但是，这使传教士有一个难题无法解决，即在华传教所需的资金问题。利玛窦等人传教经费是经澳门送出的，澳门的传教士先把资金存放于葡萄牙商人处，葡萄牙商人到广东进行贸易时，再将传教资金转交给从中国内地赶来的传教士。这样内地的传教士为了提取传教资金，不得不与澳门的葡萄牙商人定期接触。(18)于是，渐渐地传教士与澳门的关系引起了人们的怀疑，浙江籍的进士李日华(1565-1635)曾指出：“利乃香山澳主所遣以侦探中朝者。为近日有扫除香山澳之义故也。”(19)就是其中一例。
    耶稣会视察员范礼安的危机感越来越强，于是筹划了新的经费供给方法，北京、南京、南昌、韶州的传教士每处配给1000金锭，传教士利用这笔资金购置土地，通过土地生利的方式筹措传教经费。利玛窦对新方法的必要性作如下解释：“为了不必每年由澳门供给资金。寄钱相当费时费力，且有危险，更坏的是将引发中国人产生极大的疑惑。在中国人看来，我们在当地传教却由外国人提供生活援助是件值得怀疑的事情。这将予以我们重大的打击。”(20)关于利玛窦所说的“这将予以我们重大的打击”（原文为ciò che gli fa grande danno），“这”是指“侵略者疑惑”，接下来的动词“予”，在原文中记作“fa”，是动词“fare”的现在时表达，这里只能解释为普遍性。它表示中国人认为传教士是侵略者这一疑虑给予传教活动的重大打击，是一种无论是在过去、现在，还是未来都存在的普遍现象。这意味着什么呢？如前所述，利玛窦通过制作“山海舆地全图”，成功地消除了中国人的疑虑。然后又通过“适应政策”与士大夫建立了信任，顺利地开展了传教活动。但是，一度已经消除的疑惑，由于与澳门的关系，又再次引起了中国人的猜疑，“侵略者疑惑”成为经常纠缠传教士的问题。因此，范礼安试图通过使传教士在经济上自立的方法来切断传教士与澳门的关系，从而解决这一难题。但是，他所筹划的经费供给方法，由于他的死去而未能实行。(21)传教士从澳门接受经费供给的老方法仍然延续下来。
    三、“侵略者疑惑”与南京教案
    1616年，利玛窦去世6年后，在南京发生了以南京礼部侍郎沈等人趁传教士王丰肃(1566-1640)建造天主教堂之时，对天主教徒进行镇压的事件，即南京教案。教案始于万历四十四年五月沈上《参远夷疏》，终于12月28日万历帝下诏驱逐传教士。教案造成了传教士在华传教活动的中断。(22)
    以往关于南京教案的研究中，有学者从文化摩擦的视角指出这是佛教对势力日益扩大的天主教的攻击，也有学者认为是朝廷内部的政治斗争。(23)笔者试从教案与传教资金的关系来考察传教士是侵略者观念形成的问题。
    沈曾连续三次上章弹劾王丰肃，1616年5月上《参远夷疏》，8月上《再参远夷疏》，12月上《参远夷三疏》。沈在《参远夷疏》中直接提出了王丰肃从何处接受资金的疑问，“要见，彼狡夷者，从何年潜入，见今两京各省有几处屯聚？既称去中国八万里，其赀财源源而来，是何人为之津送？”(24)对此，王丰肃等传教士和中国信徒在遭到南京礼部、南京都察院逮捕、审讯时回答说：“王丰肃一切费用，俱自香山澳送来。其银自西洋国送入澳中，澳中商人转送罗儒望，罗儒望转送到此，岁岁不绝。”(25)罗儒望是耶稣会传教士，1616年在南昌从事传教活动。(26)从以上史料来看，似是罗儒望赴广东从澳门的葡萄牙商人处取得传教资金，再转送给南京的王丰肃。值得注意的是，这里明确指出了传教士的资金来源于香山澳（澳门）。沈据此进一步尖锐地逼问传教士与葡萄牙商人的关系。他在《参远夷三疏》中说：“臣近又细询闽海士民，识彼原籍者云，的系佛狼（郎）机人。其王丰肃，原名巴里狼当，先年同其党类诈称行天主教，欺吕宋国王，而夺其地，改号大西洋。然则闽粤相近一狡夷尔。有何八万里之遥。臣虽未敢即以此说为据，然而伏戎于莽，为患叵测”。(27)这里，沈指出了王丰肃是佛郎机，(28)含有两点重大意义：其一，由于佛郎机曾侵略过吕宋岛，如果王丰肃是佛郎机人，其在华活动的目的显然是要侵略中国。由于中国人对葡萄牙人与西班牙人不加区分地统称为佛郎机，因此，尽管侵略吕宋岛的是西班牙人，与王丰肃毫无关系，但两者还是被牵扯到一起。这样，传教士直接受到了中国人的怀疑。其二，佛郎机是以吕宋岛为据点，如果王丰肃是佛郎机，其国为吕宋岛，与中国距离较近。这样，自利玛窦以来传教士们所主张的其国离华有“八万里”之遥，就完全成了没有根据的谎言，自然会被认为旨在隐蔽侵略意图。
    需要注意的是，沈是在假设福建沿海居民的证词符合事实的情况下，推断王丰肃是佛郎机，可能是侵略者，但并未明确指出王丰肃是侵略者。然而这一暗示显然影响了明政府，1616年12月，万历帝下诏驱逐传教士，“王丰肃等，立教惑众，蓄谋叵测。可递送广东抚按，督令西归”。(29)
    传教士们立即做出了反应。在明廷从事历书修订的庞迪我(1571-1618)等人，上疏请求恩赦：“西洋国陪臣庞迪我等奏，臣与先臣利玛窦等十余人涉海九万里，观光上国，叨食大官一十七载。近见南北参奏要行驱逐。念臣等焚修学道，尊奉天主。宁有邪谋甘堕恶业。乞圣明怜察。侯风便归国，若寄居海屿，愈滋猜疑。并南京等处诸陪臣一体宽假，以全天朝豢养之恩。”(30)此处的“海屿”是指澳门。(31)由于澳门是葡萄牙人（佛郎机）的居留地，如果遵诏回到澳门，传教士是佛郎机人的嫌疑就会越来越大。因此，传教士们对被驱逐到澳门的命令进行了抵制。但是，明朝政府并未接受庞迪我等人的请求，还是将传教士们驱逐到澳门。至此，中国人对传教士的疑虑再也无法消除了。