此时，监察大臣Т·И·菲力波夫在确定建设监督新线路的方案时，可以大胆地将沙皇的意见当成挡箭牌。1899年9月30日，新铁路委员会认真研究了莫斯科-温道-雷宾斯克铁路公司建设彼得堡-德诺段的问题。联合衙门决定，在不触及私有铁路经营监督制度的前提下，监察部负责监督彼得堡-德诺段的建设。
    监察部在恢复本部门地位的斗争中，第一次取得胜利。
    (三)围绕监督建设工程的争论1901年2月27日和3月20日，联合衙门审查了交通大臣М·И·希尔科夫的呈文，呈文围绕允许梁赞-乌拉尔铁路发行政府担保债券以支付建设超支等内容展开。П·Л·罗普科支持М·И·希尔科夫的建议，但要求监察部直接监督公司的经营情况。他援引1884年6月13日的法律称，监察大臣有权向大臣委员会申请直接监督私有线路。
    财政大臣С·Ю·维特认为，监督私有线路经营周转的前提是监察大臣要提出相应方案，只采用针对梁赞-乌拉尔铁路公司的措施是不可行的。联合衙门最后决定，监督梁赞-乌拉尔铁路公司的建设工程；在使用国家担保资金建设新线路时，若财政大臣和交通大臣同意，监察大臣可提出将这一条款应用于其他私有铁路的申请。1901年4月8日，沙皇批准了决议。(52)监察大臣Т·И·菲力波夫力求在私有铁路公司建设的新线路上，最大限度地发挥职权。结果当然是几乎所有的建设工程都处于监察部的监督之下。监察部再次取得胜利。
    (四)围绕债券资金的争论从1906年起，国务会议经济司开始主持私有铁路的建设工作。(53)1907年11月22日，莫斯科-克莱茨堡、图库姆-温道和德诺-新索科利尼基线路建设费用超支，经济司遂开会研究增加莫斯科-温道-雷宾斯克铁路公司债券资金的问题。
    在讨论的过程中，经济司成员指出监察部的监督力度不够。而监察部副大臣А·И·尼古拉耶夫也告诉经济司司长Н·П·彼得罗夫，莫斯科-温道-雷宾斯克铁路公司的线路确实缺乏监督。国务会议经济司对监察部的支持，是监察部提高影响力的坚强后盾。
    (五)围绕总规则的争论1909年5月，监察大臣П·А·哈里托诺夫向财政大臣В·Н·科科夫佐夫和交通大臣С·В·鲁赫洛夫提出，必须制定面向使用国家担保金建设的铁路的总规则，监察大臣П·А·哈里托诺夫建议以北顿涅茨克铁路建设监督规则为基础，另两位大臣均表示同意。(54)1909年7月20日，新《规则》生效。但П·А·哈里托诺夫认为，与1889年起生效的《规则》相比，这些规则并没有任何新意。(55)同一年，《规则》被应用于叶伊斯克、赫尔巴-凯尔采、阿尔马维尔-图阿普谢铁路公司的工程和莫斯科-基辅-沃罗涅日铁路公司敖德萨-巴赫马奇线路。第二年，监督条款被列入特罗伊茨、波多利斯克、卡赫季和浩罕-纳曼干铁路公司的章程，以及伏尔加-布古利马和弗拉季高加索铁路公司的补充章程。(56)1910年，财政部和交通部同意将《规则》应用于莫斯科-喀山铁路公司柳别尔齐-艾尔扎马斯线路和斯维亚热斯克城附近横跨伏尔加河桥梁的建设上，但前提是《规则》中有关监察部有权监督建设工程经营问题的条款要被取消。(57)(六)围绕监察部权力范围的争论1909年11月26日，监察大臣П·Х·哈里托诺夫指出，1909年7月20日的《规则》与铁路公司章程是矛盾的，章程没有明确反映出监察部的权利和义务。他建议将监督新线路建设的条款列入法律草案。财政大臣В·Н·科科夫佐夫基本上同意监察大臣П·А·哈里托诺夫的建议，但反对监察部有权监督建设工程的经营管理这一提议。1910年6月15日，П·А·斯托雷平领导的大臣会议解决了这一问题。“大臣会议倾向于以1901年4月8日沙皇批准的私有铁路建设条件为基础，保留监察大臣、财政大臣和交通大臣共同做出决定的规定”。(58)实际上，政府拒绝扩大监察部的权力范围。但监察部得到了国家杜马的大力支持，杜马要求监察部监督改革。1910年11月20和23日，杜马预算委员会听取了监察大臣П·А·哈里托诺夫1911年支出预算报告。委员会认为，将监察部的政府经理人引入所有私有公司董事会很有必要。(59)1911年3月17日，国家杜马批准了预算委员会的决定。(60)1911年11月末，铁路报表司做了一个调查，考察1909年7月20日的《规则》在私有线路上的使用情况。绝大多数的被调查者都持否定态度，指出很多问题，如有些条款太模糊、条款过于限制公司的权力、监督和检查机关相互关系模糊、地方监督过分干涉技术问题等。然而，这些反馈意见对监察部几乎没有影响。
    (七)围绕跨部门私有铁路监督机关的争论早在1912年初，《关于政府监督私有铁路公司的经营周转情况条例》草案，就要求成立统一的跨部门私有铁路监督机关。机关拥有的权力和监察部一个司相当，可监督使用国家资金建设的所有线路。后来经过监察部、财政部和交通部首脑协商，监督机关有权检查与国家没有债务关系的公司的经营情况和建设报表。
    1912年3月16日，一些大铁路公司的董事会主席，向财政大臣В·Н·科科夫佐夫提交了有关《条例》草案的意见。他们提出：反对扩大报表检查委员会的监察权，将监察范围扩展到铁路行政管理部门的经营活动，与私有铁路业的基本原则相矛盾；实践证明政府经理人参加公司董事会并没有优势，所以新的公司章程不能再包含这一制度；在受监督部门干涉经营和技术活动的单位里，《规则》反而是成功的障碍物。
    迫于财政大臣В·Н·科科夫佐夫的压力，监察大臣П·А·哈里托诺夫终于妥协，在1913年秋天的新方案中做了让步。监察大臣П·А·哈里托诺夫提出的意见，得到财政大臣В·Н·科科夫佐夫和交通大臣С·В·鲁赫洛夫的批准。由此，直接经营监督的期限不能少于一年半；地方监督部门没有权力监督，而由П·А·哈里托诺夫领导的、财政部和交通部的代表参加的分委员会才有权力监督；分委会还有权检查铁路行政管理部门及其下属部门的事务。草案去除了监察部经理人加入公司董事会的条款，但监察大臣П·А·哈里托诺夫保住了其它条款。