明治启蒙思想对战后日本现代化的深远历史影响，其次表现于它在历史上为战后日本资本主义现代化提供了思想理论准备。只要实事求是地追溯历史，考察现实，就可以不无惊讶地发现，战后日本现代化的发展轨迹，战后日本现代化的成功经验，竟与明治启蒙思想家们的许多基本主张有着一致之处。例如，教育立国的方针与“开发民智”的主张；科技立国的政策与注重科学技术的主张；主动学习、摄取西方先进文明的做法与“文明开化”的主张。值得注意的是，1946年11月3 日颂布的《日本国宪法》，作为战后日本实现资本主义现代化的重要政治保障，也在诸多方面体现了明治启蒙思想的基本精神。该宪法所确立的国民主权，国政与宗教分离，尊重国民有自由、平等、幸福等基本权利的许多原则、方针和政策，如果探寻其思想渊源的话，可以追溯到明治启蒙思想那里。在日本资本主义发展史上，是明治启蒙思想家最早明确提出了主权在民、政教分离、自由平等的资产阶级政治思想，以及谋求人生幸福的资产阶级功利主义道德观念。吉田茂曾不无道理地说道：“日本人对于主权属于天皇到主权属于国民这一根本的政治制度的改革，并未感到困惑。如果没有从明治时代开始到大正时代达到高潮的议会政治的经验，似乎无法想象人们会欢迎这种改革”。（22）而在明治时代，恰恰是明治启蒙思想家们在大力宣传“主权在民”的资产阶级政治思想。明治启蒙思想对战后日本现代化的思想理论准备作用，由此可窥一斑。可以说，在明治启蒙思想里面，就已经作出了日本实现资本主义现代化的历史性思想抉择，就已经粗略构画了战后日本资本主义现代化的思想蓝图。实际上，战后日本资本主义现代化行进的现实路程，遵循的恰恰是明治启蒙思想家所指明的历史轨道。
    然而，明治启蒙思想对日本现代化的深远影响，并非是线型单向的，而是表现为正负双向的价值层面。即是说，除了上述的正向价值层面外，还有其负向价值层面。从负向价值层面分析，明治启蒙思想对日本的现代化又有着消极的影响。
    例如，福泽谕吉的“文明史观”留有诸如民族沙文主义和利己主义之类的思想缺陷。尽管表现于这日本与亚洲邻国的关系方面，似乎同日本自身的现代化无关，但实际结果并非如此。以邻为壑的做法，必然会作茧自缚，这是相辅相成的道理。从民族沙文主义和社会达尔文主义的立场出发，福泽谕吉炮制了臭名昭著的“脱亚入欧”论。他认为，日本不能等待邻国的文明来共同复兴亚洲，而应当脱离其队伍，与西洋文明国共进退；对待邻国的方法也不可特别客气，必须以西洋人对待它们的样子加以处分。于是，他不仅肆无忌惮地从事干涉朝鲜内政的活动，而且竭力煽动所谓“援朝惩清”的舆论，把中日甲午战争称之为文明对野蛮的战争。当日本获得巨额赔款和侵吞台湾、澎湖列岛时，福泽谕吉竟欣喜若狂，老泪横流。因而，从实质上说，由福泽谕吉“文明史观”的思想缺陷所派生出的“脱亚入欧”论，只不过是想通过牺牲亚洲邻国的独立和文明，来换取日本的独立和文明而己。福泽谕吉的这一充满民族利己主义的“脱亚入欧”论，成了当时和后来日本发展的思想指导方针，驱使日本逐步误入了扩张侵略的军国主义歧途。
    又如，加藤弘之在其思想由积极进步转向反动保守之后，便站在与自由民权运动相对抗的国权主义立场上，建立了他的反动的社会达尔文主义国家观。他依据社会达尔文主义，主张国家对个人具有至高无上的权力，要求人们为明治专制主义国家的生存利益而努力，并认为优胜劣败、适者生存的原则也适用于国家之间的关系，只要是为了自己的利益和幸福，就是侵略别的国家，也没有什么道理可以加以非难。公然为日本军国主义的侵略扩张政策推波助澜。尽管这种思想是加藤弘之晚期思想变节后提出的，但在他早期启蒙思想中，就已经表现出“国赋人权”的局限。晚期的国家主义思想不过是他早期“国赋人权”的逻辑衍化而己。
    所以，如果说日本疯狂推行军国主义政策，大肆侵略亚洲邻国，结果遭到灭顶惨败，致使日本现代化中途夭折的话，那么福泽谕吉和加藤弘之也不可推卸地负有一定的思想责任。因为他们的“脱亚入欧”论和社会达尔文主义国家观，早就埋下了军国主义思想祸根。
    可见，日本明治启蒙思想具有正负两方面的价值意义，在日本现代化的历史进程中，既起到了积极的推动作用，又产生了消极的阻碍影响。但比较起来，还是瑕不掩瑜，功大于过。二战的惨败，终于使日本清醒过来，认识到军国主义是行不通的，是历史的死胡同。于是，日本明治启蒙思想的合理内涵和基本精神，重新得到了认同和肯定。日本开始摒弃穷兵黩武的军国主义，走上了全力发展国民经济的和平、民主道路。