第二，明清契约文书对于探索中国古代基层社会实态具有重要价值。
    中国古代传世的典籍文献记载，多重政治，轻经济；重典章制度，轻社会实态；重纲常伦理，轻社会生活；重王室精英，轻平民百姓。总之，多偏重于上层社会，其叙述不厌其烦；而轻视下层社会，其记载颇为简略。明清契约文书所提供的资料，则可在很大程度上弥补这方面的不足。如果说明清内阁大库档案属官府档案，那么明清契约文书则是民间档案，记录的是基层社会情况。这也是明清契约文书的一个特色。明清契约文书之中，有关于基层社会结构的里甲文书和土地关系文书，有记录宗族社会的各种宗族文书，有反映基层法制运作的法律文书，有体现会社组织的会社文书，还有乡规民约以及反映百姓生活实态的其他各种文书。总之，明清契约文书保存了一大批典籍文献根本没有记载的、有关基层社会的原始档案资料。其对中国古代基层社会的研究无疑具有重要价值。
    第三，明清契约文书的发现促进了新学问的诞生。
    早在20世纪初，国学大师王国维在概括了甲骨文、汉晋简牍、敦煌文书、明清内阁大库档案这几大发现之后，就提出了“古来新学问起，大都由于新发见”的著名论断。这个论断是对中国几千年学术发展史的一个总结。20世纪的学术发展历程证明了王氏的论断是科学的。其后，对甲骨文、汉晋简牍、敦煌文书、明清内阁大库档案的研究一直长盛不衰，都各自形成了一门新学问，即甲骨学、简帛学、敦煌学、明清档案学，有的还成了世界性显学。而明清契约文书的发现，也促进了新学问的诞生。其代表性的例子即是，随着徽州文书的大量发现和研究的展开，一门新的学问--徽学诞生了。徽学已是21世纪新兴的显学。徽学是以徽州文书档案、徽州典籍文献、徽州文物遗存为基本资料，以徽州历史文化为研究对象，进而探索中国传统文化的一门综合性学科。当然，作为徽学研究的基本资料，除了文书档案以外，还有典籍文献和文物遗存。但很明显，徽州文书档案乃是徽州历史文献中最具特色的一个部分。它在徽学形成与发展的过程中，作出了不可替代的重大贡献，有目共睹。应该说，徽学与甲骨学、简帛学、敦煌学、明清档案学一样，都是20世纪以来以重大发现及重要遗存为基础而形成的一门新学问。此外，随着明清契约文书研究的深入，诸如明清契约文书学等新的学问亦将兴起，当在预期之中。
    关于明清契约文书的研究价值还可举出很多。
    契约文书之所以有如此重大的研究价值，主要是由其本身性质所决定的。文书档案乃是官府或民间在各种社会活动中直接产生的原始文字资料，具有原始性、惟一性及文物性质。因此，文书档案本系一手资料，实为科学研究立论的首要依据。而一般文献记载，即使是当时人的著述，也多是经过人为加工的东西，实为二手资料。从科学研究来说，无疑前者价值更高。所以王国维先生说；“中国纸上之学问赖于地下之学问。”这是一个科学的论断。由于文书档案属于原始资料，实例个案居多，而常常成为研究的基础和出发点。那些理论上的宏观概括、研究中的真知灼见和新发现，多源于对具体实例或个案的考察分析之中。如同甲骨文、简牍帛书、敦煌文书、明清内阁大库档案对说明其同时期的中国历史文化都有重大价值一样，明清契约文书在阐释整个明清时期历史文化方面亦有特殊的重要价值，我们应努力将它发掘出来，而不能埋没它。
    当然，契约文书也有其局限性。遗存至今的文书档案即使数量庞大，也只是当时实际存在文书之冰山一角。时至今日，由于数量的限制，很多文书档案虽然真实可信、具体入微，但却难以反映该事物历史发展的背景与全貌，只宜进行微观剖析，难以作出宏观概括。而文献记载则多具宏观性、概括性。文书档案与文献记载相比，实则各有优长，具有互补性。在实际研究中，必须两条腿走路，走文书档案与文献记载相结合之路。
    毋庸讳言的是，由于宋代以后的传世典籍极其丰富，学者仅利用典籍文献方面的资料也能写文章、做学问，因而传统国学以文献证文献的研究方法至今仍有很大市场。然而，如果我们从真正的科学研究需要来看，从学术发展新潮流的视角审视，对明清契约文书的重大研究价值是绝不可忽视的。时至今日，研究者必须从传统国学以文献证文献的圈子里走出来。对明清契约文书的开发与利用，无疑是合乎20世纪以来学术发展先进潮流之举。明清契约文书利用与研究的发展，将大大突破传统国学以文献证文献的局限，开辟中国史特别是明清史研究的新局面。