对于犹太教，查士丁尼实行了民族保护政策。他允许他们保留自己的信仰和他们自己的聚会地犹太人会堂，也允许他们在做礼拜时自行选择《旧约》译本，而无须同基督教会一致。但是，他不允许犹太人拥有基督教奴隶，也不许他们建立新的犹太人会堂。因此，他对犹太人采取了既保护、又限制的政策。但对撒马利亚人和摩尼教徒，查士丁尼的政策则苛刻得多（19）。
    对于基督教“异端”问题，由于它对国家统一和皇权专制的威胁最大，查士丁尼对它特别重视。尤其是对于5～6世纪间在西亚、埃及居主导地位的“一性派”，查士丁尼更是煞费苦心，寻找最佳解决途径。如前所述，查士丁尼统治早期，是狂热拥护《卡尔西顿信条》的。但在皇后狄奥多拉（一性教派）影响下，他的态度有所改变。6世纪中期（541-553年），他停止迫害“一性派”， 并积极从神学上探索使“一性派”与正统派相调和的根据。他想走一条折衷的道路，“把卡尔西顿派信经解释得与安条克派或聂斯脱利派的观点毫无关系，而表面上又不触动信经”从而使信经的意义完全符合亚历山大的西里尔的神学思想（20）。
    于是，查士丁尼召开了著名的“三章”辩论会。他以皇帝的权力提出，应对3位5世纪的作家在批判“一性派”观点时暴露的聂斯脱利派思想加以谴责。此3人即安条克学派的德奥道罗、狄奥多莱和依巴斯。其中，狄奥多莱和依巴斯的观点已得到卡尔西顿会议的承认。查士丁尼企图以这个方法贬抑安条克学派，从而否定卡尔西顿信条的权威。此举受到以罗马教皇维吉利乌斯为首的西方教会主教们的一致反对。于是，查士丁尼动用了皇帝的权威：下令召维吉利乌斯进君士坦丁堡，由他和皇后轮番“做工作”，令维吉利乌斯在有关文件上签字；在553年的君士坦丁堡宗教会议上，同意查士丁尼对上述三位教父的批判。在皇权的压力下，维吉利乌斯被迫屈服，但其心理上却无法取得平衡。终于在回归罗马途中凄然去世（555年）（21）。于是，西里尔的观点被教会视为“正统”，但罗马教会与君士坦丁堡教会的分歧也更加明朗化。虽然查士丁尼采取这一行动的本来目的是与一性派妥协，保持近东和埃及各族人民的心理平衡及帝国和教会的统一，从根本上说，这个目标没有实现。但是，这一事件却充分反映了查士丁尼所谓“政教协调”原则，只在教权不侵犯皇权的前提下才能成立；只有教权屈尊与皇权协调，而决不允许教权凌驾于皇权之上。
    综上所述，可以看到：在查士丁尼以前的早期拜占廷，皇权对教权的优势基本占主导地位。虽然，基督教会羽翼渐丰之后，曾多次对皇权控制教权的现状进行抗争，但终究不能摆脱皇权的控制。这种皇权对教权的优势，在查士丁尼时代得到了最充分的体现。查士丁尼比他的前辈们高明之处不在于他继续实行宗教上的皇权专制，而在于他能从神学理论上阐明政、教关系的原则，并积极付诸实践。因此，他能够保证皇权对教会的有效控制。他积极支持基督教传教活动，使基督教的影响远抵尼罗河中游和北非各地；他所主持的第五次基督教全体会议也终于得到西方教会的承认；他所确立的“政教协调”、皇权至上的原则在中世纪拜占廷和东欧的东正教诸国得以延续和发展，成为这些国家处理政教关系的基本准则。后来，在拜占廷又出现了希拉克略、利奥三世等有效处理宗教事务的英才；甚至近代俄国沙皇彼得大帝的宗教改革，也不无查士丁尼原则的影响。当然，由于以罗马主教区为中心的西方基督教世界所处的特定历史条件，使罗马教皇上升为中世纪西欧教俗事务的主宰，而这一点，则不是本文讨论的范围了。
    注释：
    ①②（苏）列夫臣柯：《拜占廷》，葆煦译，三联书店，1962年，第17、18页，第63～64页。
    ③托卡列夫：《世界各民族历史上的宗教》，魏庆征译，中国社会科学出版社，1986年，第495～496页。
    ④（15）琼斯：《古典世界的衰落》（A·H·M·Jones, The Decline of the An cient World），朗曼，1980年，第122页，第124页。
    ⑤张绥：《东正教和东正教在中国》，学林出版社，1985年，第48～50页。
    ⑥（16）伯里：《晚期罗马帝国史》（J.B.Bury, History of the Late Roman Empire）纽约，1958年，第1卷，第368页、第20～23页。
    ⑧优西比乌斯：《基督教会史》（Eusebius, The History of the Church）企鹅古典丛书（英译者威廉森）1983年，第10卷第5章，亦见杨真：《基督教史纲》三联书店，1979年，第102页。
    ⑨《狄奥多西法典》XVI,10,2；转引自瓦西列夫《拜占廷帝国史》，第1卷，第67页。
    ⑩（13）（14）（21）瓦西列夫：《拜占廷帝国史》第1卷，第56～57页、第104-105页，第81～82页，第150～153页。
    （11）（17）（18）（19）A·杰罗斯特尔吉奥斯：《查士丁尼大帝·皇帝和圣者》（A·Gerostergios, Juntinian the Great, The Emperor and Saint），（美）拜占廷和现代希腊研究所出版，1982年，第25～28页，第86～88页，第86～88页，第73～74页。
    （12）奥斯特洛戈尔斯基：《拜占廷国家史》（Ostrogorsky, The History of Byzantine State），1956年，牛津，第54～55页。
    （20）威利斯顿·沃尔克：《基督教会史》，孙善玲等译，中国社会科学出版社，1991年，第178～179页。