文部省派服部来华，本来目的不是留学，而是鉴于中国的维新改革，原文部大臣外山正一和东京女子高等师范学校校长矢田部良吉等主张派人到中国帮助养成教育人才，推荐服部为候选人。此举既能培养中国的亲日倾向，缓和甲午战争以来的紧张关系，又可进而争夺控制中国的教育权。文部省接纳这一主张，但中日两国政府尚未就此正式交涉，因而以留学生名义派遣，目的却是指导中国的教育界。不过服部来华时正值戊戌政变后清政府趋于守旧排外之际，想通过结识达官名流以影响中国教育的尝试大都遭到回避或婉拒，允诺见面的只有袁昶一人，只好转而专门研究中国的民族性和一般国情。他后来转赴德国留学，1901年9月，因清政府重开新政，日本政府急电召其回国，接着应清政府招聘，赴北京出任京师大学堂师范馆正教习。（注：《续对支回顾录》下卷，第744-746页；《服部先生自叙》，《服部先生古稀记念论文集》，东京富山房1936年版，第13-16页。）狩野则于1901年再度来华，留学上海3年，住在日本人所开的旅馆，到在华外国人士有志于中国研究者组织的英国皇家亚洲协会北华分会（The North China Branch of theRoyal Asiatic Society）图书馆读书，并周游江南，与张之洞、罗振玉、沈曾植、郑孝胥、陈毅等人交往。（注：《狩野君山先生と支那の学人》，《狩野先生と中国文学》，《吉川幸次郎全集》第17卷，东京筑摩书房1974年版，第243、257页。）首次留学给他们印象最深的是中国民众激烈的排外情绪，甚至有人当面向他们显示不怕死的精神。但在使馆被围之前，服部、狩野等人还曾去琉璃厂的书肆访书。（注：狩野直喜：《清国谈》，《支那学文薮》，东京书房1973年版，第308页； 服部宇之吉：《北京笼城回顾录》，《北京笼城记他》，第201页。 ）这一后来被吉川幸次郎称之为“学问的留学生”通例的举动，表明他们毕竟不同于上节所述之日本留华学生。
    经过庚子事变的惨痛教训，中国朝野清楚地认识到普及新式教育的重要性。而日本则乘此机会，扩大对华交往和影响。1901年4 月颁行的《文部省外国留学生规程细则》规定，留学生学资分为三等，到欧美各国、清国、韩国分别为每年1800、1200和1000圆，另有支度费200、150和100圆。两年后又补充规定来华单程旅费为140圆。（注：《明治以降教育制度发达史》第4卷，第465、469页。 ）尽管一般倾向仍是留学欧美，但这一规定毕竟为有志于中国研究者提供了正式的机会。1906年，筹办已久的京都大学文科大学终因日俄战争的胜利解决了经费来源而成立，师资虽多来自东京大学，风格主张却不相同。由此形成的中国学派，与东京的东洋学相并立。以后随着日本政府的鼓励和教育的发展，大学增多，专门和高等学校水准提高，研究中国的专业人员日益增加，赴华留学成为专业化趋势。开始还是零星个别现象，学习语言则自请教师，钻研经史文学则投拜名师，有的四处周游，拜会学者，查访书刊，游览名胜，凭吊古迹。1907至1909年京都大学的桑原骘藏为研究东洋史，作为文部省留学生来华留学，东京大学的宇野哲人也以文部省留学生名义来华。1910年初松崎鹤雄到长沙拜叶德辉、王闿运为师，学习《说文》、《尚书》等典籍。同年底又有三位日本人前来拜王为师，其中毕业于日本善邻书院的小平总治欲治元史。王因自己完全不通蒙古语，告以宜访沈曾植和曾广钧。是年由文部省派遣的盐谷温从欧洲留学归来，按预订计划还须到中国留学，也前往长沙投入叶德辉门下，学习词曲，亲眼目睹了辛亥革命，1912年8月才归国。 （注：王闿运：《湘绮楼日记》，吴相湘主编：《中国史学丛书》之4，台北学生书局1964年版，第938、954、971页；盐谷温：《先师叶郋园先生追悼记》，《斯文》第9年第8号，1927年8月；《先学を语る：盐谷温博士》，《东方学》第72辑，1986年7月。）
    进入民国时期即日本的大正时代，日本朝野日益重视中国问题，各教育机构的中国研究显著增加。为了提高水准，推动研究，除文部省继续提供资助外，一些民间财团也出资设立奖学金，鼓励留学中国。如东京有岩崎奖学金，京都有怀德堂奖学金、上野育英会奖学金等。怀德堂的钱本来是给内藤湖南私人，仅5000圆，岩崎、上野则资金雄厚。上野为大阪实业家，出资10万圆在京都大学设立基金，规定由研究中国文史哲的教授协商，选派研究生赴华留学，原则上每次一人，为期两年，对京都大学的中国研究影响甚大。（注：《先学を语る：冈崎文夫博士》，《东方学》第70辑，1985年7月。 ）这一时期先后由文部省派遣来华留学的有1916年铃木虎雄，1921年藤冢邻，1922年羽田亨，1925年和田清、青木正儿。岩崎奖学金所派有1920年诸桥辙次，1921年竹田复（后转为文部省研究员）。由上野育英会所派有1919年冈崎文夫等。
    20年代后期到30年代，日本资助留华学生的机构又有所扩大。如帝国学士院的松方基金向留华学生开放，东亚考古学会也争得了专门基金。该会成立于1925年，由东西两京的考古学者合作组成，目的是与中国学者合作，进行考古发掘，同时在北京大学和东京、京都大学之间交换留学生。据说资金系由外务省提供。（注：《学问の思ぃ出：原田淑人博士を围んご》，《东方学》第25辑，1963年3 月：《先学を语る：滨田耕作博士》，《东方学》第67辑，1984年1月；《先学を语る：水野清一博士》，《东方学》第75辑，1988年1月。）此外， 日本用退还庚子赔款举办的“东方文化事业”，从1930年11月起补助在华日本留学生，分为三种，其中第三种为日本大学或专科学校毕业以及具有同等学历在中国大学研究所或专门学校进修研究者。（注：黄福庆：《近代日本在华文化及社会事业之研究》，台北中研院近代史所专刊（45），1982年版。）由帝国学士院松方基金资助者有1927年加藤常贤，由文部省派遣来华者有1928年仓石武四郎、冢本善隆、楠本正继，1929年大渊慧真、玉井是博、奥村伊九良、原富男、鸟山喜一。东亚考古学会从1928年开始，每年1人，依次为驹井和爱、水野清一、江上波夫、三上次男、田村实造。由上野育英会资助的有佐藤广治、吉川幸次郎（先为自费）、木村英一、小川环树、今西春秋等。由“东方文化事业”资助者人数较多，如1936年平冈武夫、1937年奥野信太郎。此外还有目加田诚、桂太郎等。不过，总体看来，文部省派遣留华学生的比例很小。据文部省年报，从1918年到1935年，派遣留学生最多的年份为1922年，达217 人，1919至1928年以及1931年，均超过100人。若以累计在外留学人员计算，1922年至1928年每年约350至450人，其中留学中国者最多为6人，一般仅三四人，后来更减少到1人，甚至出现空缺的年份。 （注：《日本帝国文部省年报》第50-62号（1922-1935年）。）
    与此同时，其他类型的留学生也继续派遣。1907年宇野哲人留学时，即与三井的留学生都筑、铃木、母袋等合宿。1923、1924年，日本大谷大学教授稻田圆成、东京大学教授木村泰贤、法相宗长佐伯定胤等相继来华，与太虚商议交换佛教留学生事宜。（注：释印顺编著：《太虚法师年谱》，北京宗教文化出版社1995年版，第86-87、96-97页。）1927年以前，北京是政治文化中心，各类留华学生汇聚于此。仅位于东城东四牌楼演乐胡同39号延英舍住宿的就达20人之多。北伐以后，国民政府定都南京，与政治军事关系密切的外务省和陆军留学生纷纷转移，延英舍住宿者下降到不足10人。但为学问而来的留学生人数反而有所增长，当时在北京东有延英舍的吉川幸次郎、水野清一、江上波夫、三上次男，北有六条胡同本愿寺的冢本善隆、大渊慧真，南有船板胡同日本旅馆一二三馆的加藤常贤、玉井是博、楠本正继，绒线胡同盛昱故宅的奥村伊九良，西有寄居孙人和家的仓石武四郎。（注：《水野清一君挽词》，《吉川幸次郎全集》第23卷，东京筑摩书房1976年版，第635-636页。）此后来华者更多，1930至1933年留华的法本义弘，即记述了原、森口、铃木、杉村、熊田、山野、福本、吉田、仓井等十几位留学生在北京的生活情形。这时东单牌楼附近有所谓“日本人村”，留学生还组织了大兴学会。（注：法本义弘：《滞支见闻控》、《北京留学生觉书》，《支那觉え书》，东京萤雪书院1943年版，第9-10、257-272页。）中日战争期间，日本仍有以留学生名义来华者，但性质已不同，无论主观意愿如何，都只能视为文化侵略的组成部分。