继政治目标问题解决之后，在穆斯林提出的分区选举问题上，双方还存在着较大的分歧。这是印度教徒与穆斯林团结道路上的另一障碍。为解决这一分歧，真纳促成国大党和穆盟于1915年在孟买召开联席会议。在这次会议上，他提出一项议案，建议穆盟委员会根据印度自治的要求，同其他组织协商制订出使穆斯林满意的、保护他们的政治和民族利益的政治改革方案。印度教徒和穆斯林代表一致通过了这项议案。此后，国大党和穆盟委员会经过充分酝酿，一致制订出一份改革方案。该方案建议战后立即在印度实行改革，并承认穆斯林分区选举的原则。真纳认为，分区选举的原则对穆斯林来说，是把他们从麻木沉睡中唤醒的必不可少的措施；而对于印度教徒来说，既可争取穆斯林的信任，又是对于穆斯林承认印度自治，愿意与印度教徒进行合作的一种必要的妥协和让步。他在解决这一问题时，采取了民主协商和互谅互让的原则，不失为一种策略。
    为了巩固和推进国大党与穆盟之间的这一谅解，真纳再次促成两大组织于1916年在勒克瑙召开联席会议。在这次会议上，双方同时通过了国大党和穆盟委员会共同拟定的改革方案，即著名的勒克瑙公约。公约中重申国大党和穆盟共同要求在印度实现自治，并提出一系列具体改革要求，如在各级行政和立法部门中增加民选代表比例；扩大省立法会议权限等。国大党同意，在穆斯林占少数的省内，在立法议会两院选举中，穆斯林将获得多于他们人口比例的席位。勒克瑙公约的通过，揭开了印度民族独立运动史上新的一页，对于实现印度的自治具有重要的战略意义。真纳对两个组织的和解感到满意，他认为，有了这种和解，印度人民争取独立的斗争就打赢了一半，而实现自治的共同理想，则在很大程度上还有赖于这一公约的实施。由于真纳在促进印度教徒与穆斯林的团结与合作中所做出的卓越贡献，他被誉为“印度教徒与穆斯林团结的最优秀的使者”⑤。
    3.通过合法斗争实现自治
    真纳在强调民族团结是实现自治的前提的同时，还把坚持合法斗争作为实现自治的手段，主张在法律允许的范围内行动，反对采取暴力和非法手段达到政治目的。在这个问题上，他的主张与国大党温和派领导人也是一脉相承的，即遵循了瑙罗吉和戈卡勒等人制订的对英国政府进行“批判性的合作和合作性的批判”路线。
    他赞成批评政府，认为“自由而坦率地批评政府是正当的”，但同时也强调：“当政府是正确的时候，每个受过教育的人都有责任支持和协助政府”⑥。他对政府的支持与协助表现在他对1918年蒙塔古一切姆福斯德方案持谨慎的赞成态度。但是作为一名民选议员，他在议会辩论中更多地是批评政府所采取的不利于印度的政策。他谴责在殖民主义统治下，南非的印度侨民所受的待遇是“最粗暴的待遇”；他批评政府忽视初等教育是“没有尽到文明政府的责任”；他指责政府在大战期间对印度的政策是“只伸手要东西，却不给报酬”；他强烈谴责劳拉特法的通过，并以辞去立法议会议员表示抗议。尽管如此，他也同样反对“来自人民方面的暴行和无视法律的行径”，主张“任何破坏政府权威和扰乱法律与秩序的企图都应受到最强烈的谴责和最严厉的惩罚”⑦。因此，他反对甘地为抗议劳拉特法而发动的坚持真理运动，反对哈里发运动采纳甘地的非暴力不合作纲领。当甘地在1920年国大党那格浦尔会议上试图将国大党宗旨改为“印度人民采用所有合法与和平的方式获得自治”时，他不顾多数人的反对，坚持自己的立场。此后，他脱离了国大党。他尖锐地批评甘地说：“你的极端化的纲领现在吸引的多半是没有经验的青年人以及无知者和文盲。这一切意味着无组织和无秩序。其后果如何，实在不堪设想。”⑧真纳虽然反对不合作运动，但他十分清楚，导致不合作运动的根源是政府的现行政策。所以，当殖民政府为了破坏不合作运动而在甘地的反对者中寻找支持时，他对此表示蔑视，而对不合作运动予以一定的理解和同情。由于真纳在政治上的这种坚定不移、光明磊落的品格，人们称他是“不可收买的人”。
    事实上，真纳在1918年6月也领导过孟买群众进行反对省督惠灵顿的斗争， 并取得重大胜利。但他并没有从这一胜利中看到群众运动的力量，而是仍然迷信议会斗争。1923年，他决定重新参加竞选，并再次当选为中央立法议会议员。所以，从根本上说，他是一位制宪主义者。在第一次世界大战结束后，特别是在哈里发运动与不合作运动相结合的情况下，他的合法斗争观点不仅遭到国大党极端派的反对，而且也遭到穆盟极端派领导人的反对。曾经与他有过密切合作的穆罕默德·阿里认为，如果真纳的“宪法的道路”需要20年才能实现自治，那么“这条道路也不怎么样”⑨。由于这一分歧，穆盟也陷入分裂之中。
    4.宪法必须保护少数民族利益
    1924年后，印度的宪法改革问题被提到议事日程上来，国大党和穆盟要求的政治改革进入实质性阶段。值此重要时刻，真纳指出，少数民族利益是否得到保障，是对一部宪法的严峻考验，也是印度宪法改革成败的关键。
    1925年，当议会讨论迪曼委员会的报告时，他支持莫蒂拉尔·尼赫鲁提出的旨在尽快在印度成立完全的责任政府的修正案；同时强调在任何未来宪法改革中“对少数教派的利益应予以应有的照顾”⑩。但他并不只是要求“照顾”，1927年3月在他主持的穆盟德里会议通过的决议中，也做出了相应的让步。如穆斯林同意在所有省份实行保留席位和设混合选区；旁遮普和孟加拉的代表应按人口比例进行选举。但前提是，在中央立法机构中，穆斯林应得到三分之一的席位以及把信德从孟买分出成立一个单独的省。但1928年5月的尼赫鲁报告中拒绝了这些建议。因此在1928年12月加尔各答各党派会议上讨论尼赫鲁报告时，真纳提出修正案，强调在中央立法机构中穆斯林的代表应是三分之一，而不是四分之一；同时剩余权力归各省，以保证穆斯林占多数的省份可以实行自治。他在陈述这一提案的理由时说：“没有一个不保护少数派的国家能建立起代议机构，处于多数派的人容易专横和武断，处于少数派的人则常常担心他们的利益和权利可能受到损害和歧视。”（11）因此，保护少数派的利益被真纳视为代议机构赖以建立的一项基本原则。然而，无论他怎样说服多数派能宽容地对待少数派，他的这一修正案还是被否决了。
    真纳的修正案被否决后，他虽然感到十分痛苦和失望，甚至感到就要“分道扬镳”了，但他仍未失去信心，而是继续致力于和解的工作。他建议召开圆桌会议，进一步寻找“各方都满意的解决办法”。而第二次圆桌会议失败后，他感到“一生中受到最沉重的打击”和“团结无望”了，于是退出政界，在伦敦定居。但他人虽在英国，心却在印度，时刻关注印度政局的发展。在穆盟领导人再三恳求下，他于1934年4月又返回印度，并再次寄希望于两派和解。直到1935年初国大党和穆盟团结谈判再次失败及1937年秋国大党在大选获胜后采取更加强硬的态度，才使他感到彻底的幻灭。