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    但是，《史记》中还有一些怀疑神怪和天命的记载。
    武王伐纣前，曾问卜鬼神，卜象不吉，又刮起了风，下起了雨。武王听从姜太公的劝告，毅然出师，结果一举告捷，打败了商的军队，灭掉了商。
    司马迁认为蒙恬被杀，是他轻百姓之力，阿意兴功的结果，和地脉无关。司马迁还批评项羽专事攻伐，违背盟约，崇尚暴力失去民心造成失败，不能归罪于天。《伯夷列传》中，司马迁说得更加直接了当，颜回品学兼优，却穷得连糟糠也吃不饱，年纪轻轻就离开了人世，伯夷叔齐道德高尚，竟饿死首阳山上，横行不法的强盗却享尽天年，“偿所谓天道，是邪？非邪？”
    可见，司马迁《史记》中，一方面相信神灵，一方面又怀疑天道；一方面认为命由天定，另一方面又说能者可以富至巨万，与王者同乐。很明显，他对自然，对社会，对人生的看法，充满着矛盾。司马迁解释历史和自然，有时候把它放在唯心主义基础上，有时候又把唯物主义作为出发点，他的思想呈现出十分复杂的状态。司马迁用唯物的态度解释天体运行。他正确地指出了日月星辰的位置及其运行路线，在他主持下制订的《太初历》，基本上改正了周秦以来《颛顼历》长期积累起来的差误，避免了“朔晦月见，弥望满亏”的缺点，成为我们两千年来一直沿用的夏历的基础。然而司马迁在解释历史现象时，却承认上帝，在一系列问题上，倒向唯心主义。
    我们知道，董仲舒用阴阳五行解释孔子的学说，把天人感应系统化、理论化，因为统治者提倡，又使它法律化，成了社会的统治思想。司马迁生在这样一种社会氛围中，又从小师事董仲舒，天人感应自然会在他心里打下深深的印记。
    心理学家卡尔·荣格认为，每个人都是人类亿万斯年历史的继承者，本民族亿万年的思想、习惯、经历凝聚在一个人的潜意识中，构成一种心理能量，他称之为“种族记忆”④。我们可以把这种种族记忆看作是现存文化、礼仪、习俗的根源。我们的祖先从远古时候起，就形成对天的崇拜，对神灵的信仰，使汉民族产生了巫觋文化，使上古习俗中充满了迷信色彩。这种习俗发展到汉代，由于天人感应学说的创立而更加兴盛。如果说教育是用灌输的方法强制司马迁接受天人感应影响的话，那么，社会习俗则是用潜移默化的方式引导他相信鬼神。
    按照董仲舒的说法，万物统一于五行，五行统一于阴阳，阴阳统一于天，天是人类和自然的创造者。天创造了人，就是为了体现它的意志，人违反了天的意志，天就要生出各种灾异以示谴责。人只要顺应了天意，就可以免除灾难。《史记》记载了那么多神怪灾异的事例，如果我们坚持唯物，就不能避而不谈，更不能简单地否定它。其实，《史记》中的神怪气氛正是董仲舒天人感应观念的反应。人既然是上天创造出来体现自己意志的，对那些违背天意的人，如果是帝王将相，通过地震山崩等大的自然现象示警惩罚，如果是一般百姓，只有让顺从天意的人代天行事。这里也是天人合一的。好人行正道符合天意，坏人行邪道陷害好人，反过来，让好人消灭坏人，既报了仇，又体现了天意。由此可见，《史记》中流露的因果报应和天人感应是一致的。
    因此，殷周以来汉民族迷信风俗的影响，汉代统治思想的影响，无孔不入的传统习惯的影响，严格的正统教育，都争相在司马迁的思想上寻找结合点，最后形成一股强大的合力，牵引着司马迁，使他无论如何也摆脱不掉天命思想的强大影响。这种思想一旦在他的头脑中形成，就会积淀到他的潜意识中，形成一种心理定势，不知不觉地流露到他的创作中。这就是《史记》中神怪描写产生的根源。
    另一方面，司马迁是位严谨的史学家，为了写一部《春秋》那样的信史，他走遍半个中国，实地考察古迹和传说。对年代久远的上古神话，司马迁持怀疑态度，加上受孔子不言乱力怪神思想影响，不仅删掉了上古的许多神话，也砍去了《左传》等史书中的神怪部分，因而使《史记》更接历史的本来面目。司马迁具有史官的真正品格，不为尊者讳，不为当权者屈，事情是怎样发生的，他就怎样写。他敢于在《武帝本纪》里秉笔直书“今上”的恶行，就是一个例证。本着这种实录精神，司马迁记载了龟策不灵一类的事情。
    在我国的科学史上，天文、医学等学科很早就发达起来。到了汉代，科学有了新的发展。作为一个知识渊博的学者，司马迁学贯古今，对于当时科学的发展，他了如指掌，他运用这些知识，不断地认识自然和历史，发现问题，探索奥秘。《史记》中表现出来的唯物观点和这种情况密切相关。
    李陵之祸是司马迁生命旅途的转折点。在蒙受屈辱的过程中，他原有的一些信念发生了动摇，他对儒家的教条，对汉朝的最高统治者，对社会，对人生，都进行认真的思考。他从自己的不幸联想到和他同病相怜的历史人物，自然感到，这个世界太不公平。既然皇帝的主张人间的政治，是上天感应的结果，那么，天道也是不公的。正是在这些痛苦的折磨中，使他面对残酷的现实，用唯物的观点看待人生、社会和自然。
    司马迁遇到的现实的和思想的矛盾，鞭策他去探索，然而探索的结果，常常使他陷入更深的矛盾，这就迫使他进行更深入的思考。司马迁已经感到有一种力量在支配着宇宙，人们无法改变，只有服从它，适应它。司马迁隐隐约约地觉得它是一个无所不在的力量，但是这种力量又是潜在的，隐藏在物质世界后面，有时感觉到它的存在，有时又感觉不到，因而增加了它的神秘色彩。瑞士心理学家皮亚杰在《发生心理学原理》一书中认为，人们认识事物的时候，常常是“把给定的东西整合到一个早先就存在的结构中，或者甚至是按照基本格局形成一个新结构”。这个过程皮亚杰称为同化⑤。在司马迁的时代，科学还无力解释成千上万困惑人们的事物，新的科学的哲学体系还没有形成，这位勤奋的学者在他的探索中，从他已经形成的认识结构中搬出天命论来解释他百思不得其解的问题。因此，从人类认知的心理功能来考察，司马迁相信天人感应，也是合情合理的。