同年8月21日，印度政府就中国出版的《人民画报》刊登新藏公路通车消息一事向中国驻印大使馆提出抗议。同年10月，印度军队的一支15人的巡逻队在驮运给养的骡马伴随下，通过克什米尔东北部荒无人迹的高山地区，第一次进入阿克赛钦地区进行侦察，当即被中国边防人员扣留, 随后又被解送出境。同年10月印度政府又就中国修筑的新藏公路“通过了印度国土”和巡逻队被扣的问题，无理地向中国提出抗议，当即被中国政府拒绝。中印边界西段的领土争执，就此成为两国领土争端的一个焦点。
     1959年3月西藏上层反动分子公开发动全面武装叛乱，印度领导人当即在公开场合一再表示“同情”叛乱分子。印度国内也掀起一股反华逆流。4月间达赖出逃印度，印度官方竟以高规格接纳，尼赫鲁并接见了达赖，后来甚至允许其在印度的达兰萨拉成立了所谓“西藏流亡政府”。中国政府在忍无可忍的情况下，对此理所当然地做出了反应。从1959年4月起，《人民日报》上曾登载了一系列文章，公开对印度的反华言论进行了批驳。但是从当时中国的外交政策和整个战略需要出发，中国政府对印方的不友好行为仍采取了十分克制的态度。当时美国是中国最主要的对手，并在朝鲜半岛、台湾海峡和印度支那三个方向对中国形成“三管齐下”的战略威胁。中国的战略重点一直在东部，并不想在西部分散注意力。
     解放军平息西藏叛乱并追击向印度逃窜的叛乱武装时，开始接近“麦克马洪线”。为了避免中印军队发生冲突，中共中央曾要求部队不得越过也不要太靠近“麦线”。 当印度利用西藏问题在国内掀起反华浪潮后，毛泽东于同年５月间亲自修改了以中国驻印大使的名义向印度外交部的书面谈话，开诚布公地说明：“中国的主要注意力和斗争方向是在东方，而不在印度”。“中国不会这样蠢，东方树敌于美国，西方又树敌于印度”，“我们不能有两个重点，我们不能把友人当敌人，这是我们的国策。”（《毛泽东外交文选》，中央文献出版社、世界知识出版社1994年版，第376页。）当时中国领导人考虑到国家战略重点在东方，对中印边界问题准备以互谅互让的方式解决，或以维持现状的方式先行搁置。印度政府却派军队在边界线上向北推进，接应叛乱分子外逃并控制边境的要点。