争论主要围绕着史学方法论问题展开的，因为正如一位历史学副博士М。戈里诺夫在一篇题为《1991年下半年的历史杂志》的综述文章中所说的：“我国的历史科学正经历着危机。它的原因首先在于历史研究的方法论危机。绝大部分职业历史学家都同意这一看法。分歧在于对方法论危机的性质和摆脱危机的途径有不同的认识。”而这种不同的认识首先涉及的是对马克思主义的态度。这在80年代末、90年代初已很明显。就以戈里诺夫上述文章中提到的1991年下半年而言，作者指出当时已有一些学者或直接或间接地认为“马克思主义已经过时”，也有一些作者则持相反意见。从我们接触到的苏联解体前的有关文章以及戈里诺夫的上述文章来看，在当时明确认为马克思主义已经过时并从理论上加以阐释的还只是个别的（注：参见А。Я。古列维奇：《论当代历史科学的危机》，载《历史问题》，1991年第2-3期。），更多的是在马克思主义个别原理或方法上（如社会形态方法）提出补充或新的解释，而这又与当时普遍反对过去把马克思主义教条化、公式化的弊病的态度紧密相关。
    80年代中期以后蓬勃发展的“历史热”提出了无数的“空白点”，这股热潮本身已对苏联史学及其指导思想马克思主义提出了极大的疑问。过去被掩盖的许多事实被揭发了出来，无数“禁区”被打破，人们的思想受到巨大的振动。在这种情况下，到80年代末，90年代初苏联史学家讨论对马克思主义的看法时，对过去长期以来马克思主义遭到严重的教条化、庸俗化、神化和各种各样的歪曲这一点基本上是达成共识的。但应看到，当时有不少职业历史家虽然强烈反对过去把马克思主义教条化和神化的做法，强调这种做法对苏联史学造成的严重危害，但并不简单地否定马克思主义。例如，莫吉利尼茨基认为，马克思主义并没有“不可救药地过时”，“必须要做的是彻底摒弃对马克思主义的教条主义态度，这种态度只会损害它的真正科学的意义”（注：莫吉利尼茨基：《历史认识和历史理论》，载《近现代史》1991年第1期，第3页。）。另有文章提出：“今天马克思主义并没有穷尽”（注：《论历史科学的倾向》，载《近现代史》1991年第5期，第64页。）。Н。и。斯摩棱斯基认为：“对历史科学理论问题的研究，不应该通过不加区分地否定过去所做的一切的方式来实现，而应该通过发展和丰富苏联历史学家理论思想中那些经受了生活的检验并已成为真正的科学财富的成果来实现。”（注：斯摩棱斯基：《论历史科学理论问题的研究状况》，载《近现代史》1990年第4期，第202页。）苏联科学院历史部当时的负责人科瓦利饮科院士也强调指出，要反对的是长期以来在苏联历史科学中占主宰地位的对马克思主义的绝对化和教条化，以及把马克思主义与世界社会科学思想史相脱离的倾向。他认为：“我们关于马克思主义的教条主义的、在许多方面是歪曲了的概念，绝不能加在马克思主义身上。马克思主义经典作家未必会同意我们关于马克思主义的那些概念，他们一定会说，他们不是马克思主义者，就像马克思当年在评价德国社会民主主义小组对马克思主义的理解时所说的那样。”（注：科瓦利钦科：《历史方法论若干问题》，载《近现代史》1991年第5期，第6-7页。）
    值得注意的是，虽然如上所述，在苏联解体前夕依然有不少苏联职业历史学家能够比较客观地对待马克思主义，肯定它的科学意义和对苏联史学的作用，但是不难看出，他们只是尽其所能地为马克思主义进行辩护，完全处于守势。这就明显地表明，自80年代中期苏联实行“改革”以来，特别是“历史热”掀起和发展以来，马克思主义在苏联史学中的指导地位正在迅速地丧失。随着史学队伍的分化，史学思想的多元化，在内外强大的历史下，过去大一统的苏联马克思主义史学已经分崩离析，奄奄一息了。
    “历史热”的强大压力，不仅促使历史学家们就马克思主义问题展开讨论，而且迫使他们必须对苏联历史作出新的理论上和概念上的解释。在这一方面，同样存在着大相径庭的不同看法。这里不可能对这个问题作出较为详细的分析。我们只准备简略介绍俄国学者А。и。洛戈诺夫对这个问题的看法（注：参见А。и。洛戈诺夫：《历史科学的危机或在社会危机条件下的科学：80年代下半-90年代上半的我国史学》，载《苏联史学》第460-472页。），由此可见一斑。洛戈诺夫认为，当时在这个问题上存在着三派，或三种理论。第一派以Ю。А。波利亚科夫院士为代表，他以“历史多维论”来解释苏联历史。波利亚科夫不同意80年代下半期在苏联史学界中同时存在的对苏联历史的两种解释：一是传统的解释，即回避许多事实和问题，所提供的只能是一部不真实的关于社会主义建设的历史；另一是新的解释，即认为斯大林及其亲信在1929年完成了反社会主义的政变，从而实现“兵营式的”或“军事封建式的”社会主义原则。波利亚科夫认为，前一种解释回避存在的问题，后一种解释不能说明存在的成绩；前者基于“人民万能”的神话，后者则制造“人民受难”的神话。波利亚科夫企图用“历史多维论”来重新解释。他指出，历史多维性表现在同时存在几种不同的历史潮流，它们有时不仅是矛盾的，而且是对立的。具体到苏联历史，他认为存在着四种潮流，即第一，从人民中间不断有人被提升到一切生活领域，社会的这种自觉活动创建了苏联制度的成就；第二，国家及其机构的极度强化，从而使官僚主义形成和得以加强，并促使个人迷信发展；第三，国家领导人的活动及其对人民生活和活动的巨大影响；第四，极大多数人民对社会主义理想的信仰，共产党对人民进行的信仰革命事业正义性的教育活动。他们特别强调“社会主义信仰”的作用。
    第二派提出的是“历史选择论”，这在当时比“历史多维论”更有影响。早在80年代中戈尔巴乔夫上台以前和初期，沃洛布耶夫于1984年，科瓦利钦科于1986年就已撰文从理论上阐述“历史选择性”问题。如果说这在当时还未造成多少社会影响的话，那么随着政治形势的变化，这个理论很快就在社会上获得好评，形成巨大反响。沃洛布耶夫于1987年专门出了书，莫吉利尼茨基于1989年就此写了理论文章。按照这种“历史选择论”，历史过程是一连串不同的选择，进行选择的主要是人民。正是他们的自觉活动和对正确选择的责任感起了重要的作用。然而由于各种原因，选择并不都是正确的，由此就出现了历史的曲折、倒退、歧路。具体到苏联历史，他们认为，1917年时人民在资本主义和社会主义之间选择了社会主义，20年代末-30年代初时则选择了用“跃进”的办法来克服国内的经济落后状态等。莫吉利尼茨基则认为，在20年代时，苏维埃国家面临着实现两种选择的可能：即粗陋的、专制的社会主义和人道的、民主的社会主义。为实现这两种可能的选择，都存在有客观条件和主观政治力量。这些政治力量对前者来说，是斯大林及其亲信；对后者来说，是列宁（在其死后主要是布哈林）及其在党内和国家内的支持者（注：参见莫吉利尼茨基：《苏联社会历史中的选择性》，载《历史问题》1989年第11期第4-5,7页。）。
    洛戈诺夫强调，上述两种理论（尤其第二种理论）之所以在当时有影响，并受到欢迎，是因为它们涉及的是80年代下半期社会上最敏感也最需要寻求解释的难题；而它们又都仍属于马克思主义的范畴，都是为社会主义制度辩护的。这样它们既可适应需要，又有一定新意，更重要的是又不根本违反禁忌，可为很多方面（包括官方）所接受。洛戈诺夫认为，波利亚诺夫的文章是用马克思列宁主义分析历史的范例，他仍用“政治错误”的帽子加在持“新观点”的反对者头上。而“历史选择论”的理论思想都是马克思列宁主义的，甚至是极正统的，只是强调的重点有所不同，即强调20世纪的俄国历史是人民群众自觉或自发选择的体现，然而不管历史如何曲折，都离不开通向社会主义的总的运动。洛戈诺夫认为，尽管上述两派（尤其第二派）在打破“禁区”方面做了许多工作，但随着更多的事实被披露和更多的史料被发掘，这些理论的局限性也就更形明显。且不说像有的学者指出的，即使抽象地说在苏联存在着与行政-命令式体制不同的另一种选择的可能，在实际上也绝无实现的可能（注：参见и。М。克利亚姆金：《是否存在过与行政式体制不同的选择？》，载《历史学家们在回答问题》第2辑，莫斯科1990年俄文版，第19-39页。），更重要的是，人们逐渐认识到：所谓不同的选择（如布哈林-李可夫和斯大林之间，赫鲁晓夫和勃列日涅夫之间）并无本质的区别。
    从洛戈诺夫上述分析中，我们可以看出，80年代下半期苏联史学在受到“历史热”的巨大压力下苦苦挣扎和应变的状况。当时除了在理论上仍有不少学者为马克思主义进行力所能及的辨护外，在对苏联历史的重新解释方面，不论是“历史多维论”还是“历史选择论”都仍在马克思主义的框框之内，都依然采取维护社会主义制度的立场。正像洛戈诺夫说的，前者的支持者们研究过去是为了保留和巩固过去的社会主义基础，后者的支持者们企图弄清和解释过去发生的社会主义变形是为了克服它们（注：参见《苏联史学》，第469页。）。
    洛戈诺夫接着指出，在当时的苏联史学界还存在着第三派。这一派可冠之曰“激进派”。按照洛戈诺夫的说法，这一派的主要代表即为阿法纳西耶夫。这一派的特点是内部缺乏统一性和完整性，因此很难像前两派那样用一种统一的理论来概括。阿法纳西耶夫当时主要倡导的是，必须“抛开”苏联历史科学的理论基础，实际上是彻底改造苏联史学，从历史过程理论、方法论和历史编纂学各个层面建立“新史学”。如果说这一派在史学理论和方法论的思考方面共同点还比较多的话，那么在对苏联历史的具体解释方面情况就不同了。不过总的来说，这一派对苏联历史的看法要比前两派“激进”得多，如不承认苏联历史中的“列宁阶段”和“斯大林阶段”有质的区别，认为苏联国家是极权类型的国家等。