董仲舒对阴阳五行进行了改造，完成了“天”的意志的理论构建，把皇权和儒家伦常与神权融合在一起，形成“天人感应”学说，以此论证“王者配天”。司马迁明显地受到了这一思想的影响，在很多地方几乎是对董仲舒学说的继承。“三王之道若循环，终而复始”，“故汉兴，承敞易变，使人不倦，得天统矣”（《高祖本纪》）。这同董仲舒的三统论如出一辙，结论也是共同的，即汉王朝是“受命于天”。在董仲舒的宇宙图式中有一个“天次之序”，“五行之随，各如其序。五行之官，各致其能”（《春秋繁露·五行之义》）。天是通过“天次之序”来表明其意志，通过五行次序显示其功能，这样一个自然反馈系统便构成了人们必须严格遵守的宇宙秩序，否则天就出现灾祸变异。司马迁同样有着一个极为类似的宇宙秩序：“天则有日月，地则有阴阳，天有五星，地有五行。”（《天官书》）这一秩序如遭破坏，宇宙系统中便以某种征兆显示天的意志，“汉之兴，五星聚于东井。平城之围，月晕参，毕七重。诸吕作乱，日蚀，昼晦。吴楚七国叛逆，彗星数丈，天狗过梁野；及兵起，遂伏尸流血其下……由是观之，未有不先形见而应随之者也。”（《天官书》）只有“天人之际续备”，事物才能正常发展，这与董仲舒强调的“天人之符”是一样的。在司马迁看来，天还会以某种星辰运行的征兆先示以谴告，给人们提出遵守宇宙秩序的具体要求。金星出现在南方，便谷熟年丰，金木两星相犯，便野有破军，火星、水星相合，便不能强力用兵。人事的一切都是天意安排，并以特定的征兆给予暗示，只要顺从天意就一切太平。这与董仲舒“天意之仁而不欲陷人也”一样，显示出天道的公正，并想以此来匡正人君，附会自己的仁政思想。这种藉天人感应的天命观来论证社会历史是非科学的，这样，对历史的兴亡成败就难以找到正确答案。这也是司马迁思想的症结所在。
    通过上面的分析，我们可以这样说，司马迁的天道观与先秦以来的天人观念有着一脉相承的联系，而董仲舒的“天人感应”的核心理论成为官方哲学后，则对后来者有着重要的思想规范，因而司马迁的思想同董仲舒的思想并不是毫无联系，乃至互相对立的。
    求实、务真成为汉初的理论主干，贾谊、刘向、司马迁等都在不同程度上阐述了这一思想。在这种思想的指导下，司马迁等人对当时社会进行了有限的批判。但官方意识形态的导向又使他们的认识难以实现真正的飞跃。
    秦汉时期作为中国文化的定型期，思想文化是多元的，思想家的取舍也是艰难的，在构建自身的思想体系时难免出现矛盾。司马迁的思想作为这一历史时期的产物，其复杂性、多重性乃是必然的。我们不能独立于定型文化期的思想文化之外，去人为地加以拔高。