“一性派”理论的分歧，狄奥多西二世召集了431年的以弗所宗教会议、马尔西安皇帝召集了451年的卡尔西顿会议。此即基督教会史上承认的第三次和第四次“普世基督教主教公会议”。这两次会议均以《尼西亚信经》为基础，先后批判和摒弃了聂斯脱利派信条和“一性派”信条。在卡尔西顿派会议上通过的《卡尔西顿信条》则成为正统基督教会的重要纲领性文件。
    但是，拜占廷皇帝们并不总是支持“正统”基督教派，有时，他们也站在“异端”的立场上，迫使正统教会服从皇帝的决议。甚至一向被教会尊为圣者的君士坦丁皇帝也曾在主持制定《尼西亚信经》后不久，转而支持他曾反对过的阿利乌斯派，而且在临终之际接受了阿利乌斯派主教优西比乌斯为他施行的洗礼⑩。狄奥多西二世亦在召集以弗所宗教会议后不久，接受了亚历山大派主教的劝导，任其操纵了449年的以弗所“强盗会议”，强行通过以“一性派”为正统的决议，并强令与会主教投赞成票。芝诺皇帝（474-491）虽没有公开声明支持正统派或“异端”派，但他企图调和卡尔西顿派和“一性派”的矛盾，炮制并颁布了《合一通谕》，令全国（包括以罗马教会为核心的意大利和西欧）遵照执行（11）。他们之所以采取这样的立场，自然是出于政治上的考虑：因为在西部帝国逐渐沦于蛮族之手以后，帝国的政治中心东移，巴尔干、小亚、叙利亚和埃及等地，成为帝国的主要组成部分，而这些地区正是4～6世纪几个主要“异端”派别的发源地和繁衍地。这些地区的人们早已不堪忍受罗马-拜占廷贪官污吏的压榨，在宗教观点上往往站在反“正统”教派一方，并以教派斗争的方式反抗拜占廷的强权统治。因此，为了巩固皇权、加强帝国的统一，皇帝们也只能置教会的抗议于不顾了。
    长期的教派斗争和五大教区的分庭抗礼，使拜占廷皇帝感到，基督教会内部的分离和对立趋势与政治制度的集权性极不协调，因而，树立教会领袖、扶持教会权威对于巩固帝国的统一是绝对必要的。君士坦丁堡大主教处于首都的有利地位，自然成为历代拜占廷皇帝积极扶持的对象。因此，在君士坦丁召集的尼西亚会议上，通过了教会法规二十条，用法律形式规定了主教的权力，并强调皇帝有任免主教权；381年君士坦丁堡会议决议进而强调，新都君士坦丁堡教区的主教， 其地位仅次于罗马主教；451 年的卡尔西顿会议上更强调了君士坦丁堡主教与罗马主教的地位完全平等（法规第28条），从而否定了罗马主教的首席地位。于是，在皇权支持下，君士坦丁堡大主教终于实现了君临天下的梦想。
    综上所述，在4～6世纪的拜占廷帝国，皇权较为成功地保持了对教权的控制，而且形成了一些惯例，即由皇帝召集和主持基督教全体会议，决定和批准对“异端”的处罚，主持制定宗教会议决议和有关宗教法规，任命各级教会主教等。有时，皇帝们全然不考虑教会的原则或人民的意向，全凭自己的意志行事。因此，往往造成更加激烈的教派冲突和社会动荡，人民的反抗也往往采取更为激烈的形式。
    但是，基督教会对拜占廷皇帝的控制和干涉也不完全是逆来顺受。随着基督教会羽翼渐丰，教权对皇权的抵制和反抗也渐露端倪，有时，教权对皇权也有一定的制约作用。前述“强盗会议”的决议就是由于君士坦丁堡和罗马大主教的坚决抵制而无法付诸实施。后来，该次会议被正统基督教会视为非法，拒绝承认它的“普世性”（12）。后来的卡尔西顿会议因采用“基督的二性互不混淆，互不交换，互不割裂、互不分离”的断语调和安条克学派与亚历山大学派的矛盾，批判极端一性派尤提克斯的观点，引起亚历山大教会的激烈反抗，最后导致亚历山大教会的独立（13）。芝诺皇帝的《合一通谕》非但未能使“一性派”与正统派相互谅解，反而造成东西方教会第一次大分裂（484～519年）。民间的反抗也往往采取暴力的形式，从而使本已百孔千疮的帝国更添新的忧患。
    除了教义方面的争端外，教权与皇权在处理世俗问题上的冲突和对立也开始发生。390年，狄奥多西皇帝为稳定内政，一味包庇纵容日耳曼人上层军官， 公开镇压了萨洛尼卡市民发动的反日耳曼人起义，甚至滥杀无辜，祸及妇孺，引起教会关注。米兰大主教阿姆布罗斯十分震怒，下令以破门律惩处皇帝。狄奥多西皇帝被迫向主教忏悔，并在忏悔期间不穿皇袍，以示虔诚。这是在罗马-拜占廷帝国内，皇权屈从于教权的第一个事例（14）。这一事实也说明，基督教会经过近80年的发展和繁荣，已有相当的实力堪与皇权抗衡。
    5世纪以后，教会开始从理论上寻找摆脱皇权控制的根据。 首屈一指的是基督教教父学鼻祖圣奥古斯丁（354-430）。他在《上帝之城》中提出“两种权力”的观点，即教会是“上帝的王国”，即天国，皇帝治下的帝国是“地上的王国”，从而为教权控制王权作舆论准备，494年，罗马大主教基拉西乌斯（492-496）公开对皇帝干预教会事务提出了异议。他说：“皇帝们在教义争端问题上“要甘愿服从主教的裁决，而不是担任领袖”，要“依赖神职人员的判断，而不应希望他们屈服于您的愿望。”他的理由是：“皇权与教权既同命于天，当然是应该各尽其责；既然教会在世俗问题上能服从皇帝的法令”，皇帝在教会事务中也应“服从那些上帝派来主持宗教事务的人们。”显然，教皇在此较为客气地对皇帝干预教会事务表示了异义。基拉西乌斯的这一理论后来在西方得到发展，奠定了西欧政教关系的基础。
    然而，在拜占廷东正教会，这种理论未能占统治地位。尤在4～6世纪，皇权一直保持对教权的优势，甚至在7～8世纪，皇权对教会事务的支配作用仍十分明显。在查士丁尼时期，这种优势得到了充分的体现。