显而易见，年鉴学派重视长时段历史，重视对那些“无以名之的智慧”的研究，实际上就是在强调历史上各种非理性因素的史学价值。当然，这种看法在逻辑上也就隐含了对史学界传统的理性主义思维方式的怀疑乃至否定：既然人们的一言一行、一举一动，无意中都受着传统的牵制，都是各种“无以名之的智慧”暗中操纵的结果，那么，对于启蒙时代以来关于人的“自由意志”（以及以此为基础的“理性思维”）能够反映客观事物本质这一流行信念，就应该打个大大的句号了。其实，20世纪包括年鉴学派在内的整个新史学潮流，作为对19世纪实证主义史学传统的反动，多少都还有这种非理性主义的倾向。布罗代尔就说过：“今日世界的百分之九十是由过去造成的，人们只是在一个极小的范围内摆动，还自以为是自由的、负责的。”（24）这种非理性主义倾向在福柯史学里似乎表现得尤为明显。在一次关于他的《词与物》一书的谈话中，他公然否认理性思维的意义，说：“我的书纯属‘虚构’。它是一本小说，但作者并不是我。”他这样解释道，的确有一个主体在书里说话，但那不是他自己的“我”，因为“作品并不源于作者的计划”，并不像萨特所想象的那样是自觉意图的产物，而是从无思想状态和不可思议状态中涌现出来的，它与作者之间存在一种“否定和破坏”的关系，故而他的写作只是一个接受和转达“永恒外界的涌流”的过程（25）。对于福柯史学的这种非理性主义性质，保尔·维纳曾作过一个形象的描绘。他说，在福柯眼里，全部思想史只不过是一支万花筒，筒内千变万化的图案是由一堆相互间没有联系的碎片随着筒身的偶然转动造成的，从一个图案到另一个图案的演进既不服从任何内在逻辑，也不依据任何理性的规范，更不表明任何较高的宗旨--也就是说，这里并不存在什么“进步”。因为最后一个图案“和先前的各个图案比较起来，既不显得更真，也不显得更假”（26）。
    福柯史学方法的第二个显著特征，是他在搜罗尽可能翔实的文献资料来支持自己的论点的同时，还十分注重运用各种各样的象征形象或意象，诉诸某种“虚构的”文体把自己的著作变成艺术品，以期通过调动读者的想象力来强化它的说服力--这一情况，我们不妨称之为“史实与想象共举”。
    这一特点在他的《癫狂与非理性》一书中表现得最为典型。福柯写这本书的目的，其实并不只是要替癫狂“正名”，而是要通过研究理性时代癫狂史这件个案，来为在现代社会深受理性排斥、束缚和压抑的一般的人类非理性状态鸣冤。福柯曾为此书作过广泛而严谨的资料准备，然而这部著作并未因此而成为枯燥乏味的资料堆砌。相反，该书却写得生动活泼、意趣横生，极富可读性。其原因，就在于作者以其非凡的文学功底，在密实的历史考据和抽象论述中，加入了大量形象思维的佐料。比如，为了说明癫狂在文艺复兴时期开始受到排斥这件事的高度象征意义，福柯借用了一些文艺作品中有关“愚人船”的艺术想象，并以史料中为数不多的几次有关当时欧洲城镇用船放逐疯子的记载为依据，加上一些稀奇古怪的联想，创造了这样一种“水上传奇”：癫狂作为一种非理性状态，在欧洲人眼里似乎和“水”有着某种天然联系，因为水是不稳定的、流动不居的东西，而“癫狂也是外在于稳固理性的一种液体的、流动的状态”，二者是同质的，因而疯子唯有在水上毫无成效地漂泊才能找到自己的真实性和安身之处，此其一；其二，水是一个“无边沿、捉摸不定的空间”，是一种“阴暗无序状态”和“动荡不休的混乱”，一旦到了船上进入水域，疯子就无从逃遁，只好听天由命，也可能一去不复返，成为典型的“过客”，浪迹天涯的“囚徒”，从而被有效地排斥在理性的世界之外。不过，事实上文艺复兴时期的疯子并未全都被流放到水上，而是往往被驱逐到城镇之外了事，他们还可以在“乡村旷野”自由自在地游逛，而“固体的大地”一般来说总是和理性联系在一起的，这又该作何解释呢？但想象力惊人的福柯在这里仍能“自圆其说”。他说，乡村旷野在中世纪本来就是禁锢麻风病人的不祥之所，继中世纪末麻风病绝迹后，那里又成了狂人的乐园，这本身就极具象征意义，它说明那广袤的乡间不仅是有别于城镇的非理性区域，而且还和“死亡”紧密相连，因而癫狂被逐向那里，说明它在文艺复兴时期人们的意象中既是非理性的象征，又和死亡（这同样也是应加以排斥的东西）密切相关--“要变成骷髅的头颅已经空虚，癫狂乃是死亡的显形”（27）。毋庸赘言，类似的象征性描述，其实已和文学虚构相去不远。
    福柯这种“史实与想象共举”的治史方法，在他的《监视与惩罚》一书中也有着典型的表现；那里有对历史文献的广博引证和精细分析，但也充斥着虚构的意象和明显的武断。按福柯自己的说法，他是一边“使用取自传统史学的研究方法：进行论证，提出史料证据，指出参考文献，诉诸经典性评注，解释观念和事实之间的关系，陈述解释方案，等等”，一边努力引入“虚构”，以免该书因过于讲究“事实”而显得枯燥无味。而且他似乎从来就不认为这样做有什么不合适。在他看来，“让虚构在真实中发挥作用，让虚构的论述产生真实的效果，以及让真实论述产生或‘捏造’某种尚不存在的东西（也就是说，‘虚构’之）是可能的。”不仅如此，他甚至认为这样做实际上极有必要。他曾直言不讳地宣称，《监视与惩罚》一书“虽然运用‘真实的’文献资料，但这种运用遵循的是这样一种方式，即通过那些文献资料，不仅有可能完成对‘真实’的某种证明，而且有可能引起某种体验，这种体验能够改变我们同我们自己和我们的文化领域（简言之，同我们的‘知识’）之间的关系”（28）。
    谈到“体验”，这就又牵涉到福柯治学的另一个独特之处，即在进行实证性理论研究的同时，他还始终如一地积极探索各种所谓的“极限体验”，或者说想方设法寻求对世界和人生真谛的“顿悟”，并将这种“顿悟”同实证研究有机结合起来。此可谓“理性与体验并糅”。
    如前所述，福柯曾这样断言：从20世纪涌现出的种种“与毒品、性、群居村以及其他各种意识形式和个性形式有关的体验”中，很有可能产生“未来社会的基本轮廓”；这些体验很可能会像19世纪的某些空想促成科学社会主义诞生那样，导致“一种真正的社会论”。这一言论充分说明了福柯对于“体验”的认识论价值的极端重视。其所以如此，大概是因为他觉得“体验”具有所谓“改变主体”（就是说改变人的认识方式、让人用非常规的方式思考）的神秘功能。福柯始终认为，一个人能否认识人生或历史的真谛，关键就在于他或她能否“用非常规的方式思考”。在他临终前出版的《性史》第二卷的序言里，他还坚信：“生活中常常有这样的时刻，这时绝对必须知道人们能否用非常规的方式来思考，能否用非常规的方式来观察，--如果人们打算继续观察和思考的话。”（29）而实现这一任务的途径，在福柯看来只能是“体验”，而且还是些能导致迷狂销魂状态的游戏，冒着牺牲生命的风险把自己的心智和肉体推向断裂点，突破意识与无意识、理性与非理性、快感与痛苦乃至生命与死亡之间的界限，才有可能做到“用非常规的方式思考”。
    也正因为如此，福柯对“极限体验”怀有一种终生不渝的迷恋之情。他的一生，事实上就是探索“极限体险”的一生。他不仅通过写作，认真探讨了癫狂、犯罪、同性恋、吸毒乃至自杀等等反常行为的认识论意义，而且经常有意识地去实践这一类行为，拿自己的肉躯和心灵去做试验，通过酗酒、吸毒特别是施虐受虐淫式的同性恋活动，甚至通过参与本世纪60年代末70年代初法国极左派的政治活动，通过参与示威群众和防暴警察的街头激战来感受临近精神崩溃、狂乱和死亡的种种“梦幻兴奋”，以期获得所谓的“顿悟”。他似乎也常常能够如愿以偿。比如他自己最欣赏的《监视与惩罚》（他说这是他的“第一本书”），很大程度上就出自他在1968年5月以来法国政治反文化浪潮中的“极限体验”，其中包含了很多他通过这些体验悟出的“道理”。而他“平生最重大的体验”，则是1975年春末他在加利福里亚的死亡谷的一次服用迷幻药LSD的尝试。据说由此产生的“顿悟”使他彻底改变了他关于性爱和性的问题的看法，从而彻底推翻了他的《性史》一书的已近乎完成了的写作计划。实际上，“极限体验”对于福柯的学术研究从来就具有某种基础的意义一一在他的生命的最后十年里，他曾一再告诉记者，他的全部工作都是他对于“体验”的迷恋，“都是以来自我的体验的某些元素为基础的”（30）。