学术界对于司马迁思想的研究，的确作了许多深入的工作，然而就一些评价来看，尚有失公允，有的甚至不顾客观实际，人为地抬高其思想中的人民性因素，并把司马迁思想作为思想史发展历程中的“异端”。有鉴于此，本文力图从当时的学术环境和特定的历史条件，对司马迁思想的复杂状态特别是矛盾的一面作一探析，以期恢复司马迁思想的本来面目，以就教于方家。
    一、司马迁思想的现实取向和思想文化的多元渗入
    汉在农民起义的基础上，从暴秦手中夺取了政权，建立起王道一统的大帝国。秦首尾仅十五年，这种教训无疑给汉初统治者以莫大警策。出于长治久安的需要，一方面统治者自身进行着治国策略的探索，另一方面则要求当时的学术文化界在总结秦亡教训的基础上进行冷静的理论思考，给一统大局面作出哲学的和历史的解释。这是时代的迫切要求。于是整齐学术，构建属于汉帝国特征的思想意识，便成为时代潮流。贾谊、刘安、董仲舒都是这样，司马迁之父司马谈的《论六家要旨》在总结六家学说的同时对道家情有独钟，实际上也体现出为汉初黄老之术寻求哲学根据的思想倾向。不难看出，这是一个在学术上需要作出全面清理总结，进而在思想意识上发掘出现实依据的时代。这种学术氛围对促成《史记》的创作无疑是一个动力。
    司马迁“发愤著书”虽有“自伤”的因素，但却更有着整理学术文化，为新生的汉统治者寻求天人依据的促动力。一方面，要从总结过去的思想材料中为统治者提供历史成败得失的考察，但其结论却大都不能为统治者所接受，难免是非“颇谬于圣人”；另一方面，又要“明乎得失之迹，存王道之正”，从天人关系的探索中使汉统治合理化，这又难免使历史的总结囿于“力诵圣德”，去极力颂扬汉家一统声威和中央集权。清醒的认识和客观的论断常被包裹在整个学术思想的现实取向之中，这就使司马迁的思想显得极为复杂和矛盾。我们在研究司马迁时，必须把握住思想意识的这一特点。
    对于汉武帝，司马迁在《史记》中流露出一种复杂而微妙的思想。论者多认为司马迁被处宫刑后发愤著书，增强了作品的批判性，这是合理的，但认为《史记》是对汉武帝的谤书，却又失之偏颇。事实上，司马迁对汉武帝的态度是矛盾的。一方面，他对汉武帝的某些作法多有贬抑，对武帝在强盛中潜伏的危机深感忧虑；另一方面，汉武帝作为汉家天子、中央集权的代表，他又尊崇、颂扬。历史的冷静思考与独尊意识相媾合，而忠君尊王又是其思想的主导。于是，在整个作品中表达出许多为统治者可资借鉴的思想：对治国之君要求正身、洁行、尚贤、为政以德，并从广泛的历史事例中提出了统治者怎样戒骄、戒奢、戒淫、戒残暴等，认识到这是“一人有庆、天下赖之”（《建元以来王子侯者年表》）；对一般人则要求尚义、崇让、禁贪等。这些都有一定的积极因素。
    然而先秦思想的渗入是多元的，司马迁的取舍也是复杂的。
    汉朝治国在指导思想上经历了一个由推崇黄老到独尊儒术的过程，司马迁在《史记》中表现出似乎既崇道又宗儒的思想倾向，与此有很大关系。我们要将其硬性归入某一家是不恰当的。
    在汉初，医治战争创伤成为政治家和思想家思考的核心。在黎民刚刚得离战争之苦，君臣俱欲休息于无为的现实面前，很自然地便倾向于“逆取而顺守之，文武并用”（《郦生陆贾列传》）的长久之术。于是道家思想中的取法自然、无为而无不为便成为休养生息的理论指导。曹参、陈平、窦太后等大力提倡，文景时便大为风行。司马迁的思想与此有着一致性。在《史记》中，他把道家极力追求的主体认识与客体合一，具体化为合自然、顺民心、不矜功强力的政治观。然而这时的黄老之学已不是纯粹的道家之学，它已失去了先秦道家的思辨性，且融合了方术、八卦、阴阳学说等思想因素，具有很强的实用性。黄老之学用于治国，便出现了诸多复杂因素。统治者一方面治理国家，“专务以德化民”（《孝文本纪》），同时又去寻仙访道，敬祀鬼神，寻求长生不老之术。这种心态与现实又那么不协调，因而在《史记》里，否定的态度是鲜明的。《史记》对黄老之学及休养生息所带来的天下殷富，给予了充分的肯定，对封禅、符瑞等又尽宣其意，从《高祖本纪》到《今上本纪》，莫不如此。透过这些复杂矛盾，可以看出司马迁是用道家的哲学方法去考察历史、思考现实，力图寻找历史发展的哲学根据。但是，这种哲学方法自身的思辨性、神秘性、包融性，使得论证或结论都不可能单一；加之现实思想的融合趋势，于是在《史记》中出现了大量阴阳五行、天命迷信等极为混杂的思想。