随着汉王朝的全盛，国家法治亦日渐突出。司马迁对严刑峻法、奸轨弄法给予了批判，主张“奉法循理”，同时也肯定了法制的社会作用：“法令所以导民也，刑罚所以禁奸也”教笞不可废于家，刑罚不可捐于国，诛伐不可偃于天下。”（《律书》）这些认识确实有一定的进步性。然而，司马迁在实质上对法家思想却没有多大的超越，即使“法者天子所与天下公共也”（《张释之冯唐列传》），也与韩非主张的“法不阿贵，绳不挠曲”是一样的。
    法家思想以其强劲的措施，带着对农奴制经济彻底否定的姿态出现，对于确立封建地主经济和集权领导起到了重要作用，然而专一主张发展地主经济而对工商采取全面压抑扼杀的固本思想，却对中国社会的发展产生了很大的负作用。重农抑商，强本抑末几乎成为战国以来历朝的正统思想，使得中国封建社会几千年来都难以走出自然经济的圈子。汉初贾谊主张：“驱民而归之农，皆著于本，使天下各食其力，末技游食之民转而缘南亩”。晁错更为突出：“贵五谷而贱金玉。”（《汉书·食货志》）文景以后，江南一带的冶铁、煮盐等工商业成为国家经济的一个重要来源，产品的生产和交换显示出重要的社会价值。司马迁对此是有所认识的。他指出，农、工、商、虞“此四者民所衣食之原也”，肯定工商、货币的社会作用和人们好货好利的欲望，“富商大贾周流天下，交易之物莫不通，得其所欲”，（《货殖列传》），“维币之行，以通农商”表现了强调节用，既重本、也主张发展工商的思想倾向，与贾谊、晁错等有一定区别。但司马迁对传统的本末思想并没有实质性突破，仍然主张“本富为上，末富次之”，“以末致财，以本守之”（同上）。这与法家强调的封建自然经济的思想是一致的，突出的仍是封建地主制的经济基础，维护的仍是集权统治。《史记》叙述了大量商贾屯积居奇，不择手段追求财富，给社会带来危害；有的利用手中钱财，结通官府，武断于乡曲；更有甚者，依仗钱财，独霸一方，形成与中央抗衡的政治势力。这些虽有一定的批判性，但突出的却是对工商、货币财物的节制。《史记》中特地写作的《平准书》，也明显地有这种内在的思想根源。对于商品经济的二重性，历史的司马迁不可能有全面的认识，他只是关注到了商品经济发展初始阶段的社会现象，害怕人们的致富欲望对社会产生危害，于是要求对人们的欲念和追求财富的手段加以节制。节制的方式便是法制与儒家礼乐相联结的“养”的措施。先秦儒学的礼乐观念指望通过调适达到人与人之间的和谐，道德伦理规范通过礼乐的教化让人们自觉遵守，人与人之间便“和”而无争。司马迁把这种方式作为一种泄导人情，治理国家的措施，“礼则养国”，希望通过“养”，让人们的欲念朝着有利于封建统治方面发展。但是，当人“欲而不得则不能无忿，忿而无度则争，争则乱”时，单靠伦理道德去调适已远远不行了，就得用强制性措施去节制，就需“以财物为用，以贵贱为文，以多少为异，以隆杀为要”（《礼书》）。在《律书》中则更明确为“王者制事立法，物度轨则”。礼和刑在目的上是一致的，礼刑相辅，以此限制人的行为。可见，司马迁的节用思想在一定程度上也对商品经济给予了限制，甚至有否定的因素。中国封建社会一直以农耕为主，自然经济长期占统治地位，“民以食为天”。重农抑商，强本抑末，强本节用的思想是由当时社会的经济条件决定的。思想上要有突破性的发展，有赖于社会经济基础的大演变，司马迁个人是做不到的，他的思想也不可能超前。
    随着地域分割的结束，学术思想由先秦相互诘难转而出现了空前的融合与调适，促成人们共同文化心态的形成，这便出现了以儒学为主包融其它各派的独尊思想。当时的思想家们进行着艰难的取舍。他们在整理学术文化时，面对的是众多的思想材料，在构建自身的思想体系时，呈现多元的取向，造成了这一时期学术文化既杂揉又派生、既融合又矛盾的复杂状态。这种状态与先秦诸子思想的哲学基点多不相同是一致的。作为历史学家的司马迁，既处于这种学术思潮中，又把对历史的考察付诸于务实治世的现实功利，于是便面临着这样一种困境：一方面要对哲学基点不同的先秦思想材料进行取舍，另一方面又力图构建起属于自己的思想体系，成一家之言：一方面要对历史进行冷静的思索，得出较为客观的结论，另一方面又不得不把这种客观的认识附会成统治阶级的哲学的或历史的依据。
    可见，我们要很好地认识司马迁思想的复杂与矛盾，不能脱离当时的历史境况和思想潮流，而应将其放入该时代特定的文化背景中去把握。