3.查士丁尼在527年继查士丁皇帝之后登上帝位。但是早在518年，他就已参与国政管理，并一直为自己登上权力的顶峰创造条件。除了在政治上翦除异己，排挤和打击一切可能危及自己攫取最高权力的竞争者外，他还特别重视宗教的作用，因而积极推行与西方罗马教会和解的政策。他主持查士丁宫廷的宗教事务时，公开宣布放弃芝诺皇帝的《合一通谕》，回到卡尔西顿的立场上来，从而结束了东西方教会的第一次分裂（519年）。于是， 他赢得了罗马大主教支持和意大利及西方罗马旧臣的认可（16）。这就为他正式上台后实行“一个国家、一部法典、一个教会”的统治目标奠定了基础。
    查士丁尼对于基督教会的认识远远超出在他之前的历代皇帝。他受过系统的神学教育，深谙基督教原理。因此，他决不满足于仿效古人以强权和专制来支配教会事务，而是积极地从理论上阐述皇权的至高无上。他强调皇帝有权决定臣民的信仰、教职的任免和教规的制定，也有权在僧侣们的冲突中充当法律仲裁人。他的格言是：朕是皇帝、亦是教父。从这一基点出发，他写了许多神学著作，颁布了许多有关宗教的法令，积极探索皇权与教权关系的基本原则。
    首先，他反对使皇权与教权对立，主张实行“政教协调”的原则。他强调：皇权与教权不是来自于民而是受命于天；因此，皇权与教权不应该发生冲突，而应该浑然一体、完全一致。他说：教会如同灵魂、国家如同躯体，两者的健康合一是使国家机器能正常运转的基础。它们的共同目标是拯救民众、使国家强盛，使上帝荣耀，他在《新律》第109条中强调：“朕坚信，朕的唯一愿望， 即是使朕治下的帝国长治久安，全仰赖上帝的恩宠。因为，朕深知，这一愿望是灵魂之得救和政权之维系的源泉。”在535年颁布的《新律》第6条中，查士丁尼全面阐述了国家与教会的关系，声称：“上帝因热爱人类而从上苍赠予人类两件最伟大的礼品：教士和帝王。教士负责圣事，帝王指引并主持凡俗事务；但两者来自同一上帝，点缀着人类生活。因此，教士的尊严是帝王们安全的唯一保障，因为是教士们在为帝王的幸福而祈祷上苍。因此，如果教士们能在各方面虚心接近上帝而不受任何非难，如果帝王们能公正地依法治理他们的国家。那么，国家和教会的协调和睦就会出现，无论如何，这是有益于人类的。”（18）因此，查士丁尼强调，教会与国家的协调一致是产生法律的根据，教会与国家的协调是应该坚持始终的。
    为了有效的贯彻上述“政教协调”的原则，查士丁尼“命令在4 次基督教全会中采用并认可的所有教会圣法……将被视为国法。”从此，教会法开始具有政治意义，并成为民法中一部分。基督教的原则开始走出神学的迷宫，成为帝国各阶层人民在政治生活和世俗生活中不可侵犯的准则。查士丁尼对于教会法形同国法的原则阐述，确立了东方基督教会（拜占廷与斯拉夫民族教会）政教关系的基本模式；对西方教会也不无影响。
    虽然，查士丁尼能顺应形势，认识并承认基督教会在帝国政治生活中的地位和影响，但他从来不曾放弃皇权对教权的控制。他完全继承了自君士坦丁以来确立的基督教王权理论，以教会的当然领袖自居。他对教权的控制几乎达到前无古人后无来者的程度，因而被不少史学家称为“皇帝教权主义者”。
    查士丁尼对教会的控制包含多方面内容。他颁布了大批有关宗教问题的敕令，同时也写过许多涉及基督教教理和教义的论文、书信及法案。虽然他也同历代拜占廷皇帝一样，用大量建筑教堂、修道院的举动来表示自己的虔诚，但他更重视自己作为“基督教帝国”（包括西罗马已沦于蛮族之手的土地）君主所负的政治和宗教责任，并以积极排斥异教，无情镇压基督教异端的行动来实践这一责任。
    由于历史的原因，在拜占廷帝国辖区有几种堪称为“异教徒”的人，其中包括崇拜古罗马诸神的多神崇拜者、犹太教徒、撒马利亚人和摩尼教徒。对这些人，查士丁尼采取了区别对待的灵活政策。
    对于多神崇拜者，查士丁尼宣布，以往历代皇帝颁布的有关敕令继续有效；同时，他陆续颁布了许多惩治“不信者”的法令。他禁止异教徒进行任何宗教崇拜活动，违者予以惩处，乃至处死。其遗嘱或馈赠亦被视为无效。他还采用威逼利诱的手段，令那些尚未改宗基督教者接受洗礼：顺从者有赏，违令者予以重罚，剥夺公民权、财产权或施以绝罚。为了保证青少年都不再信奉异教，查士丁尼颁布法令严禁“异教徒”在各类学校任教。529年，雅典新柏拉图学院被关闭， 切断了帝国腹地（希腊半岛）人民与传统文化的联系，使基督教传统更深地渗入到社会的一切方面，尤其是文化教育领域。
    但是，查士丁尼对帝国贵族阶层中的异教信奉者（法学家特里波尼安，历史学家普罗可比等）并没有采取极端措施，因为他们没有公开与帝国的国教--基督教顽固对抗，也没有去做有损帝国现存秩序的事。但对于民间的异教庆典，查士丁尼则毫不留情地打击和镇压。这说明查士丁尼宗教政策的核心是巩固帝国的现存秩序，其手段也是恩威并用，刚柔相济的。